More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0109 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 		 671 aa  729    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.38 
 
 		 670 aa  1152    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 671 aa  1321    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  62.95 
 
 		 671 aa  801    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  48.37 
 
 		 577 aa  317  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  48.86 
 
 		 585 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 		 578 aa  306  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.13 
 
 		 579 aa  306  7e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  55.2 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  55.2 
 
 		 581 aa  305  3.0000000000000004e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  48.51 
 
 		 538 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.45 
 
 		 584 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  53.95 
 
 		 586 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.52 
 
 		 578 aa  301  3e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 		 584 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 		 584 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 		 584 aa  300  6e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  45.09 
 
 		 579 aa  299  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  45.09 
 
 		 579 aa  299  1e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 		 578 aa  298  2e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  53.12 
 
 		 584 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 		 577 aa  293  6e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 		 577 aa  293  6e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 		 585 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 		 585 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 		 585 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  45.06 
 
 		 583 aa  292  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  52.75 
 
 		 556 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 		 583 aa  291  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 		 585 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 		 585 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  44.44 
 
 		 585 aa  289  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 		 582 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 		 584 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.43 
 
 		 584 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 		 584 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.09 
 
 		 584 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.81 
 
 		 583 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 		 594 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  45.38 
 
 		 585 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 		 584 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 		 582 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 		 594 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  50.9 
 
 		 583 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.55 
 
 		 581 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.56 
 
 		 584 aa  278  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  45.09 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  46.93 
 
 		 585 aa  277  5e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  52.24 
 
 		 584 aa  276  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  44.8 
 
 		 585 aa  275  3e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.09 
 
 		 578 aa  274  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 577 aa  271  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.17 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  55 
 
 		 577 aa  267  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  54.62 
 
 		 576 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  54.62 
 
 		 577 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.85 
 
 		 602 aa  263  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.59 
 
 		 600 aa  262  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.88 
 
 		 577 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  46.92 
 
 		 582 aa  254  3e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 		 588 aa  249  1e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 		 572 aa  246  9.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 		 575 aa  239  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 		 570 aa  225  2e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 		 578 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 		 574 aa  213  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 		 581 aa  207  5e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  43.28 
 
 		 579 aa  206  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 		 583 aa  206  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.59 
 
 		 573 aa  197  8.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 576 aa  188  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 		 453 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 		 497 aa  108  3e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 		 468 aa  102  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 		 458 aa  94.4  6e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 		 538 aa  91.3  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.11 
 
 		 553 aa  87  9e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.47 
 
 		 536 aa  77  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  26.79 
 
 		 571 aa  63.5  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.987071 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  29 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.7 
 
 		 280 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  25.37 
 
 		 276 aa  60.5  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.7 
 
 		 280 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  29.95 
 
 		 279 aa  59.3  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  23.66 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.84 
 
 		 279 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.21 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0988  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52691  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  28.14 
 
 		 575 aa  57.8  0.0000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  27.78 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16930  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  28.64 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.327  normal  0.410158 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  25.73 
 
 		 280 aa  57  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>