142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal195_4483 on replicon NC_009997
Organism: Shewanella baltica OS195



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  100 
 
 
281 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  98.93 
 
 
281 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  99.29 
 
 
281 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  98.22 
 
 
281 aa  567  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  88.61 
 
 
281 aa  521  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  83.75 
 
 
280 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  83.51 
 
 
280 aa  490  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  84.48 
 
 
280 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  83.87 
 
 
280 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  66.91 
 
 
278 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  66.06 
 
 
278 aa  411  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  64.62 
 
 
278 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  65.95 
 
 
279 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  65 
 
 
283 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  64 
 
 
276 aa  388  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  61.21 
 
 
280 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  43.88 
 
 
280 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  39.72 
 
 
278 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  39.72 
 
 
278 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  41.97 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  42.14 
 
 
280 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  40.58 
 
 
280 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  40.15 
 
 
276 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  211  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  38.16 
 
 
278 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  39.78 
 
 
276 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  39.85 
 
 
274 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  36.88 
 
 
276 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  39.23 
 
 
259 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  39.85 
 
 
274 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  37.72 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  37.14 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  39.42 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  39.19 
 
 
295 aa  195  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  36.36 
 
 
274 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  36.92 
 
 
280 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  36.69 
 
 
292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  36.47 
 
 
287 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  33.59 
 
 
289 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  31.6 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  33.9 
 
 
285 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  28.86 
 
 
293 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  28.77 
 
 
289 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  46.27 
 
 
224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  30.34 
 
 
295 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  29.79 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  31.72 
 
 
286 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  29.45 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  42.75 
 
 
290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  28.24 
 
 
292 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  30.74 
 
 
290 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  40.13 
 
 
281 aa  102  9e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  30.58 
 
 
286 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  34.76 
 
 
286 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
340 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  30.94 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  30.88 
 
 
223 aa  58.9  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  29.19 
 
 
356 aa  57.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  24.09 
 
 
519 aa  57  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  25.42 
 
 
396 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  25.12 
 
 
487 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  25.12 
 
 
487 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  28.49 
 
 
267 aa  56.2  0.0000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  28.65 
 
 
207 aa  55.8  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  30.82 
 
 
570 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  27.78 
 
 
358 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  29.95 
 
 
371 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  29.36 
 
 
225 aa  55.1  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  27.68 
 
 
303 aa  55.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  24.73 
 
 
342 aa  53.9  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  25.73 
 
 
318 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  26.28 
 
 
430 aa  52.8  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  24.73 
 
 
342 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  30 
 
 
303 aa  52  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  25.81 
 
 
513 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  27.89 
 
 
360 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  27.89 
 
 
360 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  24.68 
 
 
279 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  27.69 
 
 
303 aa  49.7  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  25.14 
 
 
279 aa  49.7  0.00006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  25.71 
 
 
235 aa  49.3  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  25.71 
 
 
235 aa  49.3  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  25.41 
 
 
205 aa  48.9  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  30.22 
 
 
198 aa  49.3  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  24.04 
 
 
389 aa  48.9  0.00009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  28.06 
 
 
290 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  34.64 
 
 
283 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  30.56 
 
 
261 aa  48.1  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.08 
 
 
444 aa  48.1  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  31.36 
 
 
625 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  30.43 
 
 
236 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>