More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA1264 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1264  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  100 
 
 
721 aa  1469    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00386395  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1021  hypothetical protein  52.75 
 
 
718 aa  758    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0988  hypothetical protein  53.03 
 
 
718 aa  762    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1224  extracellular solute-binding protein  57.06 
 
 
734 aa  828    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0461762  normal  0.318013 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1671  oligopeptide ABC transporter periplasmic component  61.17 
 
 
713 aa  852    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.218996  normal  0.142506 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2642  extracellular solute-binding protein family 5  54.44 
 
 
775 aa  737    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295666  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1768  extracellular solute-binding protein  58.33 
 
 
749 aa  831    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.520524  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1182  extracellular solute-binding protein  50.92 
 
 
709 aa  728    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.256161  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2334  extracellular solute-binding protein  57.63 
 
 
755 aa  868    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0093  oligopeptide-binding protein  52.23 
 
 
744 aa  747    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.386924  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1750  putative extracellular solute-binding protein  45.08 
 
 
758 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2033  extracellular solute-binding protein  43.42 
 
 
741 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240451 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1502  hypothetical protein  31.01 
 
 
586 aa  258  4e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1498  hypothetical protein  31.01 
 
 
586 aa  258  4e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3695  putative binding protein component of ABC transporter  27.68 
 
 
600 aa  205  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.750399  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 
544 aa  147  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 
544 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
540 aa  118  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.16 
 
 
540 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  26.21 
 
 
540 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.84 
 
 
520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  25.35 
 
 
622 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
535 aa  110  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  22.35 
 
 
544 aa  109  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
538 aa  107  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.49 
 
 
505 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  23.59 
 
 
552 aa  101  5e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 
532 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3283  extracellular solute-binding protein  23.07 
 
 
545 aa  100  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5632  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  24.89 
 
 
556 aa  99.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.54 
 
 
545 aa  99  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09061  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  22.11 
 
 
538 aa  98.6  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.593779  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.13 
 
 
543 aa  97.8  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3263  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
537 aa  97.4  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35798  normal  0.0152453 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 
545 aa  97.4  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  24.74 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  24.74 
 
 
558 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  24.74 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4041  extracellular solute-binding protein family 5  24.18 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457031  normal  0.172562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
558 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
558 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 
539 aa  95.9  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.74 
 
 
558 aa  95.1  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 
538 aa  95.1  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
552 aa  94.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  23.85 
 
 
535 aa  93.2  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  23.87 
 
 
532 aa  92.4  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 
534 aa  91.7  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2580  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 
541 aa  92  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.1 
 
 
543 aa  91.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  24.26 
 
 
556 aa  91.7  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.1 
 
 
543 aa  91.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4639  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 
532 aa  91.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  24.62 
 
 
528 aa  91.3  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.1 
 
 
543 aa  91.3  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 
558 aa  91.3  6e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0573  oligopeptide-binding protein, putative  23.7 
 
 
530 aa  90.9  7e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  23.11 
 
 
531 aa  90.9  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0115  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  23.64 
 
 
536 aa  90.5  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.26 
 
 
543 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.96 
 
 
516 aa  90.5  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 
565 aa  90.5  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  24.12 
 
 
594 aa  89.7  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4866  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
537 aa  89.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4272  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
532 aa  89  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0380913  normal  0.650765 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  22.01 
 
 
506 aa  89  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  23 
 
 
565 aa  88.6  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 
544 aa  88.2  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  23.89 
 
 
543 aa  88.6  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4787  extracellular solute-binding protein family 5  23.88 
 
 
532 aa  88.2  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  26.91 
 
 
531 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 
530 aa  88.2  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5318  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 
537 aa  88.2  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5542  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 
537 aa  88.2  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.390888  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  21.93 
 
 
531 aa  88.2  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2065  extracellular solute-binding protein family 5  22.33 
 
 
543 aa  87.8  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 
531 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5413  4-phytase  23.95 
 
 
537 aa  87.4  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  27.31 
 
 
533 aa  87.4  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  23.87 
 
 
525 aa  87.4  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.87 
 
 
545 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 
545 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 
531 aa  87  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4730  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
537 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
535 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  25.28 
 
 
523 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.24 
 
 
513 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.91 
 
 
586 aa  86.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  21.83 
 
 
531 aa  86.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4438  extracellular solute-binding protein family 5  23.29 
 
 
538 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454229  normal  0.829261 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  26.7 
 
 
576 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  21.76 
 
 
541 aa  85.5  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  21.76 
 
 
525 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2219  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.05 
 
 
550 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.15 
 
 
586 aa  84.7  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  21.77 
 
 
541 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  21.76 
 
 
525 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 
550 aa  84.7  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>