More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0678 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
453 aa  874    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.32 
 
 
459 aa  531  1e-149  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.01 
 
 
468 aa  508  1e-143  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 
458 aa  503  1e-141  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
497 aa  207  2e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
581 aa  189  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
582 aa  184  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  28.96 
 
 
586 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
594 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
594 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.59 
 
 
584 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  28.43 
 
 
579 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  28.43 
 
 
579 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  30.37 
 
 
585 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
578 aa  176  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  29.54 
 
 
585 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
585 aa  171  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
577 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  29.9 
 
 
584 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
570 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
584 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  27.94 
 
 
577 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  27.36 
 
 
582 aa  152  1e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.28 
 
 
538 aa  139  8.999999999999999e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.6 
 
 
536 aa  137  5e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
572 aa  133  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.13 
 
 
573 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  43.1 
 
 
585 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
585 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
585 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
585 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  41.38 
 
 
585 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
585 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
585 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  40.32 
 
 
583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
584 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
584 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
584 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.8 
 
 
584 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
584 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  41.62 
 
 
583 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.9 
 
 
574 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
583 aa  127  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  40.31 
 
 
556 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
584 aa  126  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  43.52 
 
 
577 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
582 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  42.08 
 
 
577 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
583 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
584 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.9 
 
 
583 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  39.66 
 
 
584 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  43.01 
 
 
577 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  43.1 
 
 
538 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  43.01 
 
 
576 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
577 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
577 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
578 aa  123  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
578 aa  123  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.55 
 
 
584 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
578 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
602 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.05 
 
 
579 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
553 aa  117  5e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 
600 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 
588 aa  113  9e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
671 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
581 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
579 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
670 aa  110  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
577 aa  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 
581 aa  108  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  35.08 
 
 
581 aa  108  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
576 aa  108  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
578 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
575 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
671 aa  97.4  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  37.42 
 
 
671 aa  93.6  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.02 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.02 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1238  nitrate transport permease  26.7 
 
 
279 aa  65.1  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1704  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  26.53 
 
 
311 aa  64.3  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 
281 aa  64.3  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
291 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.252204  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
286 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.961582  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0874  nitrate transport permease  28.85 
 
 
283 aa  63.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00348419  hitchhiker  0.00524559 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
285 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.266674  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0133  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  32.6 
 
 
283 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.744619  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
287 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0347715  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.43 
 
 
277 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0326  nitrate transport permease  28.19 
 
 
295 aa  63.2  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.43 
 
 
277 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.49 
 
 
280 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.28 
 
 
261 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>