71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3378 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3378  hypothetical protein  100 
 
 		 575 aa  1195    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6541  hypothetical protein  29.69 
 
 		 715 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.322515 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0565  hypothetical protein  27.54 
 
 		 659 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3447  phospholipase D/transphosphatidylase  27.96 
 
 		 613 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.964936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5186  hypothetical protein  25.73 
 
 		 558 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5274  phospholipase D/transphosphatidylase  28.46 
 
 		 598 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3093  phospholipase D/transphosphatidylase  28.46 
 
 		 598 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4994  phospholipase D/transphosphatidylase  28.09 
 
 		 598 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.328627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0376  phospholipase D/transphosphatidylase  28.35 
 
 		 597 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2088  phospholipase D/transphosphatidylase  25.78 
 
 		 601 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1993  phospholipase D/transphosphatidylase  25.78 
 
 		 601 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1640  phospholipase D domain-containing protein  25.78 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0687  hypothetical protein  25.78 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.128998  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0575  hypothetical protein  25.78 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.577633  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0772  hypothetical protein  25.78 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0503  phospholipase D  25.78 
 
 		 601 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0890  hypothetical protein  26.1 
 
 		 600 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3095  hypothetical protein  25.5 
 
 		 548 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.312761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4634  phospholipase D/transphosphatidylase  28.12 
 
 		 593 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3012  hypothetical protein  27.27 
 
 		 591 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6987  phospholipase D/Transphosphatidylase  27.36 
 
 		 590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5163  phospholipase D/transphosphatidylase  27.66 
 
 		 593 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.111415 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1571  hypothetical protein  23.27 
 
 		 561 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0411121  normal  0.0104962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3425  hypothetical protein  24.78 
 
 		 569 aa  97.1  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4092  hypothetical protein  25.75 
 
 		 589 aa  92.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0681122  normal  0.10064 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3979  hypothetical protein  25.75 
 
 		 589 aa  92.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46540  hypothetical protein  22.83 
 
 		 566 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000624793  hitchhiker  0.00000317179 
 
 
-
 
NC_002950  PG1291  hypothetical protein  24.02 
 
 		 575 aa  89  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2958  phospholipase D/transphosphatidylase  25.57 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4280  phospholipase D/transphosphatidylase  25.82 
 
 		 376 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000117632  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2486  hypothetical protein  24.81 
 
 		 585 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  23.7 
 
 		 545 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  23.51 
 
 		 545 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2601  putative phosphoslipase  27.78 
 
 		 392 aa  63.5  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.809365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3593  phospholipase D/transphosphatidylase  26.4 
 
 		 393 aa  62  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0515773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3028  phospholipase D/transphosphatidylase  24.35 
 
 		 481 aa  60.8  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2720  putative endonuclease protein  54.9 
 
 		 194 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2331  putative endonuclease protein  54.9 
 
 		 189 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870825  normal  0.178627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2452  putative endonuclease protein  54.9 
 
 		 189 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1414  phospholipase D/Transphosphatidylase  23.51 
 
 		 386 aa  55.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1075  phospholipase D/transphosphatidylase  23.23 
 
 		 487 aa  56.2  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0126  phospholipase D (PLD) family protein  35.07 
 
 		 175 aa  54.3  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.204585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  26.39 
 
 		 545 aa  53.5  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2237  phospholipase D/Transphosphatidylase  23.62 
 
 		 363 aa  51.2  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.289369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1827  putative endonuclease  41.82 
 
 		 184 aa  50.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.682836  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  25 
 
 		 543 aa  50.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1105  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  42.62 
 
 		 242 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.336022  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4723  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  42.62 
 
 		 207 aa  48.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.932181  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1562  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  42.62 
 
 		 207 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1585  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  42.62 
 
 		 207 aa  47.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2109  endonuclease Nuc  50 
 
 		 223 aa  47.4  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1481  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  47.17 
 
 		 207 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.710904  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2492  endonuclease Nuc  50 
 
 		 223 aa  47.4  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.920435  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1242  phospholipase D (PLD) family protein  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255553  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1476  endonuclease Nuc  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0216619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1969  endonuclease Nuc  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.139279  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2376  endonuclease Nuc  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2335  endonuclease Nuc  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3336  endonuclease Nuc  50 
 
 		 207 aa  47  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270623  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1501  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  47.17 
 
 		 242 aa  47  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1653  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  48.08 
 
 		 245 aa  47  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.845862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02971  hypothetical protein  25.36 
 
 		 467 aa  46.6  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.977109 
 
 
-
 
NC_002978  WD1243  nuclease-related protein  45.28 
 
 		 176 aa  46.2  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.77863  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0099  phospholipase D (PLD) family protein  43.4 
 
 		 183 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_7664  predicted protein  28.32 
 
 		 151 aa  45.4  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305132  normal  0.408477 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0302  phospholipase D/transphosphatidylase  22.16 
 
 		 479 aa  45.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0290  endonuclease  41.94 
 
 		 176 aa  45.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04805  hypothetical protein  35.38 
 
 		 165 aa  44.3  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207481  normal  0.316155 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1188  phospholipase D/Transphosphatidylase  27.41 
 
 		 196 aa  44.7  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000788745  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2079  endonuclease  46.3 
 
 		 213 aa  43.9  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1736  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  46.3 
 
 		 213 aa  43.9  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000866452  hitchhiker  0.000020321 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>