133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0878 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0878  histidine kinase, HAMP protein  100 
 
 		 394 aa  807    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4104  histidine kinase HAMP region domain protein  35.58 
 
 		 389 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3961  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  34.32 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.4242  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4071  histidine kinase HAMP region domain protein  34.2 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.554388  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3465  hypothetical protein  32.92 
 
 		 390 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.485556  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3529  hypothetical protein  32.92 
 
 		 390 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.716011  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3443  hypothetical protein  30.36 
 
 		 394 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.264114  normal  0.476005 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3382  hypothetical protein  36.48 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3761  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.42 
 
 		 822 aa  136  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3654  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.2 
 
 		 822 aa  130  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.720146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1275 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0885  hypothetical protein  29.22 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.421281  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2855  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 		 599 aa  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0834  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.79 
 
 		 622 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 679 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.98 
 
 		 1398 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0541  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.46 
 
 		 587 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000947824  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.68 
 
 		 678 aa  92  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.59 
 
 		 1397 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 723 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1826  chemotaxis sensory transducer  24.37 
 
 		 650 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  25.58 
 
 		 634 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.9 
 
 		 637 aa  67  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.61 
 
 		 687 aa  66.6  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0703  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.46 
 
 		 805 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  20.25 
 
 		 638 aa  65.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.92 
 
 		 634 aa  65.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.83 
 
 		 653 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.08 
 
 		 634 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1507  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.83 
 
 		 762 aa  63.5  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.463366  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2177  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.39 
 
 		 619 aa  63.5  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0042391  normal  0.0195698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.17 
 
 		 633 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.93 
 
 		 636 aa  62  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9088  methyl-accepting chemotaxis protein  30.72 
 
 		 761 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.17 
 
 		 633 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0567  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.17 
 
 		 633 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.51 
 
 		 633 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7375  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.25 
 
 		 655 aa  59.7  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4551  putative sensor with HAMP domain  35.35 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4502  putative sensor with HAMP domain protein  35.35 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1076  sensor protein  30.16 
 
 		 630 aa  56.2  0.000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0971  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.46 
 
 		 777 aa  54.7  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.271758  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5094  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.63 
 
 		 659 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.298675 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1584  protein serine/threonine phosphatase  35.8 
 
 		 649 aa  54.7  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.63374 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0008  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 		 755 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.865749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.54 
 
 		 651 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2729  adenylate/guanylate cyclase  29.31 
 
 		 1119 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0163544 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.56 
 
 		 731 aa  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1467  sensor protein  41.07 
 
 		 537 aa  51.6  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.186539 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  27.07 
 
 		 1128 aa  51.2  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0276  putative sensor with HAMP domain  32.53 
 
 		 301 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.529907 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3434  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.62 
 
 		 750 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.364699  normal  0.15182 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0276  putative sensor with HAMP domain protein  32.53 
 
 		 301 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3665  putative sensor with HAMP domain  32.97 
 
 		 301 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3000  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 968 aa  50.1  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.89 
 
 		 626 aa  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.670502  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  27.48 
 
 		 1111 aa  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2305  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.33 
 
 		 371 aa  49.7  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.760601  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0945  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.07 
 
 		 675 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.870162  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 594 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.28 
 
 		 667 aa  49.7  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000234524  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3879  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 590 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47914  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 594 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4490  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 590 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2263  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.63 
 
 		 525 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.284544  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5814  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 590 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.479896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.66 
 
 		 754 aa  49.7  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0072  methyl-accepting chemotaxis protein  27.45 
 
 		 712 aa  48.5  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 591 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 		 733 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1510  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.5 
 
 		 751 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.795012  normal  0.0658131 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0660  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.48 
 
 		 675 aa  48.5  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.84238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 598 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 604 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0877  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.58 
 
 		 540 aa  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.11332 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  22.49 
 
 		 1127 aa  47.8  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 845 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2364  putative methyl-accepting chemotaxis protein (MCP)  38.46 
 
 		 702 aa  47.8  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0495  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.56 
 
 		 661 aa  47.4  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0489  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  30.85 
 
 		 650 aa  47.4  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3537  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.11 
 
 		 843 aa  47.4  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0150  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.8 
 
 		 1177 aa  47  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4158  diguanylate cyclase  29.58 
 
 		 649 aa  47.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.870155  normal  0.271744 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0084  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.71 
 
 		 571 aa  47.4  0.0005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3475  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.6 
 
 		 649 aa  46.6  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0081  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 571 aa  46.6  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4401  sensor histidine kinase  37.29 
 
 		 484 aa  45.8  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4418  sensor histidine kinase  37.29 
 
 		 484 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0105  hypothetical protein  31.25 
 
 		 299 aa  45.8  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3116  histidine kinase  36.47 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1017  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42 
 
 		 775 aa  45.8  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.733388 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4804  sensor histidine kinase  37.29 
 
 		 484 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 		 1223 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22960  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  30.5 
 
 		 552 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0527  putative sensor with HAMP domain protein  33.03 
 
 		 313 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 738 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1516  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.84 
 
 		 660 aa  45.1  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4787  sensor histidine kinase  37.29 
 
 		 484 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 748 aa  44.7  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 733 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>