219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3789 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3789  flagellar basal body L-ring protein  100 
 
 
252 aa  510  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0885051  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1681  flagellar basal body L-ring protein  93.25 
 
 
252 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4425  flagellar basal body L-ring protein  87.7 
 
 
252 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1504  flagellar basal body L-ring protein  84.92 
 
 
252 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.225643 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1381  flagellar basal body L-ring protein  82.14 
 
 
252 aa  432  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.953486  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1119  flagellar basal body L-ring protein  82.94 
 
 
252 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5512  flagellar basal body L-ring protein  74.32 
 
 
259 aa  397  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.359845  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4710  flagellar basal body L-ring protein  66.39 
 
 
246 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0294749  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3045  flagellar basal body L-ring protein  63.67 
 
 
250 aa  318  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.737045 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3269  flagellar basal body L-ring protein  63.67 
 
 
250 aa  318  7e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3243  flagellar basal body L-ring protein  64.08 
 
 
250 aa  317  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.233718  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4195  flagellar basal body L-ring protein  64.34 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.417863  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0825  flagellar basal body L-ring protein  67.11 
 
 
249 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2845  flagellar basal body L-ring protein  50.64 
 
 
255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2559  flagellar L-ring protein  54.39 
 
 
244 aa  235  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.527082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1949  flagellar L-ring protein  49.13 
 
 
251 aa  230  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3474  flagellar basal body L-ring protein  42.06 
 
 
250 aa  212  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.671007  normal  0.222981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1429  flagellar basal body L-ring protein  48.42 
 
 
238 aa  198  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1324  flagellar basal body L-ring protein  43.98 
 
 
239 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.489763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2985  flagellar basal body L-ring protein  43.98 
 
 
239 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0744  flagellar basal body L-ring protein  43.19 
 
 
237 aa  185  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0031  flagellar L-ring protein  42.51 
 
 
233 aa  185  8e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1101  flagellar basal body L-ring protein  43.15 
 
 
234 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21807  normal  0.536314 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4191  flagellar basal body L-ring protein  42.98 
 
 
244 aa  181  7e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3649  flagellar L-ring protein  44.31 
 
 
344 aa  181  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.284986  normal  0.903555 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0262  flagellar basal body L-ring protein  44.44 
 
 
236 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0142  flagellar basal body L-ring protein  43.14 
 
 
242 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4205  flagellar basal body L-ring protein  41.73 
 
 
242 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.437324  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0158  flagellar basal body L-ring protein  43.08 
 
 
238 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.361018  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3680  flagellar L-ring protein  44.35 
 
 
232 aa  175  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0137828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1685  flagellar L-ring protein  42.5 
 
 
232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.016894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0291  flagellar basal body L-ring protein  42.23 
 
 
235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.127273  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2607  flagellar basal body L-ring protein  45.3 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  hitchhiker  0.000534608 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2958  flagellar basal body L-ring protein  44.07 
 
 
245 aa  170  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.1622  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2117  flagellar basal body L-ring protein  42.24 
 
 
250 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.871595  normal  0.47005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0356  flagellar basal body L-ring protein  43.42 
 
 
238 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0499919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0625  flagellar L-ring protein  44.64 
 
 
235 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.317328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0636  flagellar L-ring protein  44.64 
 
 
235 aa  168  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.634416  normal  0.0843943 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0324  flagellar basal body L-ring protein  42.98 
 
 
238 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0603  flagellar L-ring protein  49.2 
 
 
236 aa  168  7e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  normal  0.243473 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1137  flagellar basal body L-ring protein  42.72 
 
 
230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3254  flagellar basal body L-ring protein  47.94 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0433  flagellar L-ring protein  36.18 
 
 
226 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3451  flagellar L-ring protein  34.72 
 
 
225 aa  126  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3844  flagellar L-ring protein  37.13 
 
 
229 aa  125  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044385 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3760  flagellar L-ring protein  37.62 
 
 
230 aa  125  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1154  flagellar biosynthesis, basal-body outer-membrane L (lipopolysaccharide layer) ring protein  34.8 
 
 
231 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3279  flagellar L-ring protein  36.68 
 
 
224 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2520  flagellar basal body L-ring protein  34.16 
 
 
238 aa  122  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4104  flagellar L-ring protein  35.42 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3048  flagellar L-ring protein FlgH  32.99 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0596  flagellar L-ring protein  34.39 
 
 
229 aa  112  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3098  flagellar L-ring protein  34.95 
 
 
232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2426  flagellar basal body L-ring protein  33.66 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.468869 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3156  flagellar basal body L-ring protein  32.9 
 
 
234 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0449895  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0394  flagellar basal body L-ring protein  37.08 
 
 
239 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2407  flagellar basal body L-ring protein  34.88 
 
 
229 aa  105  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1145  flagellar L-ring protein  36.31 
 
 
192 aa  105  9e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000678845  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1654  flagellar L-ring protein  31.32 
 
 
223 aa  102  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2508  flagellar L-ring protein  31.46 
 
 
229 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.153573  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0755  flagellar L-ring protein  29.8 
 
 
219 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1223  flagellar L-ring protein  32.69 
 
 
229 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1427  flagellar basal body L-ring protein  32.02 
 
 
235 aa  99.8  4e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00360883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3474  flagellar basal body L-ring protein  31.53 
 
 
237 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.214373  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0638  flagellar basal body L-ring protein  31.41 
 
 
233 aa  99  6e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.722941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3965  flagellar basal body L-ring protein  32.99 
 
 
220 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1941  flagellar L-ring protein FlgH  32.74 
 
 
237 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7233  putative flagellar L-ring protein FlgH  31.42 
 
 
221 aa  98.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.959397  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1320  flagellar basal body L-ring protein  32.07 
 
 
232 aa  98.6  9e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0786  flagellar basal body L-ring protein  29.89 
 
 
232 aa  98.2  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2604  flagellar L-ring protein  30.52 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.735916  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0710  flagellar basal body L-ring protein  29.89 
 
 
232 aa  97.4  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.612163  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1042  flagellar L-ring protein  28.34 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3462  flagellar basal body L-ring protein  32.49 
 
 
220 aa  97.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1468  flagellar L-ring protein  31.62 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1349  flagellar L-ring protein  31.46 
 
 
229 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00261084  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0814  flagellar basal body L-ring protein  28.29 
 
 
234 aa  96.3  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3081  flagellar basal body L-ring protein  32.19 
 
 
229 aa  95.5  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1900  flagellar basal body L-ring protein  34.76 
 
 
230 aa  95.5  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0652089 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1230  flagellar basal body L-ring protein  32.33 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1230  flagellar basal body L-ring protein  32.33 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0102  flagellar basal body L-ring protein  30.24 
 
 
235 aa  94.7  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.354617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4384  flagellar basal body L-ring protein  30.26 
 
 
231 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1503  flagellar basal body L-ring protein  30.18 
 
 
231 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1471  flagellar basal body L-ring protein  29.39 
 
 
231 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0240352  normal  0.68969 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50420  flagellar basal body L-ring protein  30 
 
 
231 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.664762  hitchhiker  0.000989473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0899  flagellar L-ring protein  30.37 
 
 
224 aa  92.4  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4294  flagellar basal body L-ring protein  29.25 
 
 
231 aa  92  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.667583  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3945  flagellar basal body L-ring protein  29.82 
 
 
231 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2925  flagellar L-ring protein  32.95 
 
 
240 aa  91.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79436  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1335  flagellar basal body L-ring protein  32.78 
 
 
224 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.599387  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1265  flagellar basal body L-ring protein  33.98 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0063  flagellar basal body L-ring protein  33.33 
 
 
220 aa  90.5  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1167  flagellar basal body L-ring protein  32.22 
 
 
224 aa  90.1  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0558946  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1351  flagellar basal body L-ring protein  31.64 
 
 
234 aa  90.5  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2591  flagellar basal body L-ring protein  33.98 
 
 
224 aa  90.1  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1786  flagellar basal body L-ring protein  30.69 
 
 
261 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16550  flagellar L-ring protein  27.72 
 
 
192 aa  89.7  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000577316  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3725  flagellar basal body L-ring protein  29.13 
 
 
231 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3243  flagellar basal body L-ring protein  33.5 
 
 
224 aa  89  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>