More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3220 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_0395  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  62.54 
 
 		 661 aa  850    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000651077  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2459  fumarate reductase flavoprotein subunit  58.48 
 
 		 605 aa  720    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3935  fumarate reductase flavoprotein subunit  84.6 
 
 		 668 aa  1175    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0458  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.67 
 
 		 663 aa  842    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0398  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.61 
 
 		 668 aa  1202    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1493  fumarate reductase flavoprotein subunit  63.9 
 
 		 667 aa  846    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1066  fumarate reductase flavoprotein subunit  59.21 
 
 		 614 aa  723    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.191298  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1777  fumarate reductase flavoprotein subunit  64.89 
 
 		 659 aa  847    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0334  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.11 
 
 		 668 aa  1186    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1257  fumarate reductase flavoprotein subunit  59.83 
 
 		 631 aa  735    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0394  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.13 
 
 		 666 aa  1187    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3750  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.55 
 
 		 669 aa  1151    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4076  fumarate reductase flavoprotein subunit  84.78 
 
 		 668 aa  1179    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.212927 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1531  fumarate reductase flavoprotein subunit  58.18 
 
 		 618 aa  698    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0857  fumarate reductase flavoprotein subunit  59.57 
 
 		 662 aa  816    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0509  fumarate reductase flavoprotein subunit  87.21 
 
 		 674 aa  1199    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  decreased coverage  0.000923774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4114  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.15 
 
 		 674 aa  1192    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000002449 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3439  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.28 
 
 		 668 aa  1192    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3960  fumarate reductase flavoprotein subunit  84.76 
 
 		 668 aa  1177    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0404  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.91 
 
 		 668 aa  1202    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0637  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.55 
 
 		 669 aa  1151    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0425  fumarate reductase flavoprotein subunit  60.72 
 
 		 672 aa  853    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3621  fumarate reductase flavoprotein subunit  86.91 
 
 		 668 aa  1202    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0457  fumarate reductase flavoprotein subunit  83.33 
 
 		 666 aa  1162    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.650499  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0679  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.71 
 
 		 669 aa  1158    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0642  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.55 
 
 		 669 aa  1151    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3065  fumarate reductase flavoprotein subunit  55.19 
 
 		 619 aa  687    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3883  fumarate reductase flavoprotein subunit  84.78 
 
 		 668 aa  1176    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000869864 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1930  fumarate reductase flavoprotein subunit  54.9 
 
 		 595 aa  654    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1999  fumarate reductase flavoprotein subunit  58.52 
 
 		 619 aa  712    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000679701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0403  fumarate reductase flavoprotein subunit  87.06 
 
 		 668 aa  1204    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  hitchhiker  0.00648266 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0415  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.1 
 
 		 662 aa  855    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00858374  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2205  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.1 
 
 		 662 aa  857    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3220  fumarate reductase flavoprotein subunit  100 
 
 		 679 aa  1399    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1548  fumarate reductase flavoprotein subunit  63.09 
 
 		 663 aa  842    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0334  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.37 
 
 		 668 aa  842    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0433  fumarate reductase flavoprotein subunit  62.67 
 
 		 663 aa  842    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0127  fumarate reductase flavoprotein subunit  57.92 
 
 		 612 aa  716    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7734  normal  0.0470081 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0615  fumarate reductase flavoprotein subunit  81.55 
 
 		 669 aa  1151    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2255  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.01 
 
 		 584 aa  381  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.794625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2514  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  38.03 
 
 		 585 aa  377  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0459  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.43 
 
 		 605 aa  372  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.43 
 
 		 567 aa  369  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  39.14 
 
 		 568 aa  369  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4278  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.72 
 
 		 605 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.62 
 
 		 605 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.609874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6040  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.39 
 
 		 608 aa  357  5e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3894  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.62 
 
 		 605 aa  357  5e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1995  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.65 
 
 		 567 aa  355  2e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7244  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.32 
 
 		 608 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0389176  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_41812  succinate dehydrogenase flavoprotein  36.97 
 
 		 638 aa  353  5.9999999999999994e-96  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.95 
 
 		 588 aa  353  5.9999999999999994e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453422  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.44 
 
 		 566 aa  352  1e-95  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0315  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.66 
 
 		 598 aa  350  3e-95  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.62165  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1204  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.19 
 
 		 594 aa  350  7e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.431605  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.52 
 
 		 579 aa  349  9e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  37.12 
 
 		 573 aa  348  2e-94  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2323  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.31 
 
 		 592 aa  348  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1334  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.87 
 
 		 596 aa  348  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.356881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3563  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  39.39 
 
 		 612 aa  347  5e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.91 
 
 		 596 aa  346  7e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.08 
 
 		 567 aa  346  8e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0688  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.52 
 
 		 598 aa  346  8.999999999999999e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0127  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  38.32 
 
 		 567 aa  346  1e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.864238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2484  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.29 
 
 		 592 aa  345  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.076646 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  37.61 
 
 		 567 aa  345  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0595  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.49 
 
 		 589 aa  345  2e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0576  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.49 
 
 		 589 aa  345  2e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  34.81 
 
 		 578 aa  343  5e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.3 
 
 		 575 aa  343  5e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1994  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.13 
 
 		 592 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.398561  normal  0.821237 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2107  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.92 
 
 		 603 aa  343  8e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2149  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.47 
 
 		 592 aa  343  9e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.44337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1746  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.69 
 
 		 604 aa  342  9e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.721199  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4358  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.47 
 
 		 592 aa  343  9e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4491  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.47 
 
 		 592 aa  343  9e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1825  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.47 
 
 		 592 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.231317  normal  0.587479 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0380  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.27 
 
 		 596 aa  342  1e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0760  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  36.41 
 
 		 592 aa  342  1e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  36.82 
 
 		 617 aa  342  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1881  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.9 
 
 		 603 aa  342  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0344  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.9 
 
 		 596 aa  341  2.9999999999999998e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1435  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.14 
 
 		 597 aa  341  2.9999999999999998e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0844  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.19 
 
 		 589 aa  341  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1224  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.71 
 
 		 588 aa  340  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1265  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.23 
 
 		 588 aa  340  5e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal  0.132874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2800  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.58 
 
 		 607 aa  340  5e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1537  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.1 
 
 		 596 aa  340  7e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2150  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.29 
 
 		 592 aa  340  7e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1310  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.47 
 
 		 595 aa  340  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.194206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2749  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.45 
 
 		 612 aa  339  9e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1965  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  38.01 
 
 		 611 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0828  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.98 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0890  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.98 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0857  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.98 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000484772 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0767  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.98 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0793  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.98 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.83395  normal  0.0589165 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2893  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  35.93 
 
 		 591 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0479  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  37.65 
 
 		 607 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  36.71 
 
 		 588 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>