More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3246 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  89.75 
 
 		 586 aa  1040    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.72 
 
 		 584 aa  918    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.69 
 
 		 578 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 594 aa  1181    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.65 
 
 		 594 aa  1165    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.34 
 
 		 581 aa  889    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.8 
 
 		 578 aa  734    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.37 
 
 		 579 aa  619  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 		 584 aa  615  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 		 582 aa  616  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.4 
 
 		 583 aa  611  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  54.64 
 
 		 583 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.98 
 
 		 584 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  53.32 
 
 		 579 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  53.32 
 
 		 579 aa  600  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.12 
 
 		 583 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.32 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.32 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.32 
 
 		 584 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  55.61 
 
 		 585 aa  601  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  55.44 
 
 		 585 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 		 585 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  53.52 
 
 		 583 aa  596  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 		 585 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.7 
 
 		 584 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 		 585 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 		 585 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.31 
 
 		 585 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  53.98 
 
 		 585 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  52.92 
 
 		 581 aa  588  1e-167  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  53.95 
 
 		 585 aa  591  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.83 
 
 		 578 aa  590  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  53.94 
 
 		 577 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  52.92 
 
 		 581 aa  588  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  54.29 
 
 		 556 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.88 
 
 		 584 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  57.14 
 
 		 538 aa  580  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 		 582 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  55.45 
 
 		 584 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.61 
 
 		 584 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.14 
 
 		 577 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.14 
 
 		 577 aa  571  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  54.36 
 
 		 585 aa  567  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.91 
 
 		 578 aa  560  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  54.81 
 
 		 577 aa  555  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.73 
 
 		 577 aa  542  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  53.72 
 
 		 577 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  53.9 
 
 		 576 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  53.9 
 
 		 577 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.32 
 
 		 600 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  52.46 
 
 		 584 aa  525  1e-148  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.46 
 
 		 584 aa  526  1e-148  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 		 602 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.27 
 
 		 577 aa  496  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.98 
 
 		 575 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 		 588 aa  459  9.999999999999999e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 582 aa  452  1.0000000000000001e-126  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 		 572 aa  449  1e-125  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 		 581 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 		 574 aa  383  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 		 576 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  42.83 
 
 		 579 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 		 578 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 		 583 aa  364  2e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 		 570 aa  363  3e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  51.75 
 
 		 671 aa  295  2e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.93 
 
 		 671 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 		 670 aa  278  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.17 
 
 		 671 aa  265  2e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.94 
 
 		 497 aa  195  2e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.62 
 
 		 573 aa  192  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 		 453 aa  167  5e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 		 458 aa  161  3e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.72 
 
 		 553 aa  156  8e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.67 
 
 		 536 aa  150  4e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.52 
 
 		 538 aa  139  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 		 468 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  25 
 
 		 244 aa  67  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.1 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.1 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 		 285 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  27.09 
 
 		 260 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4471  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  24.15 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.5689 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.77 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.77 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690359  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7221  ABC transporter membrane spanning protein (nitrate/sulfonates)  25.91 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.735165  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  28.06 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0237  ABC sulfate ester transporter, inner membrane subunit  25 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  25.68 
 
 		 297 aa  60.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  26.5 
 
 		 272 aa  59.7  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2591  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.33 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0488842 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0926  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  24.19 
 
 		 274 aa  59.3  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>