134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1140 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1140  hypothetical protein  100 
 
 
429 aa  860    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  49.21 
 
 
869 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  51.47 
 
 
867 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  52.24 
 
 
870 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  53.11 
 
 
867 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  49.84 
 
 
875 aa  324  2e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  49.69 
 
 
866 aa  323  3e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  45.3 
 
 
871 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  45.3 
 
 
871 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  45.07 
 
 
883 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4106  protein of unknown function DUF470  45.82 
 
 
877 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.628735 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3993  protein of unknown function DUF470  45.82 
 
 
877 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.463704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  44.97 
 
 
879 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  43.49 
 
 
880 aa  274  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  43.2 
 
 
880 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  44.02 
 
 
864 aa  272  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52350  hypothetical protein  45.71 
 
 
881 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.890769 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2033  transmembrane protein, LpiA-like  44.24 
 
 
850 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.358436  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4591  hypothetical protein  45.71 
 
 
881 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  43.79 
 
 
880 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  45.4 
 
 
880 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  45.4 
 
 
880 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  42.99 
 
 
864 aa  266  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  41.36 
 
 
881 aa  265  8.999999999999999e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4396  hypothetical protein  42.68 
 
 
864 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195504  decreased coverage  0.0070818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2233  protein of unknown function DUF470  43.61 
 
 
864 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  42.72 
 
 
864 aa  263  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  44.79 
 
 
880 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  41.79 
 
 
872 aa  262  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3932  hypothetical protein  42.04 
 
 
864 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57988  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3871  hypothetical protein  41.93 
 
 
889 aa  260  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4498  hypothetical protein  41.93 
 
 
889 aa  260  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5804  hypothetical protein  41.93 
 
 
889 aa  260  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  41.91 
 
 
864 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  42.95 
 
 
855 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  45 
 
 
844 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1448  hypothetical protein  41.96 
 
 
557 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0328641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  38.68 
 
 
850 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  44.38 
 
 
844 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  38.4 
 
 
850 aa  247  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  37.89 
 
 
850 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  38.4 
 
 
850 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  36.68 
 
 
850 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  37.89 
 
 
850 aa  245  9e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  40.95 
 
 
877 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  37.89 
 
 
850 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4555  hypothetical protein  41.64 
 
 
346 aa  241  2e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  40.32 
 
 
880 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  40.32 
 
 
880 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  39.82 
 
 
854 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  39.63 
 
 
863 aa  232  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  38.12 
 
 
863 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  33.88 
 
 
813 aa  229  5e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  38.56 
 
 
872 aa  229  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  38.92 
 
 
854 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18850  hypothetical protein  45 
 
 
876 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.11879  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  37.5 
 
 
850 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  37.81 
 
 
896 aa  219  6e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0824  hypothetical protein  35.8 
 
 
568 aa  199  7e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.896168  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1005  protein of unknown function DUF470  36.68 
 
 
556 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0976  protein of unknown function DUF470  36.68 
 
 
556 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1388  hypothetical protein  33.63 
 
 
861 aa  197  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1626  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  33.04 
 
 
861 aa  196  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1189  hypothetical protein  33.63 
 
 
858 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1520  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  32.52 
 
 
859 aa  194  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3825  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  32.74 
 
 
859 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000241179 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1590  virulence factor MprF  33.04 
 
 
861 aa  194  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0815094  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3199  hypothetical protein  35.08 
 
 
556 aa  193  4e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757676 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1845  FmtC domain-containing protein  33.76 
 
 
395 aa  192  7e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000138078  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1564  hypothetical protein  33.76 
 
 
569 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.201819  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1348  hypothetical protein  32.74 
 
 
861 aa  192  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1347  hypothetical protein  32.74 
 
 
861 aa  192  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1486  virulence factor MprF  32.74 
 
 
861 aa  192  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.272411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1558  putative lysylphosphatidylglycerol synthetase MprF  32.74 
 
 
861 aa  192  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000388659 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1375  virulence factor MprF  32.74 
 
 
861 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1258  hypothetical protein  32.51 
 
 
851 aa  186  6e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0075337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1456  hypothetical protein  32.23 
 
 
851 aa  186  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0930  fmtC protein  33.22 
 
 
840 aa  184  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1421  hypothetical protein  34.86 
 
 
840 aa  183  6e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0726685  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1449  hypothetical protein  34.86 
 
 
840 aa  183  6e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00038982  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0379  lysyl-tRNA synthetase (class II)  28.46 
 
 
844 aa  180  4.999999999999999e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.646345  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1235  lysyl-tRNA synthetase (class II)  32.28 
 
 
851 aa  178  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1522  hypothetical protein  32.04 
 
 
861 aa  171  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2131  hypothetical protein  31.23 
 
 
847 aa  168  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1066  protein of unknown function DUF470  32.25 
 
 
590 aa  157  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0261019  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2438  protein of unknown function DUF470  29.47 
 
 
862 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.298386  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3190  hypothetical protein  25.95 
 
 
875 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  41.07 
 
 
739 aa  116  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1489  protein of unknown function DUF470  25.96 
 
 
861 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70166  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2319  lysyl-tRNA synthetase  30.17 
 
 
1132 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0378  protein of unknown function DUF470  28.83 
 
 
938 aa  101  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.173445  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2515  lysyl-tRNA synthetase  28.07 
 
 
1118 aa  95.5  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.889838  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5267  hypothetical protein  44.86 
 
 
108 aa  94  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11780  lysyl-tRNA synthetase (class II)  25.17 
 
 
1147 aa  89  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105343  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4813  protein of unknown function DUF470  22.44 
 
 
723 aa  89.4  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11657  lysyl-tRNA synthetase  26.28 
 
 
1172 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.73947 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6803  protein of unknown function DUF470  26.87 
 
 
592 aa  86.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0906  lysyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 
1094 aa  86.3  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4568  protein of unknown function DUF470  24.31 
 
 
839 aa  85.9  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8424  protein of unknown function DUF470  26.35 
 
 
701 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>