109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3028 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1075  phospholipase D/transphosphatidylase  85.22 
 
 		 487 aa  867    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3028  phospholipase D/transphosphatidylase  100 
 
 		 481 aa  986    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.66 
 
 		 545 aa  243  5e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.14 
 
 		 585 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  33.14 
 
 		 545 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  33.14 
 
 		 545 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  32.6 
 
 		 543 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4857  phospholipase D/transphosphatidylase  34.99 
 
 		 528 aa  228  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404738  hitchhiker  0.00000312959 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02971  hypothetical protein  36.68 
 
 		 467 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.977109 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0302  phospholipase D/transphosphatidylase  34.42 
 
 		 479 aa  221  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0396  phospholipase D/transphosphatidylase  34.92 
 
 		 472 aa  209  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.0001004  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02951  hypothetical protein  37.87 
 
 		 260 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4280  phospholipase D/transphosphatidylase  25.87 
 
 		 376 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000117632  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2958  phospholipase D/transphosphatidylase  26.51 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3593  phospholipase D/transphosphatidylase  28.29 
 
 		 393 aa  94  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0515773 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1414  phospholipase D/Transphosphatidylase  25.52 
 
 		 386 aa  83.2  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0059  phospholipase D (PLD) family protein  33.55 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000614493  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0047  endonuclease  31.22 
 
 		 183 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0126  phospholipase D (PLD) family protein  32.41 
 
 		 175 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.204585  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0054  endonuclease  32.24 
 
 		 169 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5710  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25.25 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2448  phospholipase D/transphosphatidylase  24.06 
 
 		 558 aa  73.9  0.000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4723  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  32.62 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.932181  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0495  phospholipase D/transphosphatidylase  25.94 
 
 		 556 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.214347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1243  nuclease-related protein  32.62 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.77863  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1562  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  32.62 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1481  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  29.53 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.710904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1501  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  32.14 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1930  phospholipase D/transphosphatidylase  28.65 
 
 		 180 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1105  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  31.91 
 
 		 242 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.336022  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0290  endonuclease  29.45 
 
 		 176 aa  70.1  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1585  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  31.91 
 
 		 207 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1653  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  32.87 
 
 		 245 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.845862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6783  putative endonuclease  32.31 
 
 		 186 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.023889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1079  phospholipase D  29.8 
 
 		 176 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0971  putative phospholipase D  29.8 
 
 		 176 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2109  endonuclease Nuc  28.19 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2720  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  24.02 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1890  endonuclease  25.26 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3384  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  26 
 
 		 229 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.456432 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1476  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0216619  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2492  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 223 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.920435  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1969  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.139279  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3336  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270623  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2335  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2376  endonuclease Nuc  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1242  phospholipase D (PLD) family protein  29.14 
 
 		 207 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255553  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2237  phospholipase D/Transphosphatidylase  21.81 
 
 		 363 aa  62.4  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.289369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0099  phospholipase D (PLD) family protein  28.08 
 
 		 183 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1188  phospholipase D/Transphosphatidylase  30.41 
 
 		 196 aa  62  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000788745  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1393  hypothetical protein  28.57 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3340  phospholipase D/transphosphatidylase  23.2 
 
 		 575 aa  61.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.014748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1571  hypothetical protein  24.94 
 
 		 561 aa  61.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0411121  normal  0.0104962 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3378  hypothetical protein  24.06 
 
 		 575 aa  60.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16200  hypothetical protein  26.85 
 
 		 230 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0711  phospholipase D/transphosphatidylase  20.48 
 
 		 294 aa  59.7  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5578  phospholipase D/transphosphatidylase  32.35 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1736  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  33.9 
 
 		 213 aa  59.3  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000866452  hitchhiker  0.000020321 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2079  endonuclease  33.9 
 
 		 213 aa  59.3  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0039  endonuclease  32.14 
 
 		 177 aa  58.5  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1827  putative endonuclease  31.47 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.682836  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5186  hypothetical protein  24.03 
 
 		 558 aa  56.6  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0525  phospholipase D/transphosphatidylase  26.83 
 
 		 203 aa  56.2  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2331  putative endonuclease protein  29.69 
 
 		 189 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870825  normal  0.178627 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2347  phospholipase D/transphosphatidylase  24.19 
 
 		 559 aa  55.5  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0120  phospholipase D family protein  28.97 
 
 		 162 aa  55.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0285948  hitchhiker  2.06745e-40 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2720  putative endonuclease protein  29.69 
 
 		 194 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2601  putative phosphoslipase  22.49 
 
 		 392 aa  53.9  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.809365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2621  putative endonuclease protein  28.06 
 
 		 197 aa  53.5  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.958419  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0127  phospholipase D/Transphosphatidylase  22.51 
 
 		 484 aa  53.5  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.248626  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6817  putative endonuclease  32.38 
 
 		 208 aa  53.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0130  phospholipase D/Transphosphatidylase  29.2 
 
 		 198 aa  52.8  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2108  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  27.7 
 
 		 176 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3119  hypothetical protein  23.8 
 
 		 383 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274638  hitchhiker  0.00609959 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06501  hypothetical protein  23.94 
 
 		 234 aa  52.4  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4968  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  29.51 
 
 		 219 aa  51.6  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134103  normal  0.0409016 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4982  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  27.81 
 
 		 252 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00261395 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4213  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  27.92 
 
 		 205 aa  51.2  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00000010604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1319  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  28 
 
 		 219 aa  51.2  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1024  phospholipase D family protein  31.48 
 
 		 422 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_7664  predicted protein  26.85 
 
 		 151 aa  50.4  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305132  normal  0.408477 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0227  hypothetical protein  31 
 
 		 203 aa  50.4  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.610761 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5002  endonuclease  29.59 
 
 		 190 aa  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.209573 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5407  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  27.98 
 
 		 188 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0357  phospholipase D family protein  20.9 
 
 		 359 aa  49.3  0.0002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.217708  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  29.58 
 
 		 758 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0213  phospholipase D/transphosphatidylase  31.62 
 
 		 192 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.387625  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0232  phospholipase D/transphosphatidylase  24.34 
 
 		 282 aa  49.3  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0919591  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1010  phospholipase D/Transphosphatidylase  31.43 
 
 		 366 aa  48.5  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.680316  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6541  hypothetical protein  23.67 
 
 		 715 aa  48.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.322515 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3425  hypothetical protein  31.5 
 
 		 569 aa  47.4  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0878  phospholipase D/transphosphatidylase  34.57 
 
 		 413 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0432  phospholipase D family protein  33.33 
 
 		 311 aa  46.2  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0277  phospholipase D/transphosphatidylase  26.89 
 
 		 286 aa  45.8  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0166843  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1450  hypothetical protein  39.24 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.173924  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0279  phospholipase D/transphosphatidylase  26.89 
 
 		 286 aa  45.8  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2427  phospholipase-like protein  26.53 
 
 		 620 aa  45.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.926405  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0433  phospholipase D family protein  30.36 
 
 		 448 aa  44.7  0.003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.395138  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1297  phospholipase D/transphosphatidylase  29.63 
 
 		 355 aa  45.1  0.003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4559  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  30 
 
 		 383 aa  44.3  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>