169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4925 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  100 
 
 
344 aa  682    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  78.78 
 
 
344 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  79.06 
 
 
351 aa  551  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  79.36 
 
 
344 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  76.74 
 
 
344 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0633  hypothetical protein  75.3 
 
 
351 aa  502  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  73.55 
 
 
351 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  60.45 
 
 
360 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  52.71 
 
 
376 aa  342  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  53.27 
 
 
368 aa  341  9e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  51.72 
 
 
364 aa  332  5e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  50 
 
 
368 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  50 
 
 
353 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  49.54 
 
 
353 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  50 
 
 
363 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5838  hypothetical protein  43.56 
 
 
378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.28738  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  36.89 
 
 
339 aa  208  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  37.58 
 
 
356 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  36.81 
 
 
393 aa  200  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  35.53 
 
 
362 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  36.76 
 
 
368 aa  196  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  35.74 
 
 
351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  34.8 
 
 
343 aa  186  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  34.8 
 
 
343 aa  186  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  34.88 
 
 
739 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  35.47 
 
 
872 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  32.1 
 
 
331 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  33.03 
 
 
877 aa  156  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  32.54 
 
 
880 aa  153  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  32.48 
 
 
880 aa  153  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  32.55 
 
 
875 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  30.24 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  31.19 
 
 
350 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  30.94 
 
 
316 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  29.72 
 
 
872 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  30.48 
 
 
692 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  30.72 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  31.27 
 
 
320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  27.78 
 
 
850 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  27.47 
 
 
850 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  30.17 
 
 
323 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  30.17 
 
 
323 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  30.12 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  29.82 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  31.29 
 
 
867 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  27.78 
 
 
850 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3951  hypothetical protein  29.87 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0277158  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  31.63 
 
 
867 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  30.54 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  28.14 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  32.61 
 
 
869 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  29.07 
 
 
881 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  29.02 
 
 
312 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  30.51 
 
 
315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  28.84 
 
 
340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  30.89 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  28.67 
 
 
850 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  28.33 
 
 
850 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5576  hypothetical protein  28.48 
 
 
355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.484423  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  29.55 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  27.96 
 
 
850 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  29.01 
 
 
850 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  29.8 
 
 
870 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  28.42 
 
 
324 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2485  hypothetical protein  31.14 
 
 
310 aa  125  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607254  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  30.54 
 
 
320 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  33.45 
 
 
864 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  32.52 
 
 
866 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  32.98 
 
 
844 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  30 
 
 
863 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1342  hypothetical protein  30.16 
 
 
338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481458  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  30 
 
 
863 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  32.14 
 
 
320 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  32.14 
 
 
320 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  28.33 
 
 
517 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  32.75 
 
 
844 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  27.03 
 
 
315 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  28.71 
 
 
871 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  28.71 
 
 
871 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  33.33 
 
 
896 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  27.33 
 
 
314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3039  hypothetical protein  30 
 
 
344 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0362949  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  31.18 
 
 
880 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  28.01 
 
 
584 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  28.62 
 
 
854 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  27.36 
 
 
329 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  33.88 
 
 
850 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  30.6 
 
 
880 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1194  hypothetical protein  29.63 
 
 
879 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.685135  normal  0.0802635 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  28.3 
 
 
311 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  30.72 
 
 
317 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  28.73 
 
 
313 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  26.06 
 
 
317 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  26.06 
 
 
317 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  27.22 
 
 
864 aa  99.8  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  28.32 
 
 
880 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  28.88 
 
 
880 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  27.08 
 
 
516 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  30.82 
 
 
855 aa  97.1  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  27.21 
 
 
864 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>