More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4605 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  59.31 
 
 		 585 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.31 
 
 		 582 aa  725    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  62.48 
 
 		 556 aa  702    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  61.4 
 
 		 584 aa  646    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.37 
 
 		 584 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  60.98 
 
 		 585 aa  699    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.57 
 
 		 582 aa  654    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  83.76 
 
 		 585 aa  977    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  85.64 
 
 		 585 aa  1009    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.79 
 
 		 585 aa  1004    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  95.55 
 
 		 583 aa  1092    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.81 
 
 		 585 aa  1016    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.38 
 
 		 584 aa  1113    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  60.59 
 
 		 577 aa  645    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  84.27 
 
 		 585 aa  998    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.11 
 
 		 583 aa  975    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.91 
 
 		 584 aa  937    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  83.93 
 
 		 585 aa  981    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  83.77 
 
 		 583 aa  969    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 		 578 aa  677    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  61.59 
 
 		 577 aa  714    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.79 
 
 		 585 aa  1004    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.38 
 
 		 584 aa  1113    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.14 
 
 		 577 aa  662    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.81 
 
 		 585 aa  1016    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.77 
 
 		 584 aa  1137    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 584 aa  1160    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.3 
 
 		 584 aa  1006    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.6 
 
 		 583 aa  1033    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.79 
 
 		 585 aa  1004    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.38 
 
 		 584 aa  1113    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.14 
 
 		 577 aa  662    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.86 
 
 		 602 aa  634  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.8 
 
 		 578 aa  634  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  59.29 
 
 		 584 aa  629  1e-179  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.29 
 
 		 584 aa  630  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  60.41 
 
 		 577 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  60.22 
 
 		 576 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  60.22 
 
 		 577 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.5 
 
 		 578 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.25 
 
 		 578 aa  611  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 		 577 aa  611  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.06 
 
 		 584 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 		 600 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.22 
 
 		 579 aa  598  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  52.99 
 
 		 586 aa  597  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.38 
 
 		 581 aa  591  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  50.26 
 
 		 579 aa  584  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  50.26 
 
 		 579 aa  584  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.7 
 
 		 594 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  55.11 
 
 		 538 aa  578  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 		 594 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  51.41 
 
 		 581 aa  568  1e-160  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  51.41 
 
 		 581 aa  568  1e-160  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.93 
 
 		 577 aa  567  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 		 575 aa  552  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  47.12 
 
 		 582 aa  489  1e-137  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.99 
 
 		 588 aa  481  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 		 572 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 		 574 aa  397  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 		 583 aa  382  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  43.8 
 
 		 579 aa  376  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 		 576 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.17 
 
 		 578 aa  369  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 		 570 aa  362  8e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.75 
 
 		 573 aa  313  3.9999999999999997e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  49.7 
 
 		 671 aa  285  2.0000000000000002e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 		 671 aa  268  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 		 670 aa  264  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.56 
 
 		 671 aa  254  4.0000000000000004e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 		 497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 		 468 aa  177  5e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.99 
 
 		 553 aa  159  1e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.9 
 
 		 536 aa  156  9e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.37 
 
 		 538 aa  140  7e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 		 453 aa  128  3e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 		 459 aa  114  3e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 		 458 aa  107  5e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  25.95 
 
 		 571 aa  65.9  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3675  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  26.29 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3729  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  26.29 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0184404  normal  0.11569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  25.53 
 
 		 277 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  25.53 
 
 		 277 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 		 280 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.54971  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  25.79 
 
 		 279 aa  62.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.14 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  28.19 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  27.72 
 
 		 244 aa  59.7  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 		 277 aa  59.3  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.316827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0926  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  25.71 
 
 		 274 aa  59.3  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  26.6 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.19 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>