More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0346 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 582 aa  1173    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.91 
 
 		 588 aa  554  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 		 584 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 		 584 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 		 584 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 		 584 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 		 584 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  47.16 
 
 		 585 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  46.02 
 
 		 583 aa  482  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 		 583 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 		 583 aa  481  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  46.74 
 
 		 585 aa  481  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 		 585 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.29 
 
 		 584 aa  476  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 		 585 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 		 585 aa  475  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  46.79 
 
 		 583 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 		 585 aa  475  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 		 585 aa  475  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 		 584 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  44.74 
 
 		 577 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  44.88 
 
 		 585 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 		 578 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.46 
 
 		 582 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  45.88 
 
 		 585 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  45.71 
 
 		 585 aa  458  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  44.98 
 
 		 586 aa  449  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  47.44 
 
 		 556 aa  451  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 		 577 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 		 577 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.78 
 
 		 584 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.84 
 
 		 584 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 		 578 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 		 594 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 		 578 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  44.73 
 
 		 577 aa  439  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.54 
 
 		 594 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  45.27 
 
 		 584 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 		 600 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  44.51 
 
 		 585 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.47 
 
 		 582 aa  432  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 		 577 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  42.88 
 
 		 581 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 		 572 aa  428  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  45.78 
 
 		 538 aa  429  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  42.88 
 
 		 581 aa  428  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.52 
 
 		 579 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  45.57 
 
 		 577 aa  422  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  42.67 
 
 		 579 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  42.67 
 
 		 579 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  45.13 
 
 		 576 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  45.39 
 
 		 577 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 		 581 aa  418  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 		 584 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  43.55 
 
 		 584 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.33 
 
 		 570 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 		 578 aa  404  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 		 602 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 		 577 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.89 
 
 		 575 aa  380  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 		 581 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 		 574 aa  374  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 		 578 aa  360  3e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  39.52 
 
 		 579 aa  356  7.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.07 
 
 		 576 aa  355  1e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 		 583 aa  355  2e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.37 
 
 		 573 aa  294  4e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  44.92 
 
 		 671 aa  263  8.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.72 
 
 		 671 aa  243  7.999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 		 670 aa  234  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.05 
 
 		 671 aa  225  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.8 
 
 		 497 aa  179  1e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.88 
 
 		 468 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.27 
 
 		 453 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.01 
 
 		 538 aa  123  8e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.37 
 
 		 553 aa  116  1.0000000000000001e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.46 
 
 		 536 aa  104  5e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.75 
 
 		 459 aa  102  2e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 		 458 aa  97.4  6e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2358  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  26.74 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.540869 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  24.29 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0055  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.11 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  24.87 
 
 		 279 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.65 
 
 		 281 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  25.13 
 
 		 279 aa  58.9  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  23.3 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  21.72 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  23.3 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  25 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  26.7 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  26.21 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  26.21 
 
 		 274 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  25 
 
 		 280 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  22.06 
 
 		 244 aa  55.1  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  24.73 
 
 		 278 aa  55.1  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>