273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004459 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004459  ribonuclease E inhibitor RraA  100 
 
 		 160 aa  330  5e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0150677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00936  ribonuclease activity regulator protein RraA  92.5 
 
 		 160 aa  312  9e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1944  ribonuclease activity regulator protein RraA  74.84 
 
 		 162 aa  268  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000472167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2557  ribonuclease activity regulator protein RraA  64.74 
 
 		 158 aa  218  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2210  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.12 
 
 		 164 aa  184  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2615  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.25 
 
 		 164 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.78337  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2117  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.62 
 
 		 164 aa  180  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.86066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.9 
 
 		 162 aa  175  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1888  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.37 
 
 		 164 aa  176  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.059217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.25 
 
 		 162 aa  175  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1984  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.38 
 
 		 164 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0137329  normal  0.331323 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.27 
 
 		 162 aa  173  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.53 
 
 		 162 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.61 
 
 		 163 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.61 
 
 		 163 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.16 
 
 		 163 aa  171  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  46.2 
 
 		 161 aa  170  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.32 
 
 		 163 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.68 
 
 		 163 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2410  regulator of ribonuclease activity A  46.25 
 
 		 165 aa  168  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.300312  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.25 
 
 		 164 aa  167  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0420602  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.61 
 
 		 163 aa  167  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0538  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.47 
 
 		 163 aa  167  8e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2567  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 164 aa  166  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 164 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.816132  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2055  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215493  hitchhiker  0.000558094 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2007  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 164 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2025  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.68 
 
 		 177 aa  164  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 162 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2332  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 164 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00982975  hitchhiker  0.00847233 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2165  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.38 
 
 		 164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0632667  normal  0.880589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2242  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.38 
 
 		 164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132469  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2373  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.62 
 
 		 164 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00367036  normal  0.0338555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.97 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  48.1 
 
 		 162 aa  160  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.87 
 
 		 166 aa  160  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.39 
 
 		 163 aa  157  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.81 
 
 		 161 aa  157  8e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.75 
 
 		 159 aa  151  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  41.14 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1382  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.51 
 
 		 170 aa  149  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  39.87 
 
 		 159 aa  148  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.67 
 
 		 161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.94 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.35 
 
 		 175 aa  142  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.91 
 
 		 171 aa  142  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  40 
 
 		 169 aa  141  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1374  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.33 
 
 		 164 aa  141  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000213066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 166 aa  140  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.46 
 
 		 163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.33 
 
 		 165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2622  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.45 
 
 		 161 aa  137  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.03 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.03 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.03 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.03 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.38 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0114  regulator of ribonuclease activity A  44.16 
 
 		 163 aa  136  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.344528  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2492  regulator of ribonuclease activity A  40.94 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.9 
 
 		 175 aa  134  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5056  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.28 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5144  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.28 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0136  regulator of ribonuclease activity A  44.3 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.657064  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1543  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000209525  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5435  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.95 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.89586  normal  0.892268 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8571  predicted protein  45.59 
 
 		 136 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0694704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3370  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20270  RraA family protein  42.28 
 
 		 155 aa  133  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.295098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4094  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.68 
 
 		 177 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2492  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.63 
 
 		 164 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000420166  hitchhiker  0.0053907 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.09 
 
 		 165 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1223  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.49 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108874  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1124  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 160 aa  131  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.22942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00210  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.82 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.42 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3790  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.82 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.11 
 
 		 161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4363  regulator of ribonuclease activity A  38.31 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.11 
 
 		 161 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3296  ribonuclease activity regulator protein RraA  40 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.48 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>