269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1561 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1561  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 168 aa  336  8e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.220477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2372  ribonuclease activity regulator protein RraA  76.25 
 
 		 170 aa  257  4e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2403  ribonuclease activity regulator protein RraA  74.53 
 
 		 168 aa  249  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1445  ribonuclease activity regulator protein RraA  74.53 
 
 		 168 aa  248  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1955  ribonuclease activity regulator protein RraA  70.73 
 
 		 173 aa  236  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2009  ribonuclease activity regulator protein RraA  71.52 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1229  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.39 
 
 		 165 aa  187  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.698827  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1292  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.39 
 
 		 165 aa  187  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0683145  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.71 
 
 		 165 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1223  ribonuclease activity regulator protein RraA  57.14 
 
 		 164 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108874  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1593  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2618  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2095  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000569604  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3218  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00155848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2477  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000110984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2531  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1368  ribonuclease activity regulator protein RraA  58.86 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0226901  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.96 
 
 		 165 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000162446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1382  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.66 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  56.95 
 
 		 161 aa  175  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1354  ribonuclease activity regulator protein RraA  57.86 
 
 		 168 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.498794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1374  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.7 
 
 		 164 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000213066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2492  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.43 
 
 		 164 aa  167  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000420166  hitchhiker  0.0053907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1645  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.43 
 
 		 164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.002756  normal  0.0229312 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3615  regulator of ribonuclease activity A  51.81 
 
 		 164 aa  157  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.97 
 
 		 163 aa  156  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.41 
 
 		 163 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.58 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.5 
 
 		 162 aa  154  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.75 
 
 		 163 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 162 aa  153  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.75 
 
 		 163 aa  153  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 163 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.25 
 
 		 162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.45 
 
 		 159 aa  151  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.12 
 
 		 163 aa  151  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0386  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.28 
 
 		 167 aa  150  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2055  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.32 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215493  hitchhiker  0.000558094 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  46.58 
 
 		 162 aa  147  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2007  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.32 
 
 		 164 aa  147  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.88 
 
 		 163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0585  regulator of ribonuclease activity A  49.38 
 
 		 163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.444909  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1882  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.81 
 
 		 159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  50.32 
 
 		 159 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.95 
 
 		 165 aa  145  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.33 
 
 		 164 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.816132  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.62 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2332  ribonuclease activity regulator protein RraA  51.66 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00982975  hitchhiker  0.00847233 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  49.04 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  144  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  50 
 
 		 163 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8444  regulator of ribonuclease activity A  48.43 
 
 		 159 aa  143  9e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1813  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.59 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.208296  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2165  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.67 
 
 		 164 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0632667  normal  0.880589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2242  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.67 
 
 		 164 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132469  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.39 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8571  predicted protein  52.67 
 
 		 136 aa  142  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0694704 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.48 
 
 		 175 aa  142  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2373  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.67 
 
 		 164 aa  142  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00367036  normal  0.0338555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.48 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  42.24 
 
 		 169 aa  141  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  140  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0407  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  140  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000143495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.86 
 
 		 161 aa  140  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2567  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.41 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0463  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.72 
 
 		 161 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3200  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.1 
 
 		 161 aa  138  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20270  RraA family protein  48.73 
 
 		 155 aa  138  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.295098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.75 
 
 		 171 aa  138  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04832  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.2 
 
 		 166 aa  137  7e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3370  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.24 
 
 		 161 aa  137  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.71 
 
 		 164 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0420602  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1665  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.03 
 
 		 177 aa  136  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0814823 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0465  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.04 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3790  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 161 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.65 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0530  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4094  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.99 
 
 		 161 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.61 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1485  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.07 
 
 		 177 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.108799  normal  0.282904 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1638  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.07 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000156979  normal  0.0371486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  42.58 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5682  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.1 
 
 		 160 aa  131  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219714 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  39.13 
 
 		 161 aa  131  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3997  ribonuclease activity regulator protein RraA  45.75 
 
 		 176 aa  130  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4363  regulator of ribonuclease activity A  45.68 
 
 		 162 aa  130  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2117  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.36 
 
 		 164 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.86066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.37 
 
 		 161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  40.99 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.99 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.99 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.99 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  40.99 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>