165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3697 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3697  thiamine monophosphate synthase  100 
 
 
203 aa  406  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431424  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3809  hypothetical protein  61.22 
 
 
206 aa  234  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123322  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3828  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  60.32 
 
 
206 aa  227  8e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2434  thiamine monophosphate synthase  58.67 
 
 
209 aa  226  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.366919  normal  0.0278074 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3521  thiamine monophosphate synthase  60.32 
 
 
226 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223937  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1337  thiamine monophosphate synthase  55.05 
 
 
210 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1514  putative thiamine monophosphate synthase  53.96 
 
 
207 aa  218  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.176973  normal  0.661012 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1962  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.3 
 
 
213 aa  118  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.247513  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1495  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.1 
 
 
212 aa  112  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.694137  normal  0.669772 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1315  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.5 
 
 
216 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.706384 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2591  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  37.89 
 
 
214 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3151  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.22 
 
 
255 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0381  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  38.5 
 
 
206 aa  98.6  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0750  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  40.43 
 
 
219 aa  97.1  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2104  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.49 
 
 
223 aa  96.7  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.245468  normal  0.0211222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1080  thiamine-phosphate diphosphorylase  37 
 
 
216 aa  94.7  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0313  thiamine monophosphate synthase  34.83 
 
 
210 aa  94.7  9e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3522  thiamine monophosphate synthase  32.84 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.852533  normal  0.110459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4774  thiamine monophosphate synthase  34.2 
 
 
230 aa  79  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0155  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.53 
 
 
225 aa  77.4  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1009  thiamine monophosphate synthase  33.33 
 
 
219 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3078  thiamine monophosphate synthase  39.04 
 
 
208 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657942  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1208  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  34.29 
 
 
221 aa  73.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1707  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.97 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2738  thiamine monophosphate synthase  33.7 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.621055  normal  0.93927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3269  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.61 
 
 
217 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1650  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.97 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.694327  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3535  thiamine monophosphate synthase  34.42 
 
 
233 aa  71.6  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3568  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.87 
 
 
217 aa  71.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0666672 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3182  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.9 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.442853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4472  thiamine monophosphate synthase  34.35 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2420  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  35.94 
 
 
211 aa  65.1  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.656978  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6930  putative thiamine phosphate pyrophosphorylase (thiamin phosphate synthase/diphosphorylase)  30.98 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.287069 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3675  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.51 
 
 
227 aa  63.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4318  thiamine monophosphate synthase  32.43 
 
 
223 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261199  normal  0.404897 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0400  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.5 
 
 
204 aa  62  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2663  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.41 
 
 
209 aa  60.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1781  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.33 
 
 
204 aa  59.7  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.83041  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2628  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.33 
 
 
234 aa  58.9  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0497  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.81 
 
 
203 aa  59.3  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0604  thiamine-phosphate diphosphorylase  33.33 
 
 
217 aa  58.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0199515  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1852  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.33 
 
 
204 aa  58.5  0.00000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1282  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.21 
 
 
206 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.536618  normal  0.780941 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1240  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.41 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.27 
 
 
223 aa  57.4  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1811  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.14 
 
 
221 aa  56.6  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.645451  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2556  thiamine monophosphate synthase  33.57 
 
 
211 aa  55.8  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7282  thiamine monophosphate synthase  34.42 
 
 
234 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00853533  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3660  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.49 
 
 
220 aa  55.5  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6005  thiamine monophosphate synthase  32.23 
 
 
230 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00666288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0605  thiamine-phosphate pyrophosphorylase/phosphomethylpyrimidine kinase  30.61 
 
 
490 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2999  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.57 
 
 
224 aa  55.1  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.718744  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3685  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.69 
 
 
210 aa  54.7  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0816  thiamine monophosphate synthase  28.95 
 
 
217 aa  54.7  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.380112  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1712  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.61 
 
 
220 aa  54.7  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0573115  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0828  thiamine-phosphate diphosphorylase  27.93 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0372  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.86 
 
 
219 aa  53.9  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000497058  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4170  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.73 
 
 
201 aa  54.3  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.623908  normal  0.52609 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3318  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.94 
 
 
220 aa  53.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.195577  normal  0.0232291 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1368  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.87 
 
 
365 aa  53.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.524473  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0242  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.09 
 
 
203 aa  53.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.784761 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1005  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.58 
 
 
202 aa  53.9  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3287  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.24 
 
 
208 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.633287  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1691  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.93 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0247781  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2667  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.78 
 
 
217 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.324965 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2326  thiamine monophosphate synthase  31.69 
 
 
222 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.762723  normal  0.234321 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2096  Thiamine-phosphate diphosphorylase  34.07 
 
 
208 aa  52.8  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.255661  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0155  thiamine monophosphate synthase  27.45 
 
 
218 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.119372 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1500  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.14 
 
 
207 aa  52  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0687  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.59 
 
 
222 aa  52  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0829  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.56 
 
 
213 aa  52  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.982504  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1379  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  31.01 
 
 
215 aa  51.6  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000146383  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1532  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  33.09 
 
 
206 aa  52  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0652  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.81 
 
 
218 aa  51.6  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614638  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0220  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase  25.5 
 
 
214 aa  51.6  0.000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.615766  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0436  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.64 
 
 
204 aa  51.2  0.000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.408006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2935  thiamine monophosphate synthase  28.57 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.571154  hitchhiker  5.39936e-16 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0144  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.92 
 
 
344 aa  51.2  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3749  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  28.76 
 
 
222 aa  50.1  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2565  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.69 
 
 
206 aa  50.1  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.795825  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0820  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  23.33 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000106219  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02388  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.43 
 
 
207 aa  50.1  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.2838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0665  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  24.68 
 
 
218 aa  49.7  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.3513e-26 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2235  hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase  28.1 
 
 
479 aa  49.3  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1918  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.93 
 
 
212 aa  49.3  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1348  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.11 
 
 
206 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0209  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  26.32 
 
 
211 aa  48.5  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0929  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  27.78 
 
 
211 aa  48.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.013677  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2595  phosphomethylpyrimidine kinase  32.61 
 
 
494 aa  48.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.61105  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0392  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.65 
 
 
214 aa  48.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.309762 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0984  putative thiamine-phosphate pyrophosphorylase protein  25.43 
 
 
198 aa  47.8  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.462651 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0958  thiamine monophosphate synthase  30.89 
 
 
212 aa  47.8  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.578889  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2347  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  32.79 
 
 
221 aa  47.4  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1683  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  30.15 
 
 
218 aa  47.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000047745  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2647  thiamine monophosphate synthase  27.69 
 
 
222 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19208  normal  0.895196 
 
 
-
 
NC_002950  PG2109  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.32 
 
 
647 aa  47.4  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.671125 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0370  Thiamine-phosphate diphosphorylase  27.13 
 
 
183 aa  47.4  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380325  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1375  thiamine monophosphate synthase  23.26 
 
 
218 aa  47  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14351  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  29.5 
 
 
353 aa  47  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2370  thiamine monophosphate synthase  27.92 
 
 
222 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.467805 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>