154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3728 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  100 
 
 
295 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  97.97 
 
 
295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  93.22 
 
 
295 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  83.73 
 
 
292 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  62.29 
 
 
289 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  61.38 
 
 
284 aa  346  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  60.68 
 
 
286 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  58.84 
 
 
290 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  60.34 
 
 
286 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  59.38 
 
 
281 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  57.82 
 
 
286 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  34.12 
 
 
285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  32.86 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  32.31 
 
 
281 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  44.17 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  33.22 
 
 
280 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  31.58 
 
 
279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  32.88 
 
 
280 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  32.88 
 
 
280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  46.48 
 
 
224 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  42.86 
 
 
278 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  31.87 
 
 
277 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  32.29 
 
 
276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  29.45 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  29.45 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  29.45 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  33.56 
 
 
280 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  29.45 
 
 
281 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  33.74 
 
 
292 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  30.48 
 
 
277 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  31.45 
 
 
283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  38.96 
 
 
278 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  31.62 
 
 
280 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  28.77 
 
 
276 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  29.66 
 
 
279 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  39.74 
 
 
278 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  32.72 
 
 
278 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  28.87 
 
 
276 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  34.94 
 
 
280 aa  107  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  41.51 
 
 
278 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  41.51 
 
 
278 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  41.51 
 
 
259 aa  105  8e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  32.38 
 
 
287 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  42.42 
 
 
295 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  33.05 
 
 
277 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  30.96 
 
 
280 aa  102  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  35.68 
 
 
293 aa  100  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
340 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  27.27 
 
 
274 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  27.27 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  32.33 
 
 
274 aa  97.4  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  27.27 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  27.27 
 
 
274 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  27.27 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  37.93 
 
 
276 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  33.33 
 
 
486 aa  76.6  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.05 
 
 
356 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  35.76 
 
 
358 aa  72.8  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  34.04 
 
 
487 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  34.04 
 
 
487 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  30.71 
 
 
280 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  32.41 
 
 
303 aa  68.9  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  33.33 
 
 
303 aa  66.2  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  36.11 
 
 
569 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  31.33 
 
 
371 aa  64.3  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  30.71 
 
 
342 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  30.71 
 
 
342 aa  62.8  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  30.5 
 
 
235 aa  62.4  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  30.5 
 
 
235 aa  62.4  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  27.62 
 
 
289 aa  61.6  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  35.71 
 
 
386 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.97 
 
 
541 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  28.77 
 
 
219 aa  60.5  0.00000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  29.68 
 
 
519 aa  59.7  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  29.79 
 
 
389 aa  58.5  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  31.86 
 
 
511 aa  57  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  31.06 
 
 
523 aa  56.6  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  31.13 
 
 
224 aa  56.2  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  29.58 
 
 
223 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  25.7 
 
 
327 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  33.1 
 
 
336 aa  53.1  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  32.26 
 
 
261 aa  52.8  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  31.37 
 
 
228 aa  52.4  0.000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  27.12 
 
 
263 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  29.94 
 
 
570 aa  52  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  31.85 
 
 
318 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  30.28 
 
 
365 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  30.15 
 
 
303 aa  50.4  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  31.37 
 
 
253 aa  50.1  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.9 
 
 
227 aa  50.1  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  30.56 
 
 
554 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1458  Rhomboid family protein  28.76 
 
 
211 aa  49.7  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  27.94 
 
 
381 aa  49.3  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>