179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1467 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1467  hypothetical protein  100 
 
 		 635 aa  1266    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  29.13 
 
 		 872 aa  99  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  30.12 
 
 		 311 aa  94.4  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  27.27 
 
 		 877 aa  92.8  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  26.79 
 
 		 393 aa  91.7  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  28.62 
 
 		 869 aa  90.9  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  24.08 
 
 		 881 aa  90.5  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  30.33 
 
 		 368 aa  89  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  29.15 
 
 		 864 aa  88.6  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  25.15 
 
 		 854 aa  88.2  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  29.9 
 
 		 739 aa  88.2  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  27.99 
 
 		 864 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  30.45 
 
 		 864 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  27.05 
 
 		 850 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  22.87 
 
 		 863 aa  86.3  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  23.77 
 
 		 863 aa  85.9  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  27.16 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  25.85 
 
 		 850 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  26.12 
 
 		 867 aa  84.7  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1564  hypothetical protein  23.57 
 
 		 569 aa  84.3  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.201819  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  25.77 
 
 		 850 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3871  hypothetical protein  28.31 
 
 		 889 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5804  hypothetical protein  28.31 
 
 		 889 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4498  hypothetical protein  28.31 
 
 		 889 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  27.95 
 
 		 356 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  28.57 
 
 		 883 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4396  hypothetical protein  27.94 
 
 		 864 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195504  decreased coverage  0.0070818 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1845  FmtC domain-containing protein  23.57 
 
 		 395 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000138078  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  27.61 
 
 		 855 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  26.12 
 
 		 871 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  26.12 
 
 		 867 aa  81.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  26.12 
 
 		 871 aa  82  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3932  hypothetical protein  28.36 
 
 		 864 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57988  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  28.3 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  30.36 
 
 		 864 aa  81.6  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  29.22 
 
 		 844 aa  80.9  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  25.73 
 
 		 854 aa  80.1  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1140  hypothetical protein  25.93 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  28.25 
 
 		 844 aa  77.8  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  26.28 
 
 		 584 aa  76.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  25.38 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  25 
 
 		 870 aa  75.5  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1235  lysyl-tRNA synthetase (class II)  20.65 
 
 		 851 aa  74.3  0.000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  25.63 
 
 		 850 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  28.52 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  26.48 
 
 		 877 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  26.35 
 
 		 323 aa  73.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  24.63 
 
 		 880 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3199  hypothetical protein  23.02 
 
 		 556 aa  73.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  25.37 
 
 		 879 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  26.48 
 
 		 877 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  26.34 
 
 		 866 aa  73.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1626  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  20.82 
 
 		 861 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  26.35 
 
 		 323 aa  73.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1520  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  21.19 
 
 		 859 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  26.85 
 
 		 875 aa  73.2  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3825  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  21.19 
 
 		 859 aa  72.8  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000241179 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  27 
 
 		 692 aa  72.8  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  21.09 
 
 		 850 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  24.82 
 
 		 850 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  24.82 
 
 		 850 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1189  hypothetical protein  22.1 
 
 		 858 aa  72  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1388  hypothetical protein  20.9 
 
 		 861 aa  72.4  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  24.44 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  26.47 
 
 		 896 aa  71.6  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1347  hypothetical protein  20.45 
 
 		 861 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1348  hypothetical protein  20.45 
 
 		 861 aa  70.9  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1486  virulence factor MprF  20.45 
 
 		 861 aa  70.9  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.272411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1558  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  20.45 
 
 		 861 aa  70.9  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000388659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  26.12 
 
 		 850 aa  70.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1375  virulence factor MprF  21.4 
 
 		 861 aa  70.5  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  25.37 
 
 		 880 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1590  virulence factor MprF  20.45 
 
 		 861 aa  70.1  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0815094  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  27.09 
 
 		 344 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  26.05 
 
 		 351 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  23.88 
 
 		 880 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2033  transmembrane protein, LpiA-like  29.26 
 
 		 850 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358436  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  25.37 
 
 		 880 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  25.37 
 
 		 880 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  22.45 
 
 		 872 aa  69.3  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0824  hypothetical protein  25.42 
 
 		 568 aa  68.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.896168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  25 
 
 		 880 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  26.07 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  20.19 
 
 		 813 aa  68.2  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  28.78 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  26.23 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  26.23 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  25.54 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0379  lysyl-tRNA synthetase (class II)  21.72 
 
 		 844 aa  66.2  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.646345  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  26.62 
 
 		 315 aa  66.2  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2233  protein of unknown function DUF470  28.89 
 
 		 864 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1005  protein of unknown function DUF470  22.3 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0976  protein of unknown function DUF470  22.3 
 
 		 556 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1448  hypothetical protein  25 
 
 		 557 aa  65.1  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0328641 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  26.55 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  21.77 
 
 		 880 aa  63.9  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4555  hypothetical protein  24.07 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  23.92 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2438  protein of unknown function DUF470  21.15 
 
 		 862 aa  63.5  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.298386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  25.1 
 
 		 340 aa  63.2  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>