More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0203 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0203  AraC-type transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  709    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0183  AraC family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 336 aa  518  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3994  AraC family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 342 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05327  hypothetical protein  38.72 
 
 		 333 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000561  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  38.11 
 
 		 333 aa  243  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.105834  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0940  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  22.59 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  21.53 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  24.75 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  28.21 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 358 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 358 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 341 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  23.23 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  21.83 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  29.48 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0082  hypothetical protein  33.11 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00626494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 341 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2047  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 350 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0094  regulatory protein  31.79 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  26.94 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 353 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  22.29 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  24.32 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.18 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  20.95 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  22.45 
 
 		 350 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  20.51 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 358 aa  60.1  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3859  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 336 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 364 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  22.39 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  22.55 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  25.47 
 
 		 339 aa  57  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  21.58 
 
 		 365 aa  57  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 354 aa  56.2  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1830  Fis family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 348 aa  55.8  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.733029  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 350 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 335 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 344 aa  55.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>