126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3384 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3384  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  100 
 
 
229 aa  473  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.456432 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16200  hypothetical protein  72.05 
 
 
230 aa  321  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1393  hypothetical protein  71.62 
 
 
230 aa  321  6e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06501  hypothetical protein  43.1 
 
 
234 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0126  phospholipase D (PLD) family protein  36.43 
 
 
175 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.204585  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2958  phospholipase D/transphosphatidylase  32.12 
 
 
404 aa  101  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0039  endonuclease  33.82 
 
 
177 aa  100  1e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2720  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  36.03 
 
 
184 aa  95.5  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1243  nuclease-related protein  33.82 
 
 
176 aa  92.4  5e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.77863  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0120  phospholipase D family protein  33.09 
 
 
162 aa  92.4  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0285948  hitchhiker  2.06745e-40 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1414  phospholipase D/Transphosphatidylase  34.31 
 
 
386 aa  89.4  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0227  hypothetical protein  28.37 
 
 
203 aa  88.6  7e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.610761 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0059  phospholipase D (PLD) family protein  34.68 
 
 
196 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000614493  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4695  nuclease-related protein  27.72 
 
 
206 aa  80.1  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.353435 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_7664  predicted protein  33.83 
 
 
151 aa  80.9  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305132  normal  0.408477 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2237  phospholipase D/Transphosphatidylase  32.9 
 
 
363 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.289369  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1188  phospholipase D/Transphosphatidylase  30.92 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000788745  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5578  phospholipase D/transphosphatidylase  32.81 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4280  phospholipase D/transphosphatidylase  27.32 
 
 
376 aa  79  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000117632  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2331  putative endonuclease protein  30.63 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870825  normal  0.178627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2720  putative endonuclease protein  30.63 
 
 
194 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4857  phospholipase D/transphosphatidylase  29.17 
 
 
528 aa  77.8  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404738  hitchhiker  0.00000312959 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0130  phospholipase D/Transphosphatidylase  29.91 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.41 
 
 
585 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3593  phospholipase D/transphosphatidylase  34.4 
 
 
393 aa  76.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0515773 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0396  phospholipase D/transphosphatidylase  32.37 
 
 
472 aa  74.7  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.0001004  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1481  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  28.66 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.710904  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  27.89 
 
 
545 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0290  endonuclease  30.92 
 
 
176 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1501  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  28.66 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  27.89 
 
 
545 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2601  putative phosphoslipase  27.92 
 
 
392 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.809365  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4723  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  30 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.932181  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1585  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  30 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1562  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  30 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1105  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  30 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.336022  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2452  putative endonuclease protein  32.26 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1476  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0216619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1969  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.139279  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3336  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270623  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2335  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2376  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1242  phospholipase D (PLD) family protein  29.53 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2492  endonuclease Nuc  29.53 
 
 
223 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.920435  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02951  hypothetical protein  28.28 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1736  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  29.77 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000866452  hitchhiker  0.000020321 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2079  endonuclease  29.77 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1890  endonuclease  31.16 
 
 
193 aa  70.5  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0099  phospholipase D (PLD) family protein  27.14 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1930  phospholipase D/transphosphatidylase  27.14 
 
 
180 aa  68.9  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  27.27 
 
 
543 aa  68.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02971  hypothetical protein  27.59 
 
 
467 aa  68.6  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.977109 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2109  endonuclease Nuc  27.52 
 
 
223 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0127  phospholipase D/Transphosphatidylase  28.91 
 
 
484 aa  67.8  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.248626  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1653  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  28.57 
 
 
245 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.845862  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  24.9 
 
 
758 aa  66.6  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1827  putative endonuclease  29.55 
 
 
184 aa  66.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.682836  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2108  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  25.74 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1079  phospholipase D  30.47 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0971  putative phospholipase D  30.47 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4982  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  28.26 
 
 
252 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00261395 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0054  endonuclease  25.18 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0357  phospholipase D family protein  27.27 
 
 
359 aa  64.7  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.217708  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6817  putative endonuclease  29.55 
 
 
208 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0302  phospholipase D/transphosphatidylase  26.09 
 
 
479 aa  63.2  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3028  phospholipase D/transphosphatidylase  26 
 
 
481 aa  63.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14441  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0047  endonuclease  25 
 
 
183 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0279  phospholipase D/transphosphatidylase  26.8 
 
 
286 aa  62.4  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  25.75 
 
 
545 aa  62.4  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1075  phospholipase D/transphosphatidylase  25 
 
 
487 aa  61.6  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0277  phospholipase D/transphosphatidylase  26.71 
 
 
286 aa  61.2  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0166843  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1319  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25.17 
 
 
219 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2621  putative endonuclease protein  29.51 
 
 
197 aa  60.5  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.958419  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4968  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  26.28 
 
 
219 aa  59.3  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134103  normal  0.0409016 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5002  endonuclease  30.28 
 
 
190 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.209573 
 
 
-
 
NC_002620  TC0440  phospholipase D family protein  29.09 
 
 
439 aa  57  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6783  putative endonuclease  25.17 
 
 
186 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.023889  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0644  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  27.07 
 
 
193 aa  56.6  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.524645  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0711  phospholipase D/transphosphatidylase  28.79 
 
 
294 aa  55.1  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1027  phospholipase D/transphosphatidylase  26.02 
 
 
184 aa  55.1  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.422314  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4213  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  25.39 
 
 
205 aa  54.7  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00000010604  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5407  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  29.58 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1179  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25.36 
 
 
247 aa  53.9  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3602  phospholipase D/transphosphatidylase  32.97 
 
 
257 aa  51.2  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0836596  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1740  phospholipase D family protein  25 
 
 
458 aa  51.2  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0041  phospholipase D/transphosphatidylase  23.77 
 
 
196 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0433  phospholipase D family protein  24.8 
 
 
448 aa  49.7  0.00003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.395138  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0434  phospholipase D family protein  24.77 
 
 
389 aa  49.3  0.00005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3572  phospholipase D/transphosphatidylase  26.15 
 
 
180 aa  49.3  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0525  phospholipase D/transphosphatidylase  24.78 
 
 
203 aa  49.3  0.00006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02891  hypothetical protein  39.13 
 
 
75 aa  48.5  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.294183 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02781  hypothetical protein  43.48 
 
 
56 aa  48.5  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0232  phospholipase D/transphosphatidylase  27.82 
 
 
282 aa  48.1  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0919591  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3503  phospholipase D/transphosphatidylase  29.41 
 
 
180 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000511387  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1434  phospholipase D/Transphosphatidylase  24.49 
 
 
445 aa  48.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0213  phospholipase D/transphosphatidylase  27.82 
 
 
192 aa  47  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.387625  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0427  phospholipase D/transphosphatidylase  27.27 
 
 
190 aa  47  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31941  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5710  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  30.34 
 
 
391 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0073  phospholipase D/Transphosphatidylase  27.86 
 
 
430 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0878  phospholipase D/transphosphatidylase  30.41 
 
 
413 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>