81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4067 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4067  sensor protein  100 
 
 		 290 aa  592  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000038366 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3116  histidine kinase  44.59 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0105  hypothetical protein  44.44 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4236  sensor protein  45.02 
 
 		 291 aa  279  5e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0527  putative sensor with HAMP domain protein  45.02 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4502  putative sensor with HAMP domain protein  41.3 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4551  putative sensor with HAMP domain  41.64 
 
 		 302 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3665  putative sensor with HAMP domain  41.52 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0085  sensor protein  40.96 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00149715  normal  0.0726608 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  38.75 
 
 		 800 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0276  putative sensor with HAMP domain protein  41.04 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0276  putative sensor with HAMP domain  41.04 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.529907 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3657  putative sensor with HAMP domain protein  34.24 
 
 		 355 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 858 aa  170  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 		 872 aa  99  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4254  putative PAS/PAC sensor protein  26.52 
 
 		 407 aa  95.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.157553  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0023  putative PAS/PAC sensor protein  24.57 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.291981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.53 
 
 		 862 aa  84  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0300  putative sensor with HAMP domain  27.33 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.168861  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0878  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.3 
 
 		 840 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00403234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0303  sensory box protein  25.63 
 
 		 405 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2402  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.1 
 
 		 803 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.623752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2602  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 		 946 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0283  putative sensor with HAMP domain  25.28 
 
 		 410 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3959  putative PAS/PAC sensor protein  26.45 
 
 		 399 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00121545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4044  putative PAS/PAC sensor protein  26.25 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.571618 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  22.52 
 
 		 801 aa  73.6  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1870  hypothetical protein  26.64 
 
 		 475 aa  72.4  0.000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1361  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 		 912 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.83 
 
 		 812 aa  70.1  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0935  putative sensor with HAMP domain  23.83 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0423027 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0753  putative PAS/PAC sensor protein  23.16 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000171105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 		 827 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  21.99 
 
 		 582 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  25.86 
 
 		 835 aa  63.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.49 
 
 		 810 aa  63.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0193503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05078  hypothetical protein  25.67 
 
 		 348 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4226  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 		 613 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156155  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0704  ATP-binding region ATPase domain protein  24.64 
 
 		 471 aa  60.5  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00112286  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  30.15 
 
 		 882 aa  56.6  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.49 
 
 		 603 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 		 646 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.974463  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1010  histidine kinase  22.34 
 
 		 572 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0817847 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.42 
 
 		 573 aa  53.9  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.06 
 
 		 1064 aa  52.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.47 
 
 		 603 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0018  metal dependent phosphohydrolase  25.37 
 
 		 481 aa  50.4  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.161625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.31 
 
 		 597 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  28.87 
 
 		 1127 aa  49.7  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  23.48 
 
 		 556 aa  49.3  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00470  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  23.7 
 
 		 422 aa  48.9  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  25.83 
 
 		 1128 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4693  histidine kinase  19.06 
 
 		 561 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.1 
 
 		 1177 aa  47.4  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  30.84 
 
 		 484 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  26.27 
 
 		 1111 aa  46.2  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0680  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 		 679 aa  45.8  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1872  methyl-accepting chemotaxis protein  33.78 
 
 		 542 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1169  methyl-accepting chemotaxis protein  33.78 
 
 		 542 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0881  methyl-accepting chemotaxis protein  35.14 
 
 		 661 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1733  methyl-accepting chemotaxis protein I  35.14 
 
 		 661 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2146  methyl-accepting chemotaxis protein  33.78 
 
 		 542 aa  45.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4382  histidine kinase  33.01 
 
 		 646 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00540034  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 753 aa  45.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  23.19 
 
 		 560 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1204  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 779 aa  44.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09350  signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 574 aa  43.9  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.165664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3055  histidine kinase  21.89 
 
 		 562 aa  43.9  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2856  protein serine/threonine phosphatase  35.04 
 
 		 705 aa  43.5  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4402  histidine kinase  32.88 
 
 		 471 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.913757  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4376  histidine kinase  48.98 
 
 		 667 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314442  normal  0.0171304 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 		 471 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3073  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.65 
 
 		 677 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1610  putative signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 485 aa  43.1  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.149131 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2191  methyl-accepting chemotaxis protein  35.14 
 
 		 666 aa  42.7  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.918882  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0285  methyl-accepting chemotaxis protein  33.78 
 
 		 563 aa  42.7  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.877776  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4246  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 		 469 aa  42.7  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.5 
 
 		 1271 aa  42.4  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0379  methyl-accepting chemotaxis protein  33.78 
 
 		 542 aa  42.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.366227  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 594 aa  42.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.47 
 
 		 656 aa  42.4  0.01  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>