216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3254 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3254  flagellar basal body L-ring protein  100 
 
 		 242 aa  480  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1324  flagellar basal body L-ring protein  67.4 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.489763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2985  flagellar basal body L-ring protein  67.4 
 
 		 239 aa  309  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4191  flagellar basal body L-ring protein  60.74 
 
 		 244 aa  291  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2607  flagellar basal body L-ring protein  68.28 
 
 		 239 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  hitchhiker  0.000534608 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2117  flagellar basal body L-ring protein  62.01 
 
 		 250 aa  283  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.47005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2958  flagellar basal body L-ring protein  60.85 
 
 		 245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.1622  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4710  flagellar basal body L-ring protein  42.74 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0294749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5512  flagellar basal body L-ring protein  43.21 
 
 		 259 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2559  flagellar L-ring protein  46.43 
 
 		 244 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.527082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0825  flagellar basal body L-ring protein  43.4 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4195  flagellar basal body L-ring protein  41.15 
 
 		 246 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.417863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4425  flagellar basal body L-ring protein  51.08 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3045  flagellar basal body L-ring protein  41.94 
 
 		 250 aa  178  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.737045 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1381  flagellar basal body L-ring protein  43.28 
 
 		 252 aa  178  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.953486  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3269  flagellar basal body L-ring protein  41.94 
 
 		 250 aa  178  8e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3243  flagellar basal body L-ring protein  42.63 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.233718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1681  flagellar basal body L-ring protein  43.29 
 
 		 252 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1504  flagellar basal body L-ring protein  42.86 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.225643 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1119  flagellar basal body L-ring protein  41.53 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2845  flagellar basal body L-ring protein  39.91 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3789  flagellar basal body L-ring protein  44.59 
 
 		 252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0885051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0291  flagellar basal body L-ring protein  41.84 
 
 		 235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127273  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1685  flagellar L-ring protein  40.59 
 
 		 232 aa  168  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.016894 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1949  flagellar L-ring protein  40.51 
 
 		 251 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1101  flagellar basal body L-ring protein  40.5 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21807  normal  0.536314 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0744  flagellar basal body L-ring protein  42.98 
 
 		 237 aa  164  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0031  flagellar L-ring protein  40.17 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3474  flagellar basal body L-ring protein  40 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.671007  normal  0.222981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1429  flagellar basal body L-ring protein  39.82 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4205  flagellar basal body L-ring protein  39.15 
 
 		 242 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437324  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3649  flagellar L-ring protein  40.41 
 
 		 344 aa  159  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.284986  normal  0.903555 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0142  flagellar basal body L-ring protein  38.43 
 
 		 242 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0158  flagellar basal body L-ring protein  38.02 
 
 		 238 aa  158  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.361018  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0603  flagellar L-ring protein  47.54 
 
 		 236 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  normal  0.243473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3680  flagellar L-ring protein  39.75 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0137828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0625  flagellar L-ring protein  47.54 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.317328 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1137  flagellar basal body L-ring protein  42.15 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0262  flagellar basal body L-ring protein  40.16 
 
 		 236 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0636  flagellar L-ring protein  47.54 
 
 		 235 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.634416  normal  0.0843943 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0324  flagellar basal body L-ring protein  40.27 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0356  flagellar basal body L-ring protein  40.27 
 
 		 238 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0433  flagellar L-ring protein  35.33 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0596  flagellar L-ring protein  33.67 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2520  flagellar basal body L-ring protein  32.21 
 
 		 238 aa  109  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1154  flagellar biosynthesis, basal-body outer-membrane L (lipopolysaccharide layer) ring protein  35.1 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3098  flagellar L-ring protein  32.35 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3048  flagellar L-ring protein FlgH  34.05 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3451  flagellar L-ring protein  34.59 
 
 		 225 aa  105  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3760  flagellar L-ring protein  37.16 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3844  flagellar L-ring protein  37.16 
 
 		 229 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044385 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4104  flagellar L-ring protein  32.24 
 
 		 229 aa  98.6  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131198  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2426  flagellar basal body L-ring protein  29.96 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.468869 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3279  flagellar L-ring protein  32.24 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3156  flagellar basal body L-ring protein  30.04 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0449895  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0394  flagellar basal body L-ring protein  32.04 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1941  flagellar L-ring protein FlgH  27.89 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04915  flagellar basal body L-ring protein  38.51 
 
 		 229 aa  85.1  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3474  flagellar basal body L-ring protein  27.89 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.214373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1503  flagellar basal body L-ring protein  26.72 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0077  flagellar L-ring protein  31.34 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.461386  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0645  flagellar basal body L-ring protein  30.7 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0221  flagellar basal body L-ring protein  36.25 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1713  flagellar L-ring protein  31.34 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.640514  normal  0.230942 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2407  flagellar basal body L-ring protein  32.95 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1427  flagellar basal body L-ring protein  29.73 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00360883  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0102  flagellar basal body L-ring protein  28.49 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.354617  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4677  flagellar basal body L-ring protein  34.15 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039617 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1042  flagellar L-ring protein  29.67 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4384  flagellar basal body L-ring protein  26.84 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1471  flagellar basal body L-ring protein  26.32 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0240352  normal  0.68969 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000734  flagellar L-ring protein FlgH  36.65 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0814  flagellar basal body L-ring protein  28.04 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1654  flagellar L-ring protein  27.78 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0212  flagellar basal body L-ring protein  33.33 
 
 		 220 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.144203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3945  flagellar basal body L-ring protein  26.32 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2844  flagellar basal body L-ring protein  27.04 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0173222  normal  0.127078 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16550  flagellar L-ring protein  28.65 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000577316  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3725  flagellar basal body L-ring protein  25.93 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1376  flagellar L-ring protein  30.51 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0269  flagellar basal body L-ring protein  33.14 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.884119 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3365  flagellar basal body L-ring protein  33.14 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1320  flagellar basal body L-ring protein  27.36 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0786  flagellar basal body L-ring protein  27.86 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3094  flagellar basal body L-ring protein  31.75 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0710  flagellar basal body L-ring protein  27.86 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.612163  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1666  flagellar L-ring protein  28.86 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1483  flagellar basal body L-ring protein  26.67 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0615716  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02922  flagellar basal body L-ring protein  32.14 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3965  flagellar basal body L-ring protein  28.18 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3462  flagellar basal body L-ring protein  28.64 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50420  flagellar basal body L-ring protein  27.06 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.664762  hitchhiker  0.000989473 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1230  flagellar basal body L-ring protein  32.9 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1230  flagellar basal body L-ring protein  32.9 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1900  flagellar basal body L-ring protein  30.6 
 
 		 230 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0652089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4294  flagellar basal body L-ring protein  25.79 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0638  flagellar basal body L-ring protein  28.72 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.722941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0069  flagellar basal body L-ring protein  25.54 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.320449  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2207  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3577  flagellar L-ring protein  27.74 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.116399  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>