More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2033 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1671  oligopeptide ABC transporter periplasmic component  48.88 
 
 
713 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.218996  normal  0.142506 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2334  extracellular solute-binding protein  45.83 
 
 
755 aa  642    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2033  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
741 aa  1514    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240451 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1750  putative extracellular solute-binding protein  62.15 
 
 
758 aa  893    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1224  extracellular solute-binding protein  45.75 
 
 
734 aa  614  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0461762  normal  0.318013 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1768  extracellular solute-binding protein  45.04 
 
 
749 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.520524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2642  extracellular solute-binding protein family 5  46.88 
 
 
775 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1264  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  43.42 
 
 
721 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00386395  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0093  oligopeptide-binding protein  41.9 
 
 
744 aa  556  1e-157  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.386924  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1021  hypothetical protein  41.38 
 
 
718 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0988  hypothetical protein  41.38 
 
 
718 aa  538  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1182  extracellular solute-binding protein  39.36 
 
 
709 aa  528  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.256161  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1498  hypothetical protein  26.75 
 
 
586 aa  200  7.999999999999999e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1502  hypothetical protein  26.75 
 
 
586 aa  200  7.999999999999999e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3695  putative binding protein component of ABC transporter  27.72 
 
 
600 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.750399  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.52 
 
 
544 aa  117  6e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  24.19 
 
 
544 aa  114  6e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4041  extracellular solute-binding protein family 5  24.69 
 
 
543 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457031  normal  0.172562 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
530 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  22.63 
 
 
552 aa  89.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.69 
 
 
545 aa  88.6  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.17 
 
 
565 aa  88.2  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.65 
 
 
586 aa  86.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  22.49 
 
 
544 aa  84.7  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  24.66 
 
 
589 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  24.67 
 
 
594 aa  84.7  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0244  extracellular solute-binding protein family 5  22.66 
 
 
575 aa  84  0.000000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.794885  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3283  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 
545 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5632  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  23.87 
 
 
532 aa  82.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  20.24 
 
 
532 aa  80.5  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  23.48 
 
 
540 aa  80.9  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  21.75 
 
 
520 aa  80.1  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0217  extracellular solute-binding protein family 5  23.81 
 
 
588 aa  79.3  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.745298  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  21.46 
 
 
531 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.52 
 
 
528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1982  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 
508 aa  79.3  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.204968  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  20.75 
 
 
532 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  24.16 
 
 
527 aa  78.2  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  22.89 
 
 
532 aa  77.8  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  20.45 
 
 
516 aa  77.4  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
531 aa  76.6  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
535 aa  76.6  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  23.08 
 
 
540 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
540 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 
531 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 
531 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2835  extracellular solute-binding protein  21.53 
 
 
531 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.827526 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  22.75 
 
 
523 aa  75.1  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  21.51 
 
 
531 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  21.08 
 
 
524 aa  73.9  0.000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  22.53 
 
 
546 aa  73.9  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0925  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 
536 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  19.67 
 
 
528 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 
531 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 
552 aa  73.9  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  20.36 
 
 
535 aa  72.8  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  21.25 
 
 
531 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  21 
 
 
534 aa  72.8  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_512  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, periplasmic component  26.49 
 
 
530 aa  72.8  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.135113  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  21.58 
 
 
531 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 
545 aa  72.8  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.77 
 
 
528 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  24.11 
 
 
544 aa  72.4  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  19.11 
 
 
546 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  20.96 
 
 
536 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
505 aa  72  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 
534 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  24.07 
 
 
533 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 
534 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  21.26 
 
 
544 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  22.53 
 
 
543 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  22.53 
 
 
558 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 
531 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  22.53 
 
 
543 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  23.57 
 
 
531 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 
538 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.53 
 
 
543 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.53 
 
 
543 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4787  extracellular solute-binding protein family 5  24.01 
 
 
532 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  19.58 
 
 
544 aa  69.7  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 
558 aa  70.1  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12520  dipeptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding component  23.53 
 
 
537 aa  69.7  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0296833  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.53 
 
 
558 aa  70.1  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  19.95 
 
 
547 aa  70.1  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 
528 aa  70.1  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4639  extracellular solute-binding protein family 5  23.33 
 
 
532 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.53 
 
 
558 aa  68.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2580  extracellular solute-binding protein  20.43 
 
 
541 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  21.07 
 
 
531 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  22.16 
 
 
528 aa  68.6  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  21.39 
 
 
542 aa  68.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  23.62 
 
 
586 aa  67.8  0.0000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  20.6 
 
 
506 aa  67.8  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  20.15 
 
 
532 aa  67.8  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>