More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4709 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4709  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 192 aa  393  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1173  isopropylmalate isomerase small subunit  75 
 
 		 202 aa  307  6.999999999999999e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.981045  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2131  isopropylmalate isomerase small subunit  74.48 
 
 		 197 aa  302  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 		 201 aa  214  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  50.75 
 
 		 201 aa  208  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.74 
 
 		 201 aa  208  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 		 201 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.95 
 
 		 216 aa  204  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  52.24 
 
 		 201 aa  201  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50 
 
 		 212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.75 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 		 202 aa  198  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0279  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.14 
 
 		 195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.75 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 200 aa  195  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  50.5 
 
 		 201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 		 201 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  51.24 
 
 		 201 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 		 209 aa  194  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 		 201 aa  193  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.67 
 
 		 215 aa  192  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  48.1 
 
 		 212 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 		 202 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  48.1 
 
 		 212 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  49.25 
 
 		 207 aa  191  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  48.57 
 
 		 214 aa  191  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  48.72 
 
 		 211 aa  191  6e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.74 
 
 		 207 aa  191  8e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 213 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  48.56 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.14 
 
 		 213 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 		 215 aa  189  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.1 
 
 		 215 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 		 200 aa  188  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 212 aa  188  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 		 201 aa  188  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  48.57 
 
 		 214 aa  188  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.1 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  48.1 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 214 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_24772  predicted protein  48.51 
 
 		 801 aa  187  7e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  48.1 
 
 		 215 aa  187  8e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 		 200 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 214 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 214 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  47.98 
 
 		 214 aa  186  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  46.23 
 
 		 722 aa  186  2e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 214 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 216 aa  186  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 216 aa  185  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.92 
 
 		 240 aa  184  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 		 215 aa  184  6e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  44.76 
 
 		 215 aa  184  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  49.75 
 
 		 201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  44.76 
 
 		 216 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 215 aa  182  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  46.46 
 
 		 200 aa  181  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 		 218 aa  181  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  46.97 
 
 		 200 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 215 aa  180  9.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  45.32 
 
 		 216 aa  180  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  45.32 
 
 		 216 aa  180  9.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 		 215 aa  180  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.93 
 
 		 213 aa  180  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5021  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.76 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.447275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 216 aa  179  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.23 
 
 		 205 aa  179  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.566047  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  43.33 
 
 		 216 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 216 aa  178  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  44.83 
 
 		 216 aa  178  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0626  isopropylmalate isomerase small subunit  47.55 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0776  isopropylmalate isomerase small subunit  47.55 
 
 		 207 aa  178  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.76 
 
 		 216 aa  178  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  47.03 
 
 		 216 aa  177  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  51.05 
 
 		 207 aa  177  8e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  43.84 
 
 		 216 aa  177  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  48.47 
 
 		 762 aa  177  1e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  48.26 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  48.26 
 
 		 201 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  47.72 
 
 		 772 aa  176  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 		 212 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1979  isopropylmalate isomerase small subunit  50.26 
 
 		 191 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  44.29 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  45.81 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1899  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 		 191 aa  175  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  44.61 
 
 		 217 aa  175  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>