More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1888 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1888  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 164 aa  327  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.059217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2210  ribonuclease activity regulator protein RraA  62.66 
 
 		 164 aa  214  5e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2117  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.75 
 
 		 164 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.86066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2373  ribonuclease activity regulator protein RraA  62.03 
 
 		 164 aa  202  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00367036  normal  0.0338555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.76 
 
 		 164 aa  201  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0420602  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2567  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 164 aa  200  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2165  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.76 
 
 		 164 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0632667  normal  0.880589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2242  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.76 
 
 		 164 aa  200  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132469  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2007  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.76 
 
 		 164 aa  197  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.13 
 
 		 164 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.816132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2055  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.13 
 
 		 164 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215493  hitchhiker  0.000558094 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2025  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.26 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2332  ribonuclease activity regulator protein RraA  59.49 
 
 		 164 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00982975  hitchhiker  0.00847233 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0538  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.37 
 
 		 163 aa  190  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  54.37 
 
 		 161 aa  188  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2410  regulator of ribonuclease activity A  53.75 
 
 		 165 aa  186  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.300312  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1984  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.88 
 
 		 164 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0137329  normal  0.331323 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2615  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 164 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.78337  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00936  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.73 
 
 		 160 aa  177  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004459  ribonuclease E inhibitor RraA  49.37 
 
 		 160 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0150677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.09 
 
 		 162 aa  173  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.9 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.85 
 
 		 162 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2557  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.41 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.53 
 
 		 162 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.59 
 
 		 166 aa  168  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.57 
 
 		 163 aa  167  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1944  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000472167  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 162 aa  166  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 163 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.68 
 
 		 163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 163 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 163 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.77 
 
 		 162 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.32 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  51.32 
 
 		 159 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.94 
 
 		 163 aa  159  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.8 
 
 		 175 aa  158  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 163 aa  158  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20270  RraA family protein  54.48 
 
 		 155 aa  157  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.295098  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  46.91 
 
 		 162 aa  156  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  49.34 
 
 		 159 aa  154  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.61 
 
 		 177 aa  153  8e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0271  regulator of ribonuclease activity A  50.34 
 
 		 157 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1485  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.48 
 
 		 177 aa  149  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.108799  normal  0.282904 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 163 aa  150  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2492  regulator of ribonuclease activity A  48.3 
 
 		 170 aa  147  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0114  regulator of ribonuclease activity A  50.67 
 
 		 163 aa  147  9e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.344528  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.67 
 
 		 166 aa  147  9e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4363  regulator of ribonuclease activity A  47.37 
 
 		 162 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4374  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.75 
 
 		 165 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3997  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.67 
 
 		 176 aa  145  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.37 
 
 		 161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8444  regulator of ribonuclease activity A  48.03 
 
 		 159 aa  143  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2009  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.67 
 
 		 167 aa  143  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.81 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.81 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.81 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.14 
 
 		 161 aa  140  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  45.1 
 
 		 169 aa  140  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.71 
 
 		 159 aa  140  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2403  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.94 
 
 		 168 aa  140  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.44 
 
 		 175 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1445  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.94 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.45 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5056  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.62 
 
 		 159 aa  138  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5144  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.62 
 
 		 159 aa  138  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5435  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.94 
 
 		 159 aa  137  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.89586  normal  0.892268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.25 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.87 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1382  ribonuclease activity regulator protein RraA  48 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0177  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.23 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.607774  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.52 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2372  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.53 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.23 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.06 
 
 		 171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.22 
 
 		 165 aa  134  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.16 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3776  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.34 
 
 		 161 aa  135  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4305  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.87 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0530  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4489  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.87 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00210  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.76 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>