More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2315 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
205 aa  409  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.566047  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  57.5 
 
 
207 aa  217  8.999999999999998e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  54.23 
 
 
201 aa  216  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.83 
 
 
207 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.74 
 
 
201 aa  213  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 
207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  54.73 
 
 
201 aa  208  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 
201 aa  208  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  51 
 
 
209 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 
201 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 
201 aa  203  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.24 
 
 
201 aa  202  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.74 
 
 
201 aa  202  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
201 aa  201  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
202 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  50.73 
 
 
762 aa  200  9.999999999999999e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  51.49 
 
 
202 aa  199  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
201 aa  198  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 
211 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 
201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
202 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 
201 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
201 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  50.77 
 
 
200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  49.06 
 
 
215 aa  193  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
201 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
212 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  50.73 
 
 
772 aa  192  3e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 
201 aa  191  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  47.93 
 
 
218 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 
215 aa  190  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  49.49 
 
 
201 aa  189  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 
212 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
212 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 
201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
200 aa  188  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
212 aa  187  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.1 
 
 
216 aa  187  9e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
214 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  48.21 
 
 
200 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
213 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  48.37 
 
 
215 aa  186  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  48.98 
 
 
201 aa  186  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  48.98 
 
 
201 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.87 
 
 
240 aa  186  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  46.8 
 
 
722 aa  186  2e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
214 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
214 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.19 
 
 
215 aa  185  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.73 
 
 
200 aa  184  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
215 aa  184  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
200 aa  184  8e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.62 
 
 
215 aa  184  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24772  predicted protein  45.83 
 
 
801 aa  184  9e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0423  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  45.64 
 
 
194 aa  183  1.0000000000000001e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0497347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.24 
 
 
213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 
200 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.67 
 
 
216 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
214 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
215 aa  182  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
201 aa  182  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
214 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.1 
 
 
215 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 
214 aa  181  7e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2731  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.39 
 
 
212 aa  181  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.413417  normal  0.151931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 
201 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 
201 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 
201 aa  181  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.1 
 
 
215 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1173  isopropylmalate isomerase small subunit  47.57 
 
 
202 aa  181  9.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  46.95 
 
 
212 aa  180  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  46.45 
 
 
212 aa  181  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 
201 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 
216 aa  180  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
215 aa  180  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 
201 aa  179  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  46.23 
 
 
215 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  45.96 
 
 
201 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 
201 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
216 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4709  isopropylmalate isomerase small subunit  49.23 
 
 
192 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.37 
 
 
213 aa  178  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  46.92 
 
 
212 aa  177  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0776  isopropylmalate isomerase small subunit  46.57 
 
 
207 aa  177  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0626  isopropylmalate isomerase small subunit  46.57 
 
 
207 aa  177  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>