105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1075 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1075  phospholipase D/transphosphatidylase  100 
 
 
487 aa  1001    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3028  phospholipase D/transphosphatidylase  86.36 
 
 
481 aa  842    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14441  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  33.84 
 
 
545 aa  253  7e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  34.55 
 
 
545 aa  250  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  34.36 
 
 
545 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  32.36 
 
 
543 aa  240  4e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.19 
 
 
585 aa  238  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4857  phospholipase D/transphosphatidylase  35.4 
 
 
528 aa  230  5e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404738  hitchhiker  0.00000312959 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02971  hypothetical protein  34.95 
 
 
467 aa  217  4e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.977109 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0302  phospholipase D/transphosphatidylase  34.95 
 
 
479 aa  212  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0396  phospholipase D/transphosphatidylase  34.22 
 
 
472 aa  202  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.0001004  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02951  hypothetical protein  38.3 
 
 
260 aa  143  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4280  phospholipase D/transphosphatidylase  25.51 
 
 
376 aa  100  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000117632  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2958  phospholipase D/transphosphatidylase  25.57 
 
 
404 aa  93.6  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3593  phospholipase D/transphosphatidylase  28.21 
 
 
393 aa  92.8  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0515773 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1414  phospholipase D/Transphosphatidylase  25.9 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0059  phospholipase D (PLD) family protein  34.48 
 
 
196 aa  80.5  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000614493  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5710  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  26.79 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0126  phospholipase D (PLD) family protein  30.27 
 
 
175 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.204585  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2448  phospholipase D/transphosphatidylase  25.51 
 
 
558 aa  73.2  0.000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0290  endonuclease  27.61 
 
 
176 aa  72  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0054  endonuclease  29.14 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1243  nuclease-related protein  35.51 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.77863  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1079  phospholipase D  37.61 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0971  putative phospholipase D  37.61 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0047  endonuclease  28.87 
 
 
183 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0495  phospholipase D/transphosphatidylase  23.41 
 
 
556 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.214347  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1930  phospholipase D/transphosphatidylase  26.32 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0711  phospholipase D/transphosphatidylase  21.51 
 
 
294 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1890  endonuclease  27.32 
 
 
193 aa  64.7  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2720  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  25.63 
 
 
184 aa  63.9  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4723  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  30.5 
 
 
207 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.932181  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5578  phospholipase D/transphosphatidylase  34.31 
 
 
234 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2237  phospholipase D/Transphosphatidylase  23.16 
 
 
363 aa  62.8  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.289369  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1562  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  30.5 
 
 
207 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1481  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  27.52 
 
 
207 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.710904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1501  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  28.99 
 
 
242 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6783  putative endonuclease  29.69 
 
 
186 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.023889  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3384  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25 
 
 
229 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.456432 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1653  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  30.07 
 
 
245 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.845862  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0099  phospholipase D (PLD) family protein  28.08 
 
 
183 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0039  endonuclease  32.22 
 
 
177 aa  61.2  0.00000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1105  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  29.79 
 
 
242 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.336022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1585  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  29.79 
 
 
207 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1188  phospholipase D/Transphosphatidylase  27.4 
 
 
196 aa  60.8  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000788745  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2109  endonuclease Nuc  32.08 
 
 
223 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1476  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0216619  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2492  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
223 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.920435  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1969  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.139279  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3336  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270623  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3119  hypothetical protein  21.91 
 
 
383 aa  58.9  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274638  hitchhiker  0.00609959 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2335  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2376  endonuclease Nuc  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1242  phospholipase D (PLD) family protein  34.26 
 
 
207 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255553  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1393  hypothetical protein  26.03 
 
 
230 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1571  hypothetical protein  25.71 
 
 
561 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0411121  normal  0.0104962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16200  hypothetical protein  26.03 
 
 
230 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3340  phospholipase D/transphosphatidylase  22.25 
 
 
575 aa  57.4  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.014748  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1736  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  31.65 
 
 
213 aa  57.4  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000866452  hitchhiker  0.000020321 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2079  endonuclease  31.65 
 
 
213 aa  57.4  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3378  hypothetical protein  23.23 
 
 
575 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0120  phospholipase D family protein  28.67 
 
 
162 aa  55.5  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0285948  hitchhiker  2.06745e-40 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2347  phospholipase D/transphosphatidylase  23.46 
 
 
559 aa  54.7  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1827  putative endonuclease  34.86 
 
 
184 aa  54.3  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.682836  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0357  phospholipase D family protein  20.24 
 
 
359 aa  54.3  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.217708  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0525  phospholipase D/transphosphatidylase  25.15 
 
 
203 aa  54.3  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0127  phospholipase D/Transphosphatidylase  25.56 
 
 
484 aa  53.5  0.000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.248626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06501  hypothetical protein  22.6 
 
 
234 aa  53.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2621  putative endonuclease protein  27.87 
 
 
197 aa  52.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.958419  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3979  hypothetical protein  23.47 
 
 
589 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2720  putative endonuclease protein  28.12 
 
 
194 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2331  putative endonuclease protein  28.12 
 
 
189 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870825  normal  0.178627 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4092  hypothetical protein  23.47 
 
 
589 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0681122  normal  0.10064 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1319  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  27.1 
 
 
219 aa  51.6  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0130  phospholipase D/Transphosphatidylase  26.22 
 
 
198 aa  51.6  0.00004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4982  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25.69 
 
 
252 aa  51.2  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00261395 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3572  phospholipase D/transphosphatidylase  33.33 
 
 
180 aa  50.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2108  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  26.21 
 
 
176 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6817  putative endonuclease  29.52 
 
 
208 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2595  phospholipase D/Transphosphatidylase  27.59 
 
 
560 aa  49.7  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4968  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  34.55 
 
 
219 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134103  normal  0.0409016 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4213  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  27.94 
 
 
205 aa  48.9  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00000010604  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  33.02 
 
 
758 aa  49.3  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0644  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  31.61 
 
 
193 aa  49.3  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.524645  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1010  phospholipase D/Transphosphatidylase  23.36 
 
 
366 aa  48.5  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.680316  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5002  endonuclease  30 
 
 
190 aa  47.8  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.209573 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1027  phospholipase D/transphosphatidylase  29.81 
 
 
184 aa  47.8  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.422314  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1297  phospholipase D/transphosphatidylase  31.48 
 
 
355 aa  47.8  0.0005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6987  phospholipase D/Transphosphatidylase  21.51 
 
 
590 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5407  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  28.19 
 
 
188 aa  47.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1291  hypothetical protein  24.07 
 
 
575 aa  47.4  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0213  phospholipase D/transphosphatidylase  31.03 
 
 
192 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.387625  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0232  phospholipase D/transphosphatidylase  24.03 
 
 
282 aa  46.2  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0919591  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0432  phospholipase D family protein  31.78 
 
 
311 aa  45.4  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1024  phospholipase D family protein  35.37 
 
 
422 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0878  phospholipase D/transphosphatidylase  34.15 
 
 
413 aa  45.8  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0277  phospholipase D/transphosphatidylase  26.89 
 
 
286 aa  45.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0166843  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0227  hypothetical protein  28.57 
 
 
203 aa  45.8  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.610761 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0785  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  31.78 
 
 
349 aa  45.1  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0279  phospholipase D/transphosphatidylase  26.89 
 
 
286 aa  45.4  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>