196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1337 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1337  thiamine monophosphate synthase  100 
 
 
210 aa  422  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3809  hypothetical protein  65.84 
 
 
206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1514  putative thiamine monophosphate synthase  65.2 
 
 
207 aa  277  8e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.176973  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3828  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  66.67 
 
 
206 aa  267  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3521  thiamine monophosphate synthase  66.67 
 
 
226 aa  267  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223937  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2434  thiamine monophosphate synthase  61.24 
 
 
209 aa  263  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.366919  normal  0.0278074 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3697  thiamine monophosphate synthase  55.05 
 
 
203 aa  221  6e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431424  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1080  thiamine-phosphate diphosphorylase  40.3 
 
 
216 aa  135  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.71 
 
 
212 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.694137  normal  0.669772 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1962  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  39.13 
 
 
213 aa  125  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.247513  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2104  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.65 
 
 
223 aa  123  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245468  normal  0.0211222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3151  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.93 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2591  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.14 
 
 
214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1315  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.88 
 
 
216 aa  114  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.706384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0750  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.43 
 
 
219 aa  114  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0381  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.89 
 
 
206 aa  103  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1009  thiamine monophosphate synthase  35.42 
 
 
219 aa  95.9  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4318  thiamine monophosphate synthase  36.46 
 
 
223 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261199  normal  0.404897 
 
 
-
 
NC_004310  BR1707  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.34 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1650  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.34 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.694327  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2738  thiamine monophosphate synthase  32.24 
 
 
233 aa  87.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.621055  normal  0.93927 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1208  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.84 
 
 
221 aa  86.3  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0313  thiamine monophosphate synthase  28.08 
 
 
210 aa  85.5  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3522  thiamine monophosphate synthase  32.83 
 
 
214 aa  85.5  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.852533  normal  0.110459 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3535  thiamine monophosphate synthase  33.51 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6930  putative thiamine phosphate pyrophosphorylase (thiamin phosphate synthase/diphosphorylase)  30 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4472  thiamine monophosphate synthase  35.81 
 
 
223 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0155  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.86 
 
 
225 aa  78.2  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4774  thiamine monophosphate synthase  30.93 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1852  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.33 
 
 
204 aa  74.7  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1781  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.69 
 
 
204 aa  74.7  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.83041  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3078  thiamine monophosphate synthase  35.62 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657942  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0604  thiamine-phosphate diphosphorylase  35.83 
 
 
217 aa  72  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0199515  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3182  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.05 
 
 
219 aa  72  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.442853  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0436  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.39 
 
 
204 aa  70.9  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.408006  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2420  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.42 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.656978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0828  thiamine-phosphate diphosphorylase  35.71 
 
 
217 aa  68.9  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3287  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.23 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.633287  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1240  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.79 
 
 
216 aa  67.8  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3675  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.67 
 
 
227 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2628  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.33 
 
 
234 aa  67  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2999  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.97 
 
 
224 aa  63.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.718744  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0372  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  26.63 
 
 
219 aa  64.7  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497058  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4946  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.46 
 
 
207 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4837  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.46 
 
 
207 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0220  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.47 
 
 
214 aa  62.8  0.000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.615766  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2556  thiamine monophosphate synthase  41.35 
 
 
211 aa  62.4  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3568  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.04 
 
 
217 aa  62.4  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0666672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0155  thiamine monophosphate synthase  26.7 
 
 
218 aa  62  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.119372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3269  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.32 
 
 
217 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12400  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.27 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0687  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.19 
 
 
222 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1132  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.75 
 
 
209 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2935  thiamine monophosphate synthase  32.12 
 
 
213 aa  60.5  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.571154  hitchhiker  5.39936e-16 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3303  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.95 
 
 
220 aa  60.1  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0652  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.09 
 
 
218 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614638  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.36 
 
 
220 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4659  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.56 
 
 
207 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.56 
 
 
207 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.655377  normal  0.0379586 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0144  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.92 
 
 
344 aa  59.7  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2663  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.17 
 
 
209 aa  59.7  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0665  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.6 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.3513e-26 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0637  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.67 
 
 
207 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578758  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0497  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.66 
 
 
203 aa  58.9  0.00000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0242  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.78 
 
 
203 aa  58.5  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.784761 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3318  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.94 
 
 
220 aa  58.5  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.195577  normal  0.0232291 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2096  Thiamine-phosphate diphosphorylase  34.59 
 
 
208 aa  58.2  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.255661  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0816  thiamine monophosphate synthase  28.95 
 
 
217 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.380112  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4799  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.64 
 
 
205 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1811  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.49 
 
 
221 aa  57  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.645451  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1005  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.66 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  22.94 
 
 
223 aa  56.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3685  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.67 
 
 
210 aa  56.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1691  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30 
 
 
209 aa  56.6  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0247781  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2326  thiamine monophosphate synthase  29.19 
 
 
222 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.762723  normal  0.234321 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6005  thiamine monophosphate synthase  31.53 
 
 
230 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09270  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.43 
 
 
209 aa  55.1  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36456  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4341  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.95 
 
 
205 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0605  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/phosphomethylpyrimidine kinase  31.01 
 
 
490 aa  54.7  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1532  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.52 
 
 
206 aa  55.1  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1234  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
202 aa  54.3  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0929  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.7 
 
 
211 aa  54.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.013677  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1601  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  22.73 
 
 
234 aa  54.3  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1223  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.43 
 
 
217 aa  53.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.54 
 
 
214 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.309762 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2684  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.83 
 
 
343 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2647  thiamine monophosphate synthase  27.61 
 
 
222 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19208  normal  0.895196 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02388  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.47 
 
 
207 aa  53.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.2838  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1712  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0573115  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2370  thiamine monophosphate synthase  27.61 
 
 
222 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.467805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3432  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3901  thiamine monophosphate synthase  32.61 
 
 
211 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0730  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  26.21 
 
 
216 aa  52.4  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0124065  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3851  phosphomethylpyrimidine kinase  31.43 
 
 
497 aa  52.4  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0400  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.09 
 
 
204 aa  52.4  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1463  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.1 
 
 
211 aa  52.4  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3304  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.26 
 
 
217 aa  52  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.324027  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2902  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.26 
 
 
217 aa  52  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00933541  hitchhiker  0.00130381 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3286  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.73 
 
 
214 aa  52  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000497087  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1375  thiamine monophosphate synthase  25 
 
 
218 aa  51.6  0.000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>