166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3384 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  100 
 
 
315 aa  614  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  58.36 
 
 
323 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  58.36 
 
 
323 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2485  hypothetical protein  63.75 
 
 
310 aa  362  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607254  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  58.57 
 
 
350 aa  358  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  60.58 
 
 
315 aa  351  8.999999999999999e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  57.56 
 
 
331 aa  343  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3951  hypothetical protein  56.48 
 
 
350 aa  338  8e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0277158  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  57.56 
 
 
316 aa  331  8e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  55.24 
 
 
340 aa  330  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  51.75 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  55.62 
 
 
350 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  55.62 
 
 
350 aa  326  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  57.96 
 
 
350 aa  325  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5576  hypothetical protein  55.41 
 
 
355 aa  315  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.484423  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  58.5 
 
 
324 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3039  hypothetical protein  52.7 
 
 
344 aa  291  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0362949  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  34.84 
 
 
692 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  33.57 
 
 
317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  32.2 
 
 
368 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  30.07 
 
 
850 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  30.41 
 
 
850 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  31.66 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  32.2 
 
 
393 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  33.22 
 
 
739 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  34.81 
 
 
872 aa  126  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  32.38 
 
 
311 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  30.71 
 
 
344 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  29.39 
 
 
850 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  31.6 
 
 
363 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  28.8 
 
 
867 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  29.23 
 
 
351 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  28.05 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  29.22 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  29.08 
 
 
880 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0633  hypothetical protein  28.75 
 
 
351 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  29.08 
 
 
880 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  28.16 
 
 
867 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  28.33 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  29.93 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  29.38 
 
 
343 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  30.77 
 
 
360 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  29.38 
 
 
343 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  30.25 
 
 
875 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  28.98 
 
 
312 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  28.47 
 
 
870 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  28.43 
 
 
872 aa  116  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  27.24 
 
 
314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  28.52 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  28.52 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  30.29 
 
 
353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  29.9 
 
 
368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  28.14 
 
 
368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  32.26 
 
 
850 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  27.74 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  28.52 
 
 
362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  28.47 
 
 
351 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  32.62 
 
 
850 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  27.48 
 
 
881 aa  113  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  30 
 
 
344 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  30.62 
 
 
353 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  30.31 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  30.31 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  30.93 
 
 
850 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  28.42 
 
 
338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  32.62 
 
 
850 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  28.28 
 
 
376 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  27.44 
 
 
313 aa  108  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  27.48 
 
 
517 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  30.72 
 
 
584 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  26.69 
 
 
869 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  28.84 
 
 
871 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  28.84 
 
 
871 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  29.72 
 
 
866 aa  99.4  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  26.21 
 
 
864 aa  99  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  31.54 
 
 
896 aa  98.6  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  28.22 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  30.6 
 
 
516 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  30.8 
 
 
319 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  31 
 
 
332 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  28.27 
 
 
313 aa  96.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  28.42 
 
 
329 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  28.37 
 
 
877 aa  95.9  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5838  hypothetical protein  30.2 
 
 
378 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.28738  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  26.16 
 
 
864 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  27.86 
 
 
340 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  30.11 
 
 
318 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  27.24 
 
 
854 aa  92.4  9e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  32.85 
 
 
844 aa  92.4  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  30.31 
 
 
320 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  27.48 
 
 
317 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  27.12 
 
 
863 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  27.12 
 
 
863 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1587  protein of unknown function DUF470  26.86 
 
 
813 aa  90.1  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.427865  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  33.45 
 
 
864 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  32.01 
 
 
844 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04799  hypothetical protein  30.42 
 
 
883 aa  87.8  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0255937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  31.03 
 
 
317 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1342  hypothetical protein  28.24 
 
 
338 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481458  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  24.4 
 
 
864 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>