More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3466 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.63 
 
 		 577 aa  764    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 577 aa  1129    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.89 
 
 		 585 aa  677    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 		 584 aa  673    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.31 
 
 		 582 aa  679    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 577 aa  1129    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.5 
 
 		 584 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  60.25 
 
 		 585 aa  657    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  68.87 
 
 		 576 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.26 
 
 		 583 aa  666    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  60.6 
 
 		 585 aa  679    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  59.26 
 
 		 583 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.04 
 
 		 584 aa  670    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.98 
 
 		 600 aa  757    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  70.36 
 
 		 577 aa  758    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  60.25 
 
 		 585 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.95 
 
 		 584 aa  675    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.79 
 
 		 583 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.25 
 
 		 585 aa  680    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 		 584 aa  673    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  61.2 
 
 		 585 aa  662    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.25 
 
 		 585 aa  680    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  59.72 
 
 		 585 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  61.1 
 
 		 577 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.66 
 
 		 583 aa  674    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.89 
 
 		 585 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 		 584 aa  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  68.85 
 
 		 577 aa  728    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.25 
 
 		 585 aa  680    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 		 584 aa  673    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  60.42 
 
 		 585 aa  661    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  68.85 
 
 		 577 aa  728    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  58.86 
 
 		 556 aa  637    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.36 
 
 		 582 aa  631  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  59.01 
 
 		 584 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.75 
 
 		 584 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.79 
 
 		 578 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.62 
 
 		 578 aa  601  1e-170  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.48 
 
 		 578 aa  598  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.34 
 
 		 578 aa  596  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.51 
 
 		 584 aa  588  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  60.51 
 
 		 584 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.73 
 
 		 579 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.57 
 
 		 602 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  51.65 
 
 		 586 aa  567  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.42 
 
 		 584 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 		 594 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.6 
 
 		 594 aa  561  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  50.44 
 
 		 579 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  50.44 
 
 		 579 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  56.14 
 
 		 538 aa  557  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  51.15 
 
 		 581 aa  555  1e-157  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  51.5 
 
 		 581 aa  558  1e-157  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.36 
 
 		 577 aa  545  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 		 581 aa  537  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 		 575 aa  538  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  43.35 
 
 		 582 aa  461  9.999999999999999e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 		 588 aa  439  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 		 572 aa  436  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 		 581 aa  408  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.25 
 
 		 574 aa  405  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 		 583 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.04 
 
 		 578 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 		 576 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  44.22 
 
 		 579 aa  365  1e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 		 570 aa  354  2e-96  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.12 
 
 		 573 aa  320  3.9999999999999996e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 		 671 aa  286  7e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.71 
 
 		 670 aa  278  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  50.6 
 
 		 671 aa  270  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.32 
 
 		 671 aa  247  4e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 		 468 aa  191  4e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.5 
 
 		 497 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 		 453 aa  154  4e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.14 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.3 
 
 		 538 aa  130  6e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 		 459 aa  115  3e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 		 458 aa  107  6e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.19 
 
 		 553 aa  95.1  3e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.69 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 		 399 aa  68.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  27.75 
 
 		 392 aa  67  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3999  glycine betaine/L-proline ABC transporter inner membrane protein  29.29 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  27.75 
 
 		 400 aa  66.2  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  30.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.280757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>