204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4419 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A4305  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4421  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4335  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0948467  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4489  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4419  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 161 aa  320  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  97.52 
 
 		 161 aa  315  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  95.03 
 
 		 161 aa  311  2.9999999999999996e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  88.82 
 
 		 161 aa  300  7.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  88.2 
 
 		 161 aa  295  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0177  ribonuclease activity regulator protein RraA  87.58 
 
 		 161 aa  293  5e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.607774  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.34 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.34 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.34 
 
 		 161 aa  288  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0111  ribonuclease activity regulator protein RraA  89.44 
 
 		 161 aa  280  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.530064  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3800  ribonuclease activity regulator protein RraA  86.34 
 
 		 161 aa  270  6e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.94 
 
 		 161 aa  238  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.62 
 
 		 171 aa  238  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  236  9e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  236  9e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  236  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.94 
 
 		 161 aa  236  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  235  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  235  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.08 
 
 		 161 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.08 
 
 		 161 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.08 
 
 		 161 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.08 
 
 		 161 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.88 
 
 		 175 aa  233  7e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3370  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.7 
 
 		 161 aa  233  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  65.62 
 
 		 169 aa  230  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.32 
 
 		 161 aa  229  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3790  ribonuclease activity regulator protein RraA  64.6 
 
 		 161 aa  226  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4094  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.46 
 
 		 161 aa  226  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.98 
 
 		 166 aa  224  4e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0530  ribonuclease activity regulator protein RraA  65.22 
 
 		 161 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.87 
 
 		 161 aa  217  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  64.52 
 
 		 165 aa  217  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00210  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.35 
 
 		 161 aa  216  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3296  ribonuclease activity regulator protein RraA  63.98 
 
 		 170 aa  212  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4374  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.88 
 
 		 165 aa  197  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.52 
 
 		 162 aa  192  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  56.25 
 
 		 162 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.7 
 
 		 163 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.35 
 
 		 163 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  55.35 
 
 		 163 aa  184  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.37 
 
 		 162 aa  185  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.12 
 
 		 162 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.75 
 
 		 162 aa  179  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.16 
 
 		 163 aa  178  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.75 
 
 		 163 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.8 
 
 		 162 aa  179  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.57 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.68 
 
 		 163 aa  155  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 159 aa  154  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  43.67 
 
 		 161 aa  150  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1944  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.38 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000472167  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.94 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.48 
 
 		 166 aa  142  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  45.57 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.13 
 
 		 163 aa  138  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2009  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.22 
 
 		 167 aa  137  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.94 
 
 		 175 aa  137  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1593  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2618  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2557  ribonuclease activity regulator protein RraA  37.25 
 
 		 158 aa  136  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2095  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000569604  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3218  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00155848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2477  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000110984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2531  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1368  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.17 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0226901  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20270  RraA family protein  48.99 
 
 		 155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.295098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00936  ribonuclease activity regulator protein RraA  38.99 
 
 		 160 aa  134  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2372  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 170 aa  134  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1888  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.87 
 
 		 164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.059217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1374  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.72 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000213066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.58 
 
 		 177 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1485  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.54 
 
 		 177 aa  131  3e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.108799  normal  0.282904 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  43.04 
 
 		 159 aa  131  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1813  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.5 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.208296  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.79 
 
 		 165 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000162446  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1229  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 165 aa  130  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.698827  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1292  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 165 aa  130  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0683145  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2492  regulator of ribonuclease activity A  42.11 
 
 		 170 aa  130  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.3 
 
 		 163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.33 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2403  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.3 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1445  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.3 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13889  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.64 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5435  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.64 
 
 		 159 aa  128  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.89586  normal  0.892268 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004459  ribonuclease E inhibitor RraA  36.48 
 
 		 160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0150677  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1561  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.75 
 
 		 168 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.220477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.28 
 
 		 161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>