161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0683 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  100 
 
 		 324 aa  642    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  81.88 
 
 		 316 aa  481  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  56.15 
 
 		 323 aa  348  9e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  56.15 
 
 		 323 aa  348  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  58.04 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  57.47 
 
 		 315 aa  331  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  58.5 
 
 		 315 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  54.69 
 
 		 350 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2485  hypothetical protein  56.45 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607254  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  53.97 
 
 		 350 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  54.81 
 
 		 350 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  54.81 
 
 		 350 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3951  hypothetical protein  56.21 
 
 		 350 aa  311  9e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0277158  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  52.87 
 
 		 317 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  52.72 
 
 		 340 aa  300  3e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5576  hypothetical protein  52.48 
 
 		 355 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.484423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3039  hypothetical protein  53.02 
 
 		 344 aa  273  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0362949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  32.76 
 
 		 692 aa  149  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  32.75 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  31.54 
 
 		 344 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  29.03 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  30 
 
 		 344 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  28.93 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  30 
 
 		 351 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  33.22 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  31.16 
 
 		 850 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  31.16 
 
 		 850 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  31.16 
 
 		 850 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  32.76 
 
 		 850 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  31.93 
 
 		 338 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  31.56 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  32.14 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  29.47 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0633  hypothetical protein  27.6 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  29.62 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  30.9 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  27.27 
 
 		 351 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  31.46 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  30.61 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  30.61 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  28.62 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  29.08 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  30.3 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  28.39 
 
 		 870 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  28.92 
 
 		 356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  30.23 
 
 		 353 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  30.25 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  29.73 
 
 		 850 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  29.33 
 
 		 867 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  29.39 
 
 		 850 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  29.75 
 
 		 867 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  30.07 
 
 		 850 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  32.65 
 
 		 329 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  29.93 
 
 		 877 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  28.9 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  29.37 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  30.72 
 
 		 312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  29.14 
 
 		 368 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  29.12 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  30.82 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  28.57 
 
 		 875 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  25.66 
 
 		 339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  30.74 
 
 		 872 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  28.98 
 
 		 314 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  29.28 
 
 		 881 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5838  hypothetical protein  34.4 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.28738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  28.67 
 
 		 739 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  26.88 
 
 		 869 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  30.38 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  31 
 
 		 516 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  30.64 
 
 		 584 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  27.95 
 
 		 871 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  27.95 
 
 		 871 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  26.05 
 
 		 872 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  29.86 
 
 		 517 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1342  hypothetical protein  27.57 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481458  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  29.39 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  29.39 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  26.76 
 
 		 880 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  26.76 
 
 		 880 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  25.63 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  25.63 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1351  hypothetical protein  25.8 
 
 		 864 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880074  normal  0.100606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  29.03 
 
 		 866 aa  93.6  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  29.82 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4019  hypothetical protein  26.26 
 
 		 864 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  29.27 
 
 		 854 aa  90.1  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  29 
 
 		 896 aa  90.5  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4150  hypothetical protein  25.17 
 
 		 864 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.155507  normal  0.123779 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  28.52 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  28.09 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00755  conserved inner membrane protein  28.2 
 
 		 318 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00772  hypothetical protein  28.2 
 
 		 318 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0842  hypothetical protein  27.96 
 
 		 318 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0936  hypothetical protein  27.63 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0852  hypothetical protein  27.63 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.9195  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2854  conserved hypothetical protein  27.63 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.552583  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  29.3 
 
 		 864 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2855  hypothetical protein  27.63 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00195846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  28.04 
 
 		 880 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>