144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3828 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3828  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  100 
 
 
206 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3521  thiamine monophosphate synthase  100 
 
 
226 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223937  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3809  hypothetical protein  87.86 
 
 
206 aa  363  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1337  thiamine monophosphate synthase  65.35 
 
 
210 aa  277  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1514  putative thiamine monophosphate synthase  66.83 
 
 
207 aa  271  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.176973  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2434  thiamine monophosphate synthase  61.69 
 
 
209 aa  255  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.366919  normal  0.0278074 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3697  thiamine monophosphate synthase  59.69 
 
 
203 aa  231  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431424  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  41.58 
 
 
212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.694137  normal  0.669772 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3151  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.3 
 
 
255 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2104  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40 
 
 
223 aa  124  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245468  normal  0.0211222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1080  thiamine-phosphate diphosphorylase  39.2 
 
 
216 aa  121  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1962  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.63 
 
 
213 aa  121  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.247513  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1315  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.37 
 
 
216 aa  120  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.706384 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0750  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.11 
 
 
219 aa  118  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2591  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  36.17 
 
 
214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0381  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.3 
 
 
206 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2738  thiamine monophosphate synthase  35.64 
 
 
233 aa  87.4  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.621055  normal  0.93927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0313  thiamine monophosphate synthase  30.6 
 
 
210 aa  86.3  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1009  thiamine monophosphate synthase  35.23 
 
 
219 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4774  thiamine monophosphate synthase  34.55 
 
 
230 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6930  putative thiamine phosphate pyrophosphorylase (thiamin phosphate synthase/diphosphorylase)  32.98 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4318  thiamine monophosphate synthase  37.77 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261199  normal  0.404897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3535  thiamine monophosphate synthase  34.55 
 
 
233 aa  78.6  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1208  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.07 
 
 
221 aa  78.6  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3522  thiamine monophosphate synthase  30.61 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.852533  normal  0.110459 
 
 
-
 
NC_004310  BR1707  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
221 aa  75.1  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1650  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
221 aa  75.1  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.694327  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4472  thiamine monophosphate synthase  37.04 
 
 
223 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3078  thiamine monophosphate synthase  38.82 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657942  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0155  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.87 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3182  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25 
 
 
219 aa  65.5  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.442853  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3675  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.71 
 
 
227 aa  64.7  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0604  thiamine-phosphate diphosphorylase  30.47 
 
 
217 aa  62.4  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0199515  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3287  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.17 
 
 
208 aa  62  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.633287  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0828  thiamine-phosphate diphosphorylase  25.42 
 
 
217 aa  61.2  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1852  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.72 
 
 
204 aa  59.3  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0605  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/phosphomethylpyrimidine kinase  30.59 
 
 
490 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2556  thiamine monophosphate synthase  32.54 
 
 
211 aa  57.4  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2420  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.31 
 
 
211 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.656978  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1240  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.14 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1781  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.21 
 
 
204 aa  57.4  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.83041  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2096  Thiamine-phosphate diphosphorylase  33.33 
 
 
208 aa  57  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.255661  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1712  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.86 
 
 
220 aa  56.6  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0573115  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2999  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.75 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.718744  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0497  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.74 
 
 
203 aa  56.2  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2663  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.74 
 
 
209 aa  55.8  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0652  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.26 
 
 
218 aa  55.5  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614638  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7282  thiamine monophosphate synthase  35.2 
 
 
234 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00853533  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2628  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.04 
 
 
234 aa  55.1  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0155  thiamine monophosphate synthase  29.23 
 
 
218 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.119372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6005  thiamine monophosphate synthase  32.5 
 
 
230 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666288 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0665  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.49 
 
 
218 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.3513e-26 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3568  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.71 
 
 
217 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0666672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3269  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.29 
 
 
217 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0372  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.93 
 
 
219 aa  52.4  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497058  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1006  Thiamine-phosphate diphosphorylase  27.93 
 
 
216 aa  52.4  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4946  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.08 
 
 
207 aa  52  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0436  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.53 
 
 
204 aa  52  0.000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.408006  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2667  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.68 
 
 
217 aa  52  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.324965 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0400  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.53 
 
 
204 aa  52  0.000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2062  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.85 
 
 
216 aa  51.6  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114882  normal  0.0947623 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0633  thiamine monophosphate synthase  31.07 
 
 
206 aa  51.6  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.24 
 
 
220 aa  51.6  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0144  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.77 
 
 
344 aa  51.6  0.000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3901  thiamine monophosphate synthase  33.8 
 
 
211 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0896  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.7 
 
 
352 aa  50.1  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.833365  normal  0.686436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4837  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.57 
 
 
207 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.71 
 
 
214 aa  50.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.309762 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2235  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  34.69 
 
 
479 aa  50.1  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1405  thiamine monophosphate synthase  27.27 
 
 
213 aa  49.7  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3685  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.59 
 
 
210 aa  49.7  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0637  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.08 
 
 
207 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578758  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1989  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.68 
 
 
210 aa  48.9  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0209  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.46 
 
 
211 aa  48.5  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3318  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.82 
 
 
220 aa  47.4  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.195577  normal  0.0232291 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0730  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.76 
 
 
216 aa  47.8  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0124065  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12400  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.71 
 
 
209 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2347  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.3 
 
 
221 aa  47.8  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09270  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.33 
 
 
209 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36456  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0119  Thiamine-phosphate diphosphorylase  25.64 
 
 
210 aa  47.4  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1811  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.57 
 
 
221 aa  48.1  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.645451  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2909  phosphomethylpyrimidine kinase  30.14 
 
 
497 aa  47  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.112824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2516  thiamine-phosphate diphosphorylase  30.14 
 
 
203 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138551  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0220  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.56 
 
 
214 aa  47  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.615766  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0370  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.59 
 
 
208 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  22.37 
 
 
223 aa  47  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1435  Thiamine-phosphate diphosphorylase  30.56 
 
 
203 aa  46.6  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00770563  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4659  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.06 
 
 
207 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448839  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1132  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.95 
 
 
209 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1348  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.25 
 
 
206 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0005  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.83 
 
 
206 aa  46.6  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4783  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.06 
 
 
207 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.655377  normal  0.0379586 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0816  thiamine monophosphate synthase  26.45 
 
 
217 aa  46.2  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.380112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2595  phosphomethylpyrimidine kinase  30.25 
 
 
494 aa  46.2  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.61105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0566  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.5 
 
 
211 aa  45.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000752501  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02990  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
215 aa  45.8  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4341  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.32 
 
 
205 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1057  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.49 
 
 
343 aa  45.8  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.004946  normal  0.0997928 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0242  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  26.55 
 
 
203 aa  45.8  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.784761 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2520  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
207 aa  45.8  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>