More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0921 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  99.44 
 
 
544 aa  1110    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  67.04 
 
 
531 aa  775    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  67.61 
 
 
531 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  74.36 
 
 
531 aa  835    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
536 aa  1117    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4296  extracellular solute-binding protein  90.4 
 
 
531 aa  1012    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257984  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0925  extracellular solute-binding protein  91.04 
 
 
536 aa  1008    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  64.83 
 
 
531 aa  703    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  65.94 
 
 
533 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  56.79 
 
 
531 aa  627  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12520  dipeptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding component  55.58 
 
 
537 aa  610  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0296833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  51.28 
 
 
532 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  51.38 
 
 
532 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0187  extracellular solute-binding protein  50.66 
 
 
529 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000120375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70200  putative binding protein component of ABC dipeptide transporter  50.4 
 
 
526 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6093  putative dipeptide ABC transporter binding protein subunit  49.15 
 
 
526 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500432  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5193  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 
529 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0587295  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5538  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
528 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332617  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  49.22 
 
 
532 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2835  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
531 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.827526 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.2 
 
 
528 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  49.51 
 
 
531 aa  531  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  49.5 
 
 
525 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.92 
 
 
531 aa  530  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 
531 aa  529  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 
534 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
531 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 
534 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.51 
 
 
528 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  47.44 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.71 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.71 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.71 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.71 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.71 
 
 
528 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.51 
 
 
528 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0223  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 
528 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0087  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  48.77 
 
 
528 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5283  periplasmic dipeptide-binding protein, putative  50 
 
 
529 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5334  extracellular solute-binding protein  50.59 
 
 
535 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805263 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4375  4-phytase  47.24 
 
 
525 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.115651 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0349  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.92 
 
 
528 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827651  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  47.3 
 
 
547 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  46.98 
 
 
535 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  45.79 
 
 
535 aa  495  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  48.54 
 
 
538 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  44.91 
 
 
535 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4234  extracellular solute-binding protein  49 
 
 
535 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  46.37 
 
 
547 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  44.91 
 
 
535 aa  495  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  46.5 
 
 
541 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  46.33 
 
 
537 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  44.96 
 
 
535 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4557  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.4 
 
 
535 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  45.78 
 
 
537 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4293  extracellular solute-binding protein  45.85 
 
 
541 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.5263  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  45.15 
 
 
535 aa  490  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  45.83 
 
 
547 aa  487  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 
532 aa  487  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  46.97 
 
 
531 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  46.34 
 
 
532 aa  488  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  45.76 
 
 
529 aa  488  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  45.56 
 
 
535 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  45.56 
 
 
535 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  45.56 
 
 
535 aa  485  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  45.37 
 
 
541 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  45.06 
 
 
526 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  44.87 
 
 
526 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  45.37 
 
 
541 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  45.06 
 
 
526 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  45.06 
 
 
526 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  46.39 
 
 
533 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  44.87 
 
 
526 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4558  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  44.83 
 
 
540 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  46.39 
 
 
533 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  44.92 
 
 
542 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
542 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6392  ABC oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  44.97 
 
 
542 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
542 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  43.96 
 
 
535 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
542 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  44.59 
 
 
542 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
542 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  45.89 
 
 
530 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  45.49 
 
 
530 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  43.5 
 
 
531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0816  extracellular solute-binding protein  45.75 
 
 
533 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  47.72 
 
 
531 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4294  extracellular solute-binding protein  44.92 
 
 
530 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.502669  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  45.19 
 
 
530 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3040  extracellular solute-binding protein  44.97 
 
 
542 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607327 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  44.05 
 
 
542 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  44.02 
 
 
543 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>