127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0105 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0105  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  619  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3116  histidine kinase  41.88 
 
 		 325 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4236  sensor protein  44.14 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4067  sensor protein  44.44 
 
 		 290 aa  265  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000038366 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0527  putative sensor with HAMP domain protein  39.45 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4502  putative sensor with HAMP domain protein  37.5 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4551  putative sensor with HAMP domain  37.84 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3665  putative sensor with HAMP domain  40.89 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0085  sensor protein  38.28 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00149715  normal  0.0726608 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  31.49 
 
 		 800 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0276  putative sensor with HAMP domain  38.29 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.529907 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0276  putative sensor with HAMP domain protein  38.29 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3657  putative sensor with HAMP domain protein  33.44 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 858 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1361  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 912 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2602  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.92 
 
 		 946 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0878  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.58 
 
 		 840 aa  79  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00403234  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.55 
 
 		 862 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.89 
 
 		 803 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.11 
 
 		 872 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  23.68 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  24.1 
 
 		 801 aa  74.7  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  24.3 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 		 827 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  24.04 
 
 		 399 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.83 
 
 		 810 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0193503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  26.98 
 
 		 835 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  23.56 
 
 		 399 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.26 
 
 		 812 aa  68.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  21.92 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1870  hypothetical protein  27.36 
 
 		 475 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0704  ATP-binding region ATPase domain protein  26.38 
 
 		 471 aa  62.4  0.000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00112286  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0935  putative sensor with HAMP domain  23.33 
 
 		 410 aa  59.7  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0423027 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  24.73 
 
 		 582 aa  59.7  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  25.17 
 
 		 882 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05078  hypothetical protein  24.07 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  26.71 
 
 		 1111 aa  57.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  23.29 
 
 		 562 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  24.63 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  23.33 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  19.38 
 
 		 408 aa  56.6  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  23.98 
 
 		 405 aa  55.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 		 556 aa  55.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0130  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.96 
 
 		 671 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.57 
 
 		 1064 aa  52.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  25.47 
 
 		 1128 aa  52.8  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  21.88 
 
 		 572 aa  51.2  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09350  signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 		 574 aa  50.8  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.165664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  28.04 
 
 		 1177 aa  50.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2868  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 593 aa  49.3  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0495  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.41 
 
 		 661 aa  49.3  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2092  histidine kinase  22.64 
 
 		 534 aa  48.1  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865135  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  21.46 
 
 		 576 aa  48.1  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.63 
 
 		 592 aa  47.4  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.814003  normal  0.142191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3246  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.32 
 
 		 601 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.416407  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 		 646 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.974463  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.29 
 
 		 564 aa  46.2  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4226  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 613 aa  45.8  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156155  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0878  histidine kinase, HAMP protein  31.25 
 
 		 394 aa  45.8  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 722 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0117  methyl-accepting chemotaxis protein  30.95 
 
 		 658 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0071  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  30.95 
 
 		 658 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 804 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.22 
 
 		 1271 aa  45.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0870  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.95 
 
 		 554 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0571565  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31 
 
 		 753 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05406  histidine kinase/response regulator hybrid protein  33.82 
 
 		 666 aa  45.4  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3617  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.95 
 
 		 554 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0440  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 466 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000011534  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 800 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 581 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.335096  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001468  methyl-accepting chemotaxis protein  33.82 
 
 		 666 aa  45.4  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 769 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 804 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 804 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0106  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 633 aa  45.1  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 804 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.89 
 
 		 546 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 		 753 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 746 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3494  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.95 
 
 		 554 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0680  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25 
 
 		 679 aa  45.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 804 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3422  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  34.95 
 
 		 554 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0373  sensor histidine kinase  24.7 
 
 		 500 aa  44.3  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 		 748 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2525  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.85 
 
 		 538 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12462  cyclase  27.06 
 
 		 730 aa  43.9  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2008  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 		 585 aa  44.3  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 502 aa  43.9  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 		 756 aa  43.9  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 800 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 		 491 aa  43.5  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 817 aa  43.9  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 800 aa  43.5  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3408  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 608 aa  43.5  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2144  sensor histidine kinase  30.85 
 
 		 429 aa  43.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 861 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0352  sensor kinase protein  31.18 
 
 		 787 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.452742  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0134  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.18 
 
 		 787 aa  43.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.822432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>