215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0530 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0530  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4094  ribonuclease activity regulator protein RraA  93.17 
 
 		 161 aa  305  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3790  ribonuclease activity regulator protein RraA  91.3 
 
 		 161 aa  296  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3370  ribonuclease activity regulator protein RraA  90.06 
 
 		 161 aa  295  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  88.82 
 
 		 161 aa  292  1e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  88.82 
 
 		 161 aa  292  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  88.82 
 
 		 161 aa  292  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.96 
 
 		 161 aa  290  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.96 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.96 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.96 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.96 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  87.58 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  85.71 
 
 		 161 aa  286  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.34 
 
 		 161 aa  285  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  80.12 
 
 		 161 aa  269  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  73.42 
 
 		 171 aa  245  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  71.88 
 
 		 169 aa  242  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  70.62 
 
 		 175 aa  239  9e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.32 
 
 		 161 aa  235  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00210  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  233  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  232  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  227  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0177  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.08 
 
 		 161 aa  226  8e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.607774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.46 
 
 		 161 aa  226  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 166 aa  225  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4421  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4335  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0948467  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4489  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4419  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4305  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.46 
 
 		 161 aa  223  8e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.46 
 
 		 161 aa  223  8e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.46 
 
 		 161 aa  223  8e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3296  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 170 aa  220  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.53 
 
 		 165 aa  220  7e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4374  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.12 
 
 		 165 aa  213  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0111  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.84 
 
 		 161 aa  210  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.530064  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3800  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.35 
 
 		 161 aa  204  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.25 
 
 		 162 aa  200  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  57.5 
 
 		 162 aa  197  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.97 
 
 		 163 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.25 
 
 		 162 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.97 
 
 		 163 aa  193  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.97 
 
 		 163 aa  193  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  55 
 
 		 162 aa  193  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.25 
 
 		 162 aa  192  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.75 
 
 		 162 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.72 
 
 		 163 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.46 
 
 		 163 aa  185  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 159 aa  170  9e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.35 
 
 		 159 aa  160  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.77 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.24 
 
 		 166 aa  148  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8444  regulator of ribonuclease activity A  45.57 
 
 		 159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.44 
 
 		 163 aa  144  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  44.3 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.62 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4363  regulator of ribonuclease activity A  40.88 
 
 		 162 aa  140  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  39.61 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  43.04 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.77 
 
 		 161 aa  137  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20270  RraA family protein  43.71 
 
 		 155 aa  136  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.295098  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1593  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2618  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2095  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000569604  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3218  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00155848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2477  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000110984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2531  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1368  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 165 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0226901  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1561  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 168 aa  134  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.220477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1888  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.059217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1223  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.88 
 
 		 164 aa  133  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108874  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2007  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2055  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215493  hitchhiker  0.000558094 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00936  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.1 
 
 		 160 aa  132  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.91 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0420602  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.52 
 
 		 175 aa  130  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2557  ribonuclease activity regulator protein RraA  36.84 
 
 		 158 aa  130  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.41 
 
 		 163 aa  130  6.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1813  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.25 
 
 		 161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.208296  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.1 
 
 		 165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000162446  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2492  regulator of ribonuclease activity A  37.91 
 
 		 170 aa  129  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.81 
 
 		 177 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2372  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.75 
 
 		 170 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.816132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2410  regulator of ribonuclease activity A  42.21 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.300312  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0271  regulator of ribonuclease activity A  40.13 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2117  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.86066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2615  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.51 
 
 		 164 aa  128  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.78337  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0386  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.71 
 
 		 167 aa  128  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>