More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0334 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0395  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  62.73 
 
 
661 aa  866    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000651077  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3935  fumarate reductase flavoprotein subunit  87.91 
 
 
668 aa  1228    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0615  fumarate reductase flavoprotein subunit  80.96 
 
 
669 aa  1164    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0458  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.22 
 
 
663 aa  842    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3065  fumarate reductase flavoprotein subunit  55.5 
 
 
619 aa  694    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0398  fumarate reductase flavoprotein subunit  87.91 
 
 
668 aa  1228    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3960  fumarate reductase flavoprotein subunit  87.76 
 
 
668 aa  1229    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3883  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.06 
 
 
668 aa  1229    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000869864 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1930  fumarate reductase flavoprotein subunit  55.24 
 
 
595 aa  665    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1777  fumarate reductase flavoprotein subunit  63.05 
 
 
659 aa  827    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4076  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.06 
 
 
668 aa  1230    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.212927 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0334  fumarate reductase flavoprotein subunit  100 
 
 
668 aa  1379    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0334  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.82 
 
 
668 aa  850    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3750  fumarate reductase flavoprotein subunit  80.66 
 
 
669 aa  1164    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1548  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.22 
 
 
663 aa  843    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1257  fumarate reductase flavoprotein subunit  59.67 
 
 
631 aa  735    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0637  fumarate reductase flavoprotein subunit  80.96 
 
 
669 aa  1164    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0425  fumarate reductase flavoprotein subunit  61.02 
 
 
672 aa  854    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0642  fumarate reductase flavoprotein subunit  80.96 
 
 
669 aa  1164    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0394  fumarate reductase flavoprotein subunit  89.91 
 
 
666 aa  1233    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0509  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.71 
 
 
674 aa  1244    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  decreased coverage  0.000923774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4114  fumarate reductase flavoprotein subunit  90.67 
 
 
674 aa  1245    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000002449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1493  fumarate reductase flavoprotein subunit  63.44 
 
 
667 aa  846    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0433  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.22 
 
 
663 aa  843    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2205  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.56 
 
 
662 aa  864    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0404  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.51 
 
 
668 aa  1235    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0857  fumarate reductase flavoprotein subunit  59.42 
 
 
662 aa  816    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3621  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.51 
 
 
668 aa  1235    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1066  fumarate reductase flavoprotein subunit  58.72 
 
 
614 aa  724    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.191298  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0457  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.68 
 
 
666 aa  1167    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.650499  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0679  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.26 
 
 
669 aa  1171    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3439  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.06 
 
 
668 aa  1233    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1999  fumarate reductase flavoprotein subunit  57.77 
 
 
619 aa  715    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000679701  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0403  fumarate reductase flavoprotein subunit  88.51 
 
 
668 aa  1236    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  hitchhiker  0.00648266 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0415  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.56 
 
 
662 aa  859    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00858374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3220  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.11 
 
 
679 aa  1186    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1531  fumarate reductase flavoprotein subunit  57.44 
 
 
618 aa  699    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.499402  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0127  fumarate reductase flavoprotein subunit  57.52 
 
 
612 aa  712    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7734  normal  0.0470081 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2459  fumarate reductase flavoprotein subunit  58.65 
 
 
605 aa  722    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2255  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.5 
 
 
584 aa  382  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.794625  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2514  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  39.35 
 
 
585 aa  381  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136164  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.23 
 
 
567 aa  368  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  38.79 
 
 
568 aa  367  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1995  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  39.11 
 
 
567 aa  365  2e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0459  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.09 
 
 
605 aa  364  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414111  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  38.75 
 
 
567 aa  359  9e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0595  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.19 
 
 
589 aa  359  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0576  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.19 
 
 
589 aa  359  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_41812  succinate dehydrogenase flavoprotein  36.75 
 
 
638 aa  357  3.9999999999999996e-97  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4278  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.42 
 
 
605 aa  355  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3894  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.42 
 
 
605 aa  355  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197251  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0127  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.23 
 
 
567 aa  355  2e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.864238  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.22 
 
 
605 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.609874  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.54 
 
 
579 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.34 
 
 
588 aa  353  5.9999999999999994e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453422  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  36.81 
 
 
567 aa  353  7e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37 
 
 
598 aa  351  3e-95  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.62165  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.68 
 
 
566 aa  350  4e-95  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2484  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.19 
 
 
592 aa  350  7e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.076646 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2344  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.38 
 
 
567 aa  348  2e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  36.44 
 
 
566 aa  348  3e-94  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2323  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.44 
 
 
592 aa  348  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7244  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.47 
 
 
608 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0389176  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2149  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.62 
 
 
592 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.44337  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.62 
 
 
592 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4491  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.62 
 
 
592 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238917 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1746  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.18 
 
 
604 aa  347  4e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.721199  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0380  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.61 
 
 
596 aa  347  4e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1825  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.62 
 
 
592 aa  347  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.231317  normal  0.587479 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.69 
 
 
578 aa  346  6e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2893  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  347  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2150  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.01 
 
 
592 aa  346  7e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6040  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.08 
 
 
608 aa  346  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0308  succinate dehydrogenase subunit A  39.48 
 
 
567 aa  346  8e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.353372 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0688  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.14 
 
 
598 aa  345  1e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3563  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.42 
 
 
612 aa  345  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1061  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  36.48 
 
 
592 aa  346  1e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.760541  normal  0.0367901 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2717  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.64 
 
 
567 aa  345  1e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1881  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.24 
 
 
603 aa  345  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3829  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.726427  normal  0.325233 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.05 
 
 
588 aa  344  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1537  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.58 
 
 
596 aa  345  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3313  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.775913 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.25 
 
 
596 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0344  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.43 
 
 
596 aa  344  2.9999999999999997e-93  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1994  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.05 
 
 
592 aa  344  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.398561  normal  0.821237 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00131  fumarate reductase flavoprotein subunit  36.19 
 
 
606 aa  344  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6854  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  343  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.232059 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0760  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  37.46 
 
 
592 aa  344  4e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0376  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.59 
 
 
597 aa  343  5e-93  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5588  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4363  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  36.75 
 
 
617 aa  343  7e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3690  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.27 
 
 
613 aa  342  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2168  succinate dehydrogenase subunit A  37.04 
 
 
596 aa  342  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.274751 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1310  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.88 
 
 
595 aa  342  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194206  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37 
 
 
575 aa  342  1e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4646  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.07 
 
 
591 aa  342  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.303055  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0679  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.02 
 
 
584 aa  341  2e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00348299  normal  0.0897043 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4431  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 
591 aa  342  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>