261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00936 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00936  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 160 aa  333  7e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004459  ribonuclease E inhibitor RraA  92.5 
 
 		 160 aa  312  9e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0150677  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1944  ribonuclease activity regulator protein RraA  77.99 
 
 		 162 aa  271  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000472167  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2557  ribonuclease activity regulator protein RraA  61.54 
 
 		 158 aa  214  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2615  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.12 
 
 		 164 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.78337  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1888  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.73 
 
 		 164 aa  177  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.059217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2210  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.62 
 
 		 164 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2117  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.88 
 
 		 164 aa  177  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.86066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 162 aa  173  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.38 
 
 		 162 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.61 
 
 		 163 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1984  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.25 
 
 		 164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0137329  normal  0.331323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.61 
 
 		 163 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.32 
 
 		 163 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2410  regulator of ribonuclease activity A  48.12 
 
 		 165 aa  169  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.300312  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 162 aa  168  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  46.2 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 164 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0420602  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.68 
 
 		 163 aa  168  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.1 
 
 		 162 aa  167  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 164 aa  168  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.816132  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2567  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.75 
 
 		 164 aa  167  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2007  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 164 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2055  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 164 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215493  hitchhiker  0.000558094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2165  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.62 
 
 		 164 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0632667  normal  0.880589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2242  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.62 
 
 		 164 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132469  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2332  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 164 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00982975  hitchhiker  0.00847233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.03 
 
 		 163 aa  163  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.37 
 
 		 163 aa  162  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2373  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.25 
 
 		 164 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00367036  normal  0.0338555 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.87 
 
 		 166 aa  161  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.84 
 
 		 162 aa  161  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  47.47 
 
 		 162 aa  160  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2025  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.79 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.1 
 
 		 161 aa  158  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.74 
 
 		 159 aa  157  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0538  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.04 
 
 		 163 aa  156  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.45 
 
 		 163 aa  150  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.23 
 
 		 161 aa  147  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.81 
 
 		 159 aa  147  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1382  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.12 
 
 		 170 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.29 
 
 		 175 aa  146  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  41.94 
 
 		 169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.21 
 
 		 171 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  41.77 
 
 		 159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.38 
 
 		 166 aa  143  9e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  39.87 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  142  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.59 
 
 		 161 aa  141  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.59 
 
 		 161 aa  141  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.59 
 
 		 161 aa  141  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.59 
 
 		 161 aa  141  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.95 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  140  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  140  8e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  140  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  140  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.36 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.31 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.94 
 
 		 165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.25 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.25 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.25 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3370  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.67 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1374  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.94 
 
 		 164 aa  138  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000213066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.51 
 
 		 175 aa  138  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2622  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 161 aa  136  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.62 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.62 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4094  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.03 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.29 
 
 		 177 aa  135  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3790  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.74 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4419  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.41 
 
 		 165 aa  134  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1543  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.56 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000209525  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2492  regulator of ribonuclease activity A  42.57 
 
 		 170 aa  134  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4421  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4305  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4335  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0948467  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4489  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 161 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.36 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3296  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.94 
 
 		 170 aa  134  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00210  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 163 aa  134  7.000000000000001e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0177  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.74 
 
 		 161 aa  133  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.607774  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4374  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 165 aa  132  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5056  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.24 
 
 		 159 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.06 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5144  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.24 
 
 		 159 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1645  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.49 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.002756  normal  0.0229312 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0111  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.25 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.530064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>