154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1546 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  100 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  93.9 
 
 		 295 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  93.22 
 
 		 295 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  85.42 
 
 		 292 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  63.39 
 
 		 289 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  61.46 
 
 		 284 aa  348  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  61.69 
 
 		 286 aa  338  5e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  60.88 
 
 		 290 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  61.69 
 
 		 286 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  60.07 
 
 		 281 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  56.78 
 
 		 286 aa  286  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  33.9 
 
 		 285 aa  145  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  33.21 
 
 		 290 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  31.97 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 281 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  44.17 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  30.34 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  34.14 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  31.8 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  30.34 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  34.66 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  31.69 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  32.53 
 
 		 280 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  32.11 
 
 		 280 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  32.11 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  32.2 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  31.6 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  45.45 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  33.7 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  31.87 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  29.76 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  44.3 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  38.75 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  32.19 
 
 		 280 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  30 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  31.48 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  42.77 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  42.77 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  42.77 
 
 		 259 aa  105  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  31.87 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  33.46 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 340 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  32.63 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  36.65 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  27.72 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  27.82 
 
 		 276 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  29.75 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  31.9 
 
 		 274 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  37.93 
 
 		 276 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  30.95 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  30.95 
 
 		 276 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  30.95 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  30.95 
 
 		 276 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  30.95 
 
 		 276 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  34.04 
 
 		 486 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  33.12 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  33.54 
 
 		 358 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 487 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 487 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  40.28 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  31.94 
 
 		 303 aa  67  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  30.57 
 
 		 371 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  33.57 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  35.17 
 
 		 569 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  30.71 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.75 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  30.71 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  27.62 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  29.53 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  29.8 
 
 		 519 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  31.97 
 
 		 541 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  28.77 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  30.5 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  31.06 
 
 		 523 aa  56.2  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  31.13 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  31.67 
 
 		 511 aa  55.8  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  29.58 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  31.03 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  27.78 
 
 		 263 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  33.12 
 
 		 228 aa  52.8  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  25 
 
 		 327 aa  52.4  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  31.85 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  30.32 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  30.15 
 
 		 303 aa  50.8  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  24.26 
 
 		 286 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  29.38 
 
 		 570 aa  51.2  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  27.44 
 
 		 365 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  29.61 
 
 		 253 aa  50.4  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  27.16 
 
 		 263 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  29.79 
 
 		 283 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  30.77 
 
 		 236 aa  49.3  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>