155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5004 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  100 
 
 		 317 aa  623  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  48.56 
 
 		 313 aa  291  9e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  46.69 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  49.01 
 
 		 320 aa  259  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  44.25 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1342  hypothetical protein  43.92 
 
 		 338 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481458  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  40.79 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  31.27 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  37.28 
 
 		 872 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  32.28 
 
 		 376 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  35.21 
 
 		 516 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  32.55 
 
 		 368 aa  132  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  27.4 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  28.47 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  30.89 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  27.27 
 
 		 850 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  29.52 
 
 		 364 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  30.69 
 
 		 368 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  30.1 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  27.97 
 
 		 850 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  30.38 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  31.16 
 
 		 368 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  30.26 
 
 		 360 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  30.15 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  30.15 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  31.82 
 
 		 877 aa  129  9.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  29.9 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  29.87 
 
 		 517 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  30.51 
 
 		 363 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  30.03 
 
 		 351 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  29.76 
 
 		 584 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  29.61 
 
 		 356 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  27.27 
 
 		 850 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  33.78 
 
 		 739 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  28.66 
 
 		 323 aa  122  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  28.66 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  38.38 
 
 		 864 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  30.07 
 
 		 353 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  28.23 
 
 		 881 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  28.85 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0633  hypothetical protein  28.79 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  37.94 
 
 		 844 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  30.51 
 
 		 350 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  30.69 
 
 		 331 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  27.82 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  28.19 
 
 		 393 aa  119  7e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  29.1 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  32.45 
 
 		 867 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  28.99 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  28.99 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  31.25 
 
 		 867 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  29.47 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  32.54 
 
 		 692 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  29.45 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  30.8 
 
 		 869 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  27 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  28.67 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  27.53 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  34.63 
 
 		 844 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  27.89 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  27.89 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  30.08 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  28.57 
 
 		 875 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  26.87 
 
 		 351 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  28.66 
 
 		 350 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  29.03 
 
 		 350 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3161  hypothetical protein  30.74 
 
 		 871 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3898  hypothetical protein  30.74 
 
 		 871 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129662  normal  0.427904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3951  hypothetical protein  30.43 
 
 		 350 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0277158  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2647  hypothetical protein  27.61 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2485  hypothetical protein  32.18 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607254  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  29.41 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5576  hypothetical protein  30.9 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.484423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  30.11 
 
 		 863 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2286  integral membrane protein-like protein  29.85 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.042451  hitchhiker  0.0000479445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  28.62 
 
 		 324 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2633  hypothetical protein  30.1 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.288136  normal  0.390769 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  30.11 
 
 		 863 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3502  hypothetical protein  26.79 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  26.8 
 
 		 338 aa  99  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  28.52 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2497  hypothetical protein  30.89 
 
 		 317 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  33.75 
 
 		 896 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  25.17 
 
 		 850 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3039  hypothetical protein  28.57 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0362949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  25.68 
 
 		 850 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  32.43 
 
 		 855 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  26.14 
 
 		 870 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3263  hypothetical protein  30.25 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  24.74 
 
 		 850 aa  96.3  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  30.37 
 
 		 340 aa  96.3  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0811  hypothetical protein  28.03 
 
 		 318 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00494476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  25.34 
 
 		 850 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  28.26 
 
 		 866 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0959  inner membrane protein YbhN  29.26 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.262362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0846  inner membrane protein YbhN  29.26 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0938  hypothetical protein  29.26 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.592392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0906  inner membrane protein YbhN  29.26 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.409444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0874  inner membrane protein YbhN  29.26 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5838  hypothetical protein  27.27 
 
 		 378 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.28738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>