218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2958 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2958  flagellar basal body L-ring protein  100 
 
 		 245 aa  490  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.1622  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1324  flagellar basal body L-ring protein  64.47 
 
 		 239 aa  295  6e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.489763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2985  flagellar basal body L-ring protein  64.47 
 
 		 239 aa  295  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2607  flagellar basal body L-ring protein  63.27 
 
 		 239 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  hitchhiker  0.000534608 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3254  flagellar basal body L-ring protein  60.85 
 
 		 242 aa  254  9e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2117  flagellar basal body L-ring protein  54.59 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.47005 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4191  flagellar basal body L-ring protein  52.77 
 
 		 244 aa  252  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4710  flagellar basal body L-ring protein  44.26 
 
 		 246 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0294749  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4195  flagellar basal body L-ring protein  43.62 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.417863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4425  flagellar basal body L-ring protein  45.16 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0291  flagellar basal body L-ring protein  45.31 
 
 		 235 aa  195  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5512  flagellar basal body L-ring protein  44.8 
 
 		 259 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3269  flagellar basal body L-ring protein  41.13 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3045  flagellar basal body L-ring protein  41.13 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.737045 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1681  flagellar basal body L-ring protein  44.49 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3243  flagellar basal body L-ring protein  41.94 
 
 		 250 aa  189  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.233718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0825  flagellar basal body L-ring protein  44.44 
 
 		 249 aa  188  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0031  flagellar L-ring protein  45.57 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1504  flagellar basal body L-ring protein  43.04 
 
 		 252 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.225643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1381  flagellar basal body L-ring protein  43.22 
 
 		 252 aa  184  9e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.953486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2559  flagellar L-ring protein  47.11 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.527082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1101  flagellar basal body L-ring protein  41.56 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21807  normal  0.536314 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2845  flagellar basal body L-ring protein  45.27 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3789  flagellar basal body L-ring protein  44.49 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0885051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1429  flagellar basal body L-ring protein  42.92 
 
 		 238 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1949  flagellar L-ring protein  41.56 
 
 		 251 aa  178  8e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3680  flagellar L-ring protein  45.38 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0137828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1119  flagellar basal body L-ring protein  41.63 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3649  flagellar L-ring protein  42.28 
 
 		 344 aa  175  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.284986  normal  0.903555 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0262  flagellar basal body L-ring protein  43.33 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0744  flagellar basal body L-ring protein  44.03 
 
 		 237 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1685  flagellar L-ring protein  43.8 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.016894 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4205  flagellar basal body L-ring protein  43.1 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437324  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0625  flagellar L-ring protein  44.8 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.317328 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3474  flagellar basal body L-ring protein  37.08 
 
 		 250 aa  168  9e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.671007  normal  0.222981 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0142  flagellar basal body L-ring protein  41.02 
 
 		 242 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0158  flagellar basal body L-ring protein  40.62 
 
 		 238 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.361018  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0324  flagellar basal body L-ring protein  43.46 
 
 		 238 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0356  flagellar basal body L-ring protein  43.04 
 
 		 238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0636  flagellar L-ring protein  44.21 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.634416  normal  0.0843943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0603  flagellar L-ring protein  42.67 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  normal  0.243473 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1137  flagellar basal body L-ring protein  47.57 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3760  flagellar L-ring protein  40.44 
 
 		 230 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0433  flagellar L-ring protein  38.59 
 
 		 226 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3844  flagellar L-ring protein  40.98 
 
 		 229 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3451  flagellar L-ring protein  37.7 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1154  flagellar biosynthesis, basal-body outer-membrane L (lipopolysaccharide layer) ring protein  36.97 
 
 		 231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3048  flagellar L-ring protein FlgH  36.46 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4104  flagellar L-ring protein  37.3 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131198  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0596  flagellar L-ring protein  32.93 
 
 		 229 aa  113  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3279  flagellar L-ring protein  37.77 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3098  flagellar L-ring protein  33.48 
 
 		 232 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2520  flagellar basal body L-ring protein  30.92 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2426  flagellar basal body L-ring protein  30.31 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.468869 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3474  flagellar basal body L-ring protein  29.51 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.214373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0212  flagellar basal body L-ring protein  33.65 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.144203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1654  flagellar L-ring protein  28.98 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1941  flagellar L-ring protein FlgH  28.69 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2844  flagellar basal body L-ring protein  31.16 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0173222  normal  0.127078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1503  flagellar basal body L-ring protein  30.21 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0394  flagellar basal body L-ring protein  33.33 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4677  flagellar basal body L-ring protein  32.62 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039617 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04915  flagellar basal body L-ring protein  31.4 
 
 		 229 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0221  flagellar basal body L-ring protein  37.34 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0645  flagellar basal body L-ring protein  37.34 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1900  flagellar basal body L-ring protein  36.13 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0652089 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3740  flagellar basal body L-ring protein  31.15 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.736999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1770  flagellar L-ring protein  29.58 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000734  flagellar L-ring protein FlgH  33.15 
 
 		 223 aa  89  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1042  flagellar L-ring protein  27.57 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1427  flagellar basal body L-ring protein  28.26 
 
 		 235 aa  88.6  8e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00360883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3945  flagellar basal body L-ring protein  29.32 
 
 		 231 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3725  flagellar basal body L-ring protein  28.65 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3156  flagellar basal body L-ring protein  32.02 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0449895  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0638  flagellar basal body L-ring protein  28.46 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.722941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1471  flagellar basal body L-ring protein  27.13 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0240352  normal  0.68969 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1223  flagellar L-ring protein  28.7 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4384  flagellar basal body L-ring protein  27.53 
 
 		 231 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16550  flagellar L-ring protein  30.43 
 
 		 192 aa  86.3  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000577316  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2407  flagellar basal body L-ring protein  36.81 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0102  flagellar basal body L-ring protein  28.26 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.354617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50420  flagellar basal body L-ring protein  27.98 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.664762  hitchhiker  0.000989473 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4294  flagellar basal body L-ring protein  26.56 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2372  flagellar L-ring protein  30.84 
 
 		 234 aa  85.9  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0814  flagellar basal body L-ring protein  27.64 
 
 		 234 aa  85.9  6e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0077  flagellar L-ring protein  34.44 
 
 		 222 aa  85.5  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.461386  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1349  flagellar L-ring protein  32.14 
 
 		 229 aa  85.1  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00261084  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1713  flagellar L-ring protein  34.44 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.640514  normal  0.230942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3577  flagellar L-ring protein  30.97 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.116399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3708  flagellar L-ring protein  29.96 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.388309 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4785  flagellar L-ring protein  29.96 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2508  flagellar L-ring protein  32.14 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.153573  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1666  flagellar L-ring protein  33.71 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1230  flagellar basal body L-ring protein  30.93 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1230  flagellar basal body L-ring protein  30.93 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02922  flagellar basal body L-ring protein  31.02 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2604  flagellar L-ring protein  31.63 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.735916  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0899  flagellar L-ring protein  30.61 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3462  flagellar basal body L-ring protein  31.67 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0786  flagellar basal body L-ring protein  28.26 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>