More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0329 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  56.23 
 
 
532 aa  649    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1582  extracellular solute-binding protein  68.54 
 
 
531 aa  732    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264898  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3963  hypothetical protein  68.29 
 
 
508 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.81037  normal  0.136891 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  70 
 
 
532 aa  758    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  58.22 
 
 
529 aa  640    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  59.74 
 
 
530 aa  646    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
531 aa  1098    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  81.73 
 
 
542 aa  921    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  70 
 
 
532 aa  758    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0390  extracellular solute-binding protein family 5  74.39 
 
 
531 aa  822    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18086  normal  0.296586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0422  extracellular solute-binding protein family 5  74.58 
 
 
531 aa  825    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00166095  hitchhiker  0.00221721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  67.12 
 
 
538 aa  736    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  60.27 
 
 
531 aa  629  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  59.22 
 
 
532 aa  624  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  57.6 
 
 
532 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  57.2 
 
 
545 aa  604  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  54.53 
 
 
535 aa  596  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  56.84 
 
 
546 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  54.91 
 
 
535 aa  597  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  57.96 
 
 
542 aa  594  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  54.2 
 
 
526 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  54.2 
 
 
526 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  54.2 
 
 
526 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  54.2 
 
 
526 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  54.2 
 
 
526 aa  589  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  54.34 
 
 
535 aa  591  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  53.82 
 
 
535 aa  588  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  54.01 
 
 
535 aa  585  1e-166  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.63 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  53.82 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  52.17 
 
 
535 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 
535 aa  577  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  52.99 
 
 
535 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  52.99 
 
 
535 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  52.99 
 
 
535 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  53.88 
 
 
532 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  51.98 
 
 
531 aa  569  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  51.42 
 
 
537 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  51.95 
 
 
547 aa  559  1e-158  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  51.42 
 
 
537 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  49.34 
 
 
531 aa  546  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  50.37 
 
 
542 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  49.17 
 
 
544 aa  538  9.999999999999999e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  51.33 
 
 
532 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  50.59 
 
 
547 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  50.47 
 
 
533 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  49.53 
 
 
547 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  51.18 
 
 
543 aa  537  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4558  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  49.81 
 
 
540 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  49.81 
 
 
542 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  50 
 
 
542 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4293  extracellular solute-binding protein  50.39 
 
 
541 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.5263  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  50.28 
 
 
533 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  49.06 
 
 
541 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  49.06 
 
 
541 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4557  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  50.88 
 
 
535 aa  528  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  48.88 
 
 
541 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 
547 aa  528  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  51.97 
 
 
531 aa  527  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4234  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 
535 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  48.5 
 
 
530 aa  525  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0816  extracellular solute-binding protein  49.53 
 
 
533 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3508  extracellular solute-binding protein  49.9 
 
 
553 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 
542 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  48.01 
 
 
531 aa  522  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 
542 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3923  extracellular solute-binding protein  50.48 
 
 
528 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00333304  normal  0.449349 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 
542 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  48.31 
 
 
530 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4568  extracellular solute-binding protein  50.59 
 
 
553 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3416  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 
528 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.680015 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  47.08 
 
 
531 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3040  extracellular solute-binding protein  49.06 
 
 
542 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6392  ABC oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  49.25 
 
 
542 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0220  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  47.94 
 
 
542 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63568  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  49.06 
 
 
542 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  51.09 
 
 
533 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0884  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.03 
 
 
530 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0511525  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  46.33 
 
 
531 aa  514  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0923  extracellular solute-binding protein  48.96 
 
 
530 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4350  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 
553 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.801154  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 
542 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4016  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 
553 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  48.49 
 
 
530 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0437  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  48.46 
 
 
574 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217985  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 
506 aa  510  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0256  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  48.46 
 
 
542 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0243  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  48.46 
 
 
542 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  47.08 
 
 
531 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3301  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  47.62 
 
 
542 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3378  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  47.62 
 
 
542 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2067  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  49.7 
 
 
553 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110283  normal  0.976863 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2121  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  47.62 
 
 
536 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.443402  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2969  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  47.62 
 
 
542 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4294  extracellular solute-binding protein  47.83 
 
 
530 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.502669  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>