182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0054 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0054  endonuclease  100 
 
 
169 aa  347  5e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0047  endonuclease  96.45 
 
 
183 aa  339  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1930  phospholipase D/transphosphatidylase  59.06 
 
 
180 aa  192  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0099  phospholipase D (PLD) family protein  54.71 
 
 
183 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2109  endonuclease Nuc  58.28 
 
 
223 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1653  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  59.6 
 
 
245 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.845862  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1481  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  59.6 
 
 
207 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.710904  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1501  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  59.6 
 
 
242 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4723  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  59.6 
 
 
207 aa  186  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.932181  normal  0.476253 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1562  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase like enzyme  59.6 
 
 
207 aa  184  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1476  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0216619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1585  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  59.6 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1969  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.139279  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3336  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270623  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2335  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.83833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2376  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1242  phospholipase D (PLD) family protein  56.29 
 
 
207 aa  184  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2492  endonuclease Nuc  56.29 
 
 
223 aa  184  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.920435  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1105  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  59.6 
 
 
242 aa  184  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.336022  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0290  endonuclease  54.97 
 
 
176 aa  183  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1890  endonuclease  53.74 
 
 
193 aa  170  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4213  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  50.63 
 
 
205 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00000010604  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4968  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthases like enzyme  48.1 
 
 
219 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134103  normal  0.0409016 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6783  putative endonuclease  49.34 
 
 
186 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.023889  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0126  phospholipase D (PLD) family protein  41.52 
 
 
175 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.204585  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0039  endonuclease  35.53 
 
 
177 aa  117  9e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  41.13 
 
 
758 aa  111  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0120  phospholipase D family protein  39.72 
 
 
162 aa  111  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0285948  hitchhiker  2.06745e-40 
 
 
-
 
NC_002978  WD1243  nuclease-related protein  36.73 
 
 
176 aa  107  9.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.77863  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5578  phospholipase D/transphosphatidylase  40.28 
 
 
234 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2720  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  33.55 
 
 
184 aa  104  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2079  endonuclease  35.37 
 
 
213 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1736  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  35.37 
 
 
213 aa  103  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000866452  hitchhiker  0.000020321 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6196  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  35.33 
 
 
203 aa  100  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477108  normal  0.875629 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6817  putative endonuclease  38.93 
 
 
208 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1827  putative endonuclease  37.76 
 
 
184 aa  97.4  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.682836  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2108  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate related protein  34.46 
 
 
176 aa  95.9  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4982  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  37.84 
 
 
252 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00261395 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1079  phospholipase D  38.13 
 
 
176 aa  92  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0971  putative phospholipase D  38.13 
 
 
176 aa  92  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2720  putative endonuclease protein  32.35 
 
 
194 aa  89  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2958  phospholipase D/transphosphatidylase  32.19 
 
 
404 aa  89  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2331  putative endonuclease protein  32.89 
 
 
189 aa  88.6  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870825  normal  0.178627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2452  putative endonuclease protein  32.03 
 
 
189 aa  88.2  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2621  putative endonuclease protein  30.32 
 
 
197 aa  87.8  7e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.958419  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0059  phospholipase D (PLD) family protein  39.45 
 
 
196 aa  85.5  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000614493  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1188  phospholipase D/Transphosphatidylase  29.45 
 
 
196 aa  84.7  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000788745  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0227  hypothetical protein  34.03 
 
 
203 aa  84  9e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.610761 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5002  endonuclease  34 
 
 
190 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.209573 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0130  phospholipase D/Transphosphatidylase  30.61 
 
 
198 aa  78.2  0.00000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5407  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardioli pin synthase and related enzyme  32.21 
 
 
188 aa  75.5  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3028  phospholipase D/transphosphatidylase  32.24 
 
 
481 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.14441  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2237  phospholipase D/Transphosphatidylase  37.25 
 
 
363 aa  72.8  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.289369  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3593  phospholipase D/transphosphatidylase  35.04 
 
 
393 aa  72.8  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0515773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2601  putative phosphoslipase  31.01 
 
 
392 aa  70.9  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.809365  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1075  phospholipase D/transphosphatidylase  29.14 
 
 
487 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1414  phospholipase D/Transphosphatidylase  31.13 
 
 
386 aa  68.6  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4280  phospholipase D/transphosphatidylase  32.17 
 
 
376 aa  67.8  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000117632  normal  0.0357828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3384  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  25.18 
 
 
229 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.456432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1319  Phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  28.77 
 
 
219 aa  61.2  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16200  hypothetical protein  24.65 
 
 
230 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1393  hypothetical protein  25.87 
 
 
230 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06501  hypothetical protein  24.49 
 
 
234 aa  58.2  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_7664  predicted protein  26.62 
 
 
151 aa  57.4  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.305132  normal  0.408477 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1868  phospholipase D/transphosphatidylase  27.13 
 
 
300 aa  57.8  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.705897  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1010  phospholipase D/Transphosphatidylase  33.33 
 
 
366 aa  57.4  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.680316  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7357  hypothetical protein  38.71 
 
 
219 aa  57  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000600434  normal  0.754367 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0127  phospholipase D/Transphosphatidylase  23.91 
 
 
484 aa  57  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.248626  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4695  nuclease-related protein  26.79 
 
 
206 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.353435 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1027  phospholipase D/transphosphatidylase  28.89 
 
 
184 aa  54.3  0.0000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.422314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3572  phospholipase D/transphosphatidylase  29.55 
 
 
180 aa  54.3  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0434  phospholipase D family protein  31.25 
 
 
389 aa  53.9  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0073  phospholipase D/Transphosphatidylase  32.2 
 
 
430 aa  51.2  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3340  phospholipase D/transphosphatidylase  24.18 
 
 
575 aa  51.2  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.014748  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0495  phospholipase D/transphosphatidylase  26.71 
 
 
556 aa  51.2  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.214347  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4952  phospholipase D/Transphosphatidylase  29.23 
 
 
478 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.257877  normal  0.618328 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2448  phospholipase D/transphosphatidylase  29.7 
 
 
558 aa  50.8  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0213  phospholipase D/transphosphatidylase  32.31 
 
 
192 aa  50.8  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.387625  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0277  phospholipase D/transphosphatidylase  22.44 
 
 
286 aa  49.7  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0166843  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2595  phospholipase D/Transphosphatidylase  26.85 
 
 
560 aa  49.7  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0785  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  29.71 
 
 
349 aa  50.1  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0279  phospholipase D/transphosphatidylase  23.45 
 
 
286 aa  49.7  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0357  phospholipase D family protein  28.93 
 
 
359 aa  48.9  0.00003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.217708  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1953  cardiolipin synthetase  30.88 
 
 
486 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.785263  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2063  cardiolipin synthetase  30.88 
 
 
486 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2156  cardiolipin synthetase  30.88 
 
 
486 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0430698  normal  0.0562881 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02971  hypothetical protein  23.63 
 
 
467 aa  48.5  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.977109 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0065  cardiolipin synthetase 2  32.69 
 
 
477 aa  48.5  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0644  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  24.49 
 
 
193 aa  47.8  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.524645  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0525  phospholipase D/transphosphatidylase  33.03 
 
 
203 aa  47.8  0.00008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02693  cardiolipin synthetase  29.63 
 
 
484 aa  47.8  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0308  cardiolipin synthetase 2  30.26 
 
 
477 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.267368  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02951  hypothetical protein  24.14 
 
 
260 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003804  cardiolipin synthetase  29.63 
 
 
484 aa  47  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6774  phospholipase D/Transphosphatidylase  31.45 
 
 
487 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.693312  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7368  phosphatidylserine/phosphatidylglycerophosphate/ cardiolipin synthase-like protein  45.1 
 
 
52 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0089  cardiolipin synthetase  25.34 
 
 
470 aa  46.6  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1991  cardiolipin synthetase  30.65 
 
 
486 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0998  cardiolipin synthase  29.68 
 
 
486 aa  46.2  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2292  cardiolipin synthetase  30.65 
 
 
486 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0698693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>