166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1469 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1469  hypothetical protein  100 
 
 
368 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0291454  normal  0.344342 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1656  hypothetical protein  80.58 
 
 
353 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0333336  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3833  hypothetical protein  79.14 
 
 
353 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00492954  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4466  hypothetical protein  79.29 
 
 
363 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1091  hypothetical protein  74.25 
 
 
376 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.298064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1324  hypothetical protein  79.82 
 
 
368 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5547  hypothetical protein  77.58 
 
 
364 aa  527  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.327902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0184  hypothetical protein  57.1 
 
 
360 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0756  hypothetical protein  50.98 
 
 
351 aa  349  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0504  hypothetical protein  52.57 
 
 
351 aa  332  5e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4925  hypothetical protein  50 
 
 
344 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5268  hypothetical protein  50.57 
 
 
344 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0774  hypothetical protein  52.44 
 
 
344 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.551414  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0633  hypothetical protein  52.11 
 
 
351 aa  324  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0886  hypothetical protein  53.14 
 
 
344 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5838  hypothetical protein  41.67 
 
 
378 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.28738  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0841  integral membrane protein-like protein  38.05 
 
 
339 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3194  integral membrane protein-like protein  38.05 
 
 
393 aa  208  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00740284  decreased coverage  0.00804794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1658  hypothetical protein  35.29 
 
 
356 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.648259  normal  0.553887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1041  hypothetical protein  35.29 
 
 
368 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3589  hypothetical protein  31.2 
 
 
362 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.106529  hitchhiker  0.00246674 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2810  putative membrane protein of unknown function  33.76 
 
 
351 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48002  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2915  hypothetical protein  33.75 
 
 
343 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.188326 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2688  hypothetical protein  33.75 
 
 
343 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4793  hypothetical protein  37.66 
 
 
872 aa  169  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0448007  normal  0.10998 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5266  hypothetical protein  39.15 
 
 
739 aa  160  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2169  integral membrane protein-like protein  31.01 
 
 
338 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3646  hypothetical protein  31.91 
 
 
872 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0550  hypothetical protein  32.27 
 
 
880 aa  139  8.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000522518  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0585  hypothetical protein  32.27 
 
 
880 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.351317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1534  hypothetical protein  26.57 
 
 
850 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000274946 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1213  hypothetical protein  30.49 
 
 
863 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1243  hypothetical protein  30.72 
 
 
863 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3617  hypothetical protein  30.46 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4027  hypothetical protein  33.56 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.678695  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0743  hypothetical protein  30.22 
 
 
350 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0600434  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1540  hypothetical protein  25.97 
 
 
850 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396987 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1475  hypothetical protein  26.01 
 
 
850 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.567946  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0781  hypothetical protein  29.3 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0598791  normal  0.277649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0821  hypothetical protein  29.3 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  0.313105 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1597  hypothetical protein  29.24 
 
 
877 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.498807  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0267  hypothetical protein  29.9 
 
 
692 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2712  hypothetical protein  29.26 
 
 
850 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01770  oxacillin resistance-associated protein fmtc  28.96 
 
 
854 aa  129  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.61685  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5004  hypothetical protein  31.16 
 
 
317 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2691  hypothetical protein  29.63 
 
 
850 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2788  hypothetical protein  28.89 
 
 
850 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0150407  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2435  hypothetical protein  27.93 
 
 
881 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0426299  normal  0.757251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1675  protein of unknown function DUF470  29.63 
 
 
850 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0827883  normal  0.0257354 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4044  hypothetical protein  31.58 
 
 
313 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5576  hypothetical protein  30.16 
 
 
355 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.484423  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0484  hypothetical protein  29.28 
 
 
331 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0879  hypothetical protein  29.17 
 
 
317 aa  123  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00199978  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1620  protein of unknown function DUF470  32.2 
 
 
844 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2257  hypothetical protein  34.92 
 
 
864 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.546481  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2527  hypothetical protein  32.13 
 
 
340 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0024  hypothetical protein  30.79 
 
 
338 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3951  hypothetical protein  28.81 
 
 
350 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0277158  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3039  hypothetical protein  37.12 
 
 
344 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0362949  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1145  hypothetical protein  27.81 
 
 
312 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09860  membrane protein  31.47 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3961  Protein regulated by acid pH  29.1 
 
 
870 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0832  hypothetical protein  29.07 
 
 
314 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4539  hypothetical protein  32.79 
 
 
896 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.574606  normal  0.530229 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3226  protein of unknown function DUF470  29.6 
 
 
867 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.598284  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1693  protein of unknown function DUF470  31.82 
 
 
844 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.153321  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3521  protein of unknown function DUF470  29.6 
 
 
867 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0528845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2485  hypothetical protein  33.47 
 
 
310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.607254  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5128  hypothetical protein  30.2 
 
 
320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.79824  normal  0.0594862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0901  hypothetical protein  27.67 
 
 
329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0161  integral membrane protein  28.8 
 
 
584 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0150458 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1045  hypothetical protein  29.35 
 
 
517 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000634893  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0683  integral membrane protein-like protein  29.74 
 
 
324 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.636144 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5951  hypothetical protein  30.27 
 
 
869 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.235832 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3384  hypothetical protein  29.97 
 
 
315 aa  106  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0804  hypothetical protein  29.08 
 
 
313 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1006  protein of unknown function DUF470  32.31 
 
 
320 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2880  hypothetical protein  29.6 
 
 
875 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.91223  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0977  hypothetical protein  32.31 
 
 
320 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5424  hypothetical protein  29.37 
 
 
320 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.06897  hitchhiker  0.00740076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1342  hypothetical protein  31.76 
 
 
338 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481458  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1326  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  103  7e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0644  protein of unknown function DUF470  33.61 
 
 
850 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.166613  hitchhiker  0.000476142 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1286  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  102  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.600402  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1685  hypothetical protein  32.33 
 
 
516 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1858  hypothetical protein  28.81 
 
 
315 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0717922  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4216  hypothetical protein  31.79 
 
 
880 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1562  putative transmembrane protein  28.67 
 
 
866 aa  100  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.354089  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3203  hypothetical protein  28.21 
 
 
311 aa  100  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.030051 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2930  protein of unknown function DUF470  29.8 
 
 
854 aa  99.8  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.58792  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0012  hypothetical protein  30.48 
 
 
340 aa  99.8  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4013  hypothetical protein  31.37 
 
 
880 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.144886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3991  hypothetical protein  28.92 
 
 
880 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2725  hypothetical protein  32.34 
 
 
855 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1476  hypothetical protein  31.2 
 
 
317 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1503  hypothetical protein  31.2 
 
 
317 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1202  hypothetical protein  29.28 
 
 
880 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1231  hypothetical protein  29.28 
 
 
880 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0755535  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5038  hypothetical protein  27.27 
 
 
333 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00557373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1396  hypothetical protein  30.5 
 
 
880 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>