149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3618 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3618  rhomboid-like protein  100 
 
 		 280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000228786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3941  rhomboid family protein  62.91 
 
 		 283 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000502611  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0055  rhomboid family protein  61.21 
 
 		 281 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000850289  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3904  rhomboid family protein  62.28 
 
 		 281 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00422303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4288  Rhomboid family protein  60.85 
 
 		 281 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0527453  hitchhiker  0.00000054615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4343  rhomboid family protein  60 
 
 		 281 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4483  rhomboid family protein  61.21 
 
 		 281 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141048  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4671  glpG protein  60.87 
 
 		 280 aa  360  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0104  rhomboid family protein  60.43 
 
 		 279 aa  357  9e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.465909  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3995  rhomboid family protein  60.14 
 
 		 280 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00110696  normal  0.0215487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4107  rhomboid family protein  60.14 
 
 		 280 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000304779  normal  0.532773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3903  rhomboid family protein  60.14 
 
 		 280 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000174103  normal  0.392188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0098  rhomboid family protein  60.51 
 
 		 278 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.351068  hitchhiker  0.00489186 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0062  rhomboid family protein  57.97 
 
 		 278 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.015636  hitchhiker  0.000000313005 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3712  rhomboid family protein  57.61 
 
 		 278 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00085785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0095  glpG protein  56.73 
 
 		 276 aa  332  3e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000920194  normal  0.0164253 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  47.46 
 
 		 280 aa  244  9e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3996  intramembrane serine protease GlpG  42.96 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  42.96 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3930  intramembrane serine protease GlpG  44.16 
 
 		 277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4639  intramembrane serine protease GlpG  43.12 
 
 		 278 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4123  intramembrane serine protease GlpG  44.36 
 
 		 277 aa  217  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2417  glpG protein  43.8 
 
 		 277 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  44.4 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0312  intramembrane serine protease GlpG  42.34 
 
 		 274 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.984732  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002143  protein GlpG  44.57 
 
 		 280 aa  211  9e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00412305  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3833  intramembrane serine protease GlpG  42.55 
 
 		 276 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.286062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3756  intramembrane serine protease GlpG  43.14 
 
 		 259 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3900  intramembrane serine protease GlpG  42.2 
 
 		 276 aa  202  7e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0123  putative glpG protein  41.97 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0230  intramembrane serine protease GlpG  42.75 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.838462  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03275  predicted intramembrane serine protease  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.989873  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0290  Rhomboid family protein  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03227  hypothetical protein  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3621  intramembrane serine protease GlpG  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0290  intramembrane serine protease GlpG  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3704  intramembrane serine protease GlpG  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.144478 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3806  intramembrane serine protease GlpG  41.84 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4732  intramembrane serine protease GlpG  41.7 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3894  intramembrane serine protease GlpG  40.51 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.478877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3832  intramembrane serine protease GlpG  40.51 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.555662 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3716  intramembrane serine protease GlpG  40.51 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2898  integral membrane protein  41.39 
 
 		 279 aa  198  9e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.345638  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3725  intramembrane serine protease GlpG  40.59 
 
 		 274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3791  intramembrane serine protease GlpG  40.59 
 
 		 274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.666891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0064  rhomboid-like protein  36.14 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00069  putative glpG protein  36.76 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  45.33 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  32.37 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1309  rhomboid-like protein  44.03 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1546  rhomboid family protein  44.17 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.546364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3728  rhomboid family protein  44.17 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2014  rhomboid family protein  44.17 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2197  rhomboid-like protein  31.42 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1574  rhomboid family protein  42.33 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.227659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3791  rhomboid family protein  32.44 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2052  hypothetical protein  33.82 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00391881  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24240  hypothetical protein  33.33 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00172141  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1385  Rhomboid family protein  29.49 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.149194  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2164  rhomboid family protein  42.08 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1687  rhomboid-like protein  40.82 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205514  normal  0.563357 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34050  Rhomboid family membrane protease  40.41 
 
 		 281 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2942  rhomboid family protein  36.81 
 
 		 286 aa  89  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00975184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  31.46 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1635  Rhomboid family protein  27.38 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.58 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.42 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.23 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  27.68 
 
 		 519 aa  55.5  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  31.88 
 
 		 223 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  25.71 
 
 		 279 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  28.79 
 
 		 513 aa  54.7  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  27.14 
 
 		 430 aa  53.1  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  29.74 
 
 		 293 aa  52.4  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 271 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  32.68 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  28.85 
 
 		 207 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  29.69 
 
 		 356 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  26.18 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  28.39 
 
 		 224 aa  51.2  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0904  rhomboid family protein  29.61 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  33.99 
 
 		 261 aa  50.4  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  30.88 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.46 
 
 		 342 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  34.06 
 
 		 283 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0479  Rhomboid family protein  32.04 
 
 		 254 aa  50.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000451425 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0269  rhomboid family protein  30.07 
 
 		 190 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  29.93 
 
 		 235 aa  49.3  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  29.93 
 
 		 235 aa  49.3  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  28.34 
 
 		 276 aa  48.9  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  32.26 
 
 		 172 aa  48.9  0.00009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  31.03 
 
 		 570 aa  48.5  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0462  Rhomboid family protein  31.07 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.846794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  29.37 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  29.37 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  28.06 
 
 		 358 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  27.69 
 
 		 342 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  29.37 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>