More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1671 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2642  extracellular solute-binding protein family 5  57.1 
 
 		 775 aa  798    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1264  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  60.86 
 
 		 721 aa  851    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00386395  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0093  oligopeptide-binding protein  53.16 
 
 		 744 aa  773    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.386924  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2033  extracellular solute-binding protein  49.11 
 
 		 741 aa  672    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240451 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1021  hypothetical protein  52.74 
 
 		 718 aa  781    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0988  hypothetical protein  53.02 
 
 		 718 aa  782    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1224  extracellular solute-binding protein  60.36 
 
 		 734 aa  885    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0461762  normal  0.318013 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1671  oligopeptide ABC transporter periplasmic component  100 
 
 		 713 aa  1453    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.218996  normal  0.142506 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1768  extracellular solute-binding protein  62.18 
 
 		 749 aa  905    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.520524  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1182  extracellular solute-binding protein  51.14 
 
 		 709 aa  741    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.256161  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2334  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 		 755 aa  925    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1750  putative extracellular solute-binding protein  49.64 
 
 		 758 aa  636    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1502  hypothetical protein  32.46 
 
 		 586 aa  271  2.9999999999999997e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1498  hypothetical protein  32.46 
 
 		 586 aa  271  2.9999999999999997e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3695  putative binding protein component of ABC transporter  30.66 
 
 		 600 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.750399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 		 544 aa  139  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.23 
 
 		 544 aa  134  5e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  24.56 
 
 		 622 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.24 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 545 aa  111  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.1 
 
 		 520 aa  110  8.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 594 aa  110  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 530 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  21.52 
 
 		 546 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.34 
 
 		 545 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  24.46 
 
 		 589 aa  102  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  21.77 
 
 		 544 aa  101  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  24.24 
 
 		 540 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4041  extracellular solute-binding protein family 5  24.04 
 
 		 543 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457031  normal  0.172562 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  23.79 
 
 		 540 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 535 aa  99.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  24.1 
 
 		 523 aa  99.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 540 aa  99.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 532 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.7 
 
 		 535 aa  94.7  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  23.78 
 
 		 534 aa  94.4  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  23.28 
 
 		 533 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 		 532 aa  94  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  22.28 
 
 		 531 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.24 
 
 		 565 aa  93.2  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  22.65 
 
 		 563 aa  92.8  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0952  4-phytase  25.82 
 
 		 554 aa  92  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3283  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 545 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 		 531 aa  91.3  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0333  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 528 aa  91.3  6e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.31964  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 576 aa  91.3  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  23.09 
 
 		 531 aa  90.9  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  23.06 
 
 		 530 aa  90.9  7e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09061  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  21.77 
 
 		 538 aa  90.5  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.593779  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  25.51 
 
 		 586 aa  89.7  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 523 aa  89.4  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 531 aa  88.6  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0925  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 		 536 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2580  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 541 aa  89  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 		 534 aa  89  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  26.69 
 
 		 544 aa  87.8  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 544 aa  87.8  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 565 aa  87.4  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 506 aa  87.4  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2906  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 574 aa  87  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  22.95 
 
 		 536 aa  87  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  22.35 
 
 		 544 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 536 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.19 
 
 		 528 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1803  extracellular solute-binding protein family 5  22.95 
 
 		 537 aa  85.9  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551859  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_932  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.3 
 
 		 558 aa  86.7  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000268358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4296  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 531 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257984  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  22.15 
 
 		 542 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.55 
 
 		 533 aa  85.9  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.95 
 
 		 528 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_512  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, periplasmic component  21.95 
 
 		 530 aa  85.1  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.135113  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1982  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 508 aa  85.1  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.204968  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.29 
 
 		 543 aa  85.1  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.29 
 
 		 543 aa  85.1  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.15 
 
 		 543 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.37 
 
 		 543 aa  84.7  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.78 
 
 		 543 aa  84.7  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 539 aa  84.7  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  21.35 
 
 		 532 aa  84.3  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 		 542 aa  84.3  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 558 aa  84.3  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 538 aa  84.7  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2835  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.827526 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  22.36 
 
 		 524 aa  84  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.78 
 
 		 543 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  23.81 
 
 		 520 aa  83.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.99 
 
 		 531 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  22.73 
 
 		 573 aa  83.6  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  23.88 
 
 		 546 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 531 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 538 aa  82.4  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 534 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.92 
 
 		 586 aa  83.2  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.690705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>