104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3941 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  100 
 
 		 283 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  65 
 
 		 281 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  66.31 
 
 		 280 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  65 
 
 		 281 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  65 
 
 		 281 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  65 
 
 		 281 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  65.59 
 
 		 280 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  65.59 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  64.64 
 
 		 281 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  64.62 
 
 		 280 aa  384  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  63.54 
 
 		 279 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  62.91 
 
 		 280 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  63.27 
 
 		 278 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  62.91 
 
 		 278 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  61.09 
 
 		 278 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  59.85 
 
 		 276 aa  346  3e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  44.93 
 
 		 280 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  41.07 
 
 		 277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  43.55 
 
 		 276 aa  215  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  43.36 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  43.55 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  41.96 
 
 		 280 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  40.14 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  41.67 
 
 		 280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  41.28 
 
 		 276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  43.21 
 
 		 276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  38.57 
 
 		 278 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  38.57 
 
 		 278 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  42.6 
 
 		 276 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  42.6 
 
 		 276 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  42.6 
 
 		 276 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  42.7 
 
 		 274 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  42.7 
 
 		 274 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  41.67 
 
 		 274 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  42.22 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  38.79 
 
 		 278 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  40.07 
 
 		 279 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  39.92 
 
 		 259 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  39.35 
 
 		 280 aa  195  6e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  40.79 
 
 		 295 aa  191  9e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  37.72 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  40.91 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  33.8 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  32.57 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  31.8 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  29.53 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  39.58 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  44.12 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  44.44 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  31.83 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  31.14 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  30.21 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  28.12 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  29.82 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  30.07 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  29.27 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  41.04 
 
 		 281 aa  92  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  33.85 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 340 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.05 
 
 		 327 aa  57  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  23.78 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  28.99 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  26.23 
 
 		 207 aa  52.4  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  26.29 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  26.43 
 
 		 430 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  25.74 
 
 		 519 aa  50.4  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  30.14 
 
 		 205 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  28.67 
 
 		 554 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  28.24 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  27.59 
 
 		 252 aa  47.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  27.04 
 
 		 310 aa  47  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  28.12 
 
 		 326 aa  46.6  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  26.4 
 
 		 267 aa  47  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  27.21 
 
 		 386 aa  47  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  25.32 
 
 		 356 aa  46.2  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  29.76 
 
 		 261 aa  46.2  0.0007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  24.14 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  25 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  28.24 
 
 		 290 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  27.45 
 
 		 556 aa  44.7  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  28.06 
 
 		 279 aa  44.3  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  21.8 
 
 		 360 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  23.28 
 
 		 396 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  21.8 
 
 		 360 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  27.66 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  23.91 
 
 		 342 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  25.13 
 
 		 487 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  25.13 
 
 		 487 aa  43.9  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  27.27 
 
 		 570 aa  43.5  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  32.22 
 
 		 198 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  27.01 
 
 		 227 aa  43.5  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  29.73 
 
 		 389 aa  43.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  26 
 
 		 293 aa  43.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  29.35 
 
 		 236 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  28.95 
 
 		 511 aa  42.7  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>