More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5551 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_1103  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.790132  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0892  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.64 
 
 		 584 aa  654    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0183914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.47 
 
 		 602 aa  671    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.170409 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5551  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 584 aa  1155    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.5 
 
 		 582 aa  748    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.371036  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0754  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5498  ABC-type anion transport system, duplicated permease component  60.47 
 
 		 556 aa  641    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5091  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  91.1 
 
 		 584 aa  1074    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.61 
 
 		 582 aa  675    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1825  putative nitrate transport system permease protein  67.47 
 
 		 584 aa  681    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 		 585 aa  658    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.139086  normal  0.0182448 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1256  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7462  ABC transporter permease  69.34 
 
 		 585 aa  778    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1570  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0850001  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5725  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.96 
 
 		 585 aa  659    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0971  ABC anion transporter, fused inner membrane subunits  59.68 
 
 		 583 aa  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0896  ABC transporter, permease protein  59.07 
 
 		 585 aa  651    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1455  ABC transporter permease  61.35 
 
 		 585 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.754425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1098  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.04 
 
 		 584 aa  653    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.775381  normal  0.572944 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3383  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.33 
 
 		 583 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.797393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7488  ABC transporter permease  61.91 
 
 		 577 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.124133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 		 585 aa  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.04 
 
 		 584 aa  653    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.77824  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 		 583 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.47 
 
 		 584 aa  683    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.61 
 
 		 585 aa  654    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343058  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4140  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.57 
 
 		 584 aa  654    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.61 
 
 		 585 aa  654    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 		 585 aa  658    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0891298  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.8 
 
 		 583 aa  652    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0820586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.04 
 
 		 584 aa  653    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 		 584 aa  651    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.242403 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3027  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 585 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0469117  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0997  ABC transporter, permease protein  58.36 
 
 		 585 aa  633  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.73 
 
 		 584 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.856816  hitchhiker  0.00000224525 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.66 
 
 		 578 aa  626  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 		 577 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 		 577 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 		 578 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.827494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.11 
 
 		 600 aa  597  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.904436  normal  0.911733 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.39 
 
 		 578 aa  597  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.294522 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.96 
 
 		 578 aa  593  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0135  hypothetical protein  51.74 
 
 		 579 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0120  hypothetical protein  51.74 
 
 		 579 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 		 577 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247341  normal  0.752378 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0622  ABC transporter, permease protein  57.64 
 
 		 577 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.974314  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0935  putative transmembrane transporter  58.09 
 
 		 576 aa  581  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0759  ABC transporter, permease protein  58.09 
 
 		 577 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0770  ABC transporter, permease protein  57.9 
 
 		 577 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3030  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.73 
 
 		 584 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.374129  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.39 
 
 		 579 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3371  putative transmembrane ABC transporter protein  53.52 
 
 		 586 aa  569  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.03 
 
 		 594 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1967  ABC transporter, permease protein  52.58 
 
 		 581 aa  563  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 		 594 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3185  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.53 
 
 		 581 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.583197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0234  ABC transporter permease protein  52.32 
 
 		 581 aa  559  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.198469  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2950  ABC transporter, permease protein  56.52 
 
 		 538 aa  554  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 		 577 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3546  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 		 575 aa  525  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 		 572 aa  462  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.270543  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0346  ABC transporter, permease protein  43.53 
 
 		 582 aa  440  9.999999999999999e-123  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 		 588 aa  438  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 		 581 aa  384  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.477962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 		 574 aa  376  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.336199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 		 583 aa  363  3e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.807719  hitchhiker  0.00198291 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 		 570 aa  345  1e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 		 578 aa  344  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.035099  normal  0.978203 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3819  ABC transporter, inner membrane subunit  41.65 
 
 		 579 aa  342  8e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 		 576 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0405  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.73 
 
 		 573 aa  303  4.0000000000000003e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00121566  decreased coverage  0.00950402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.12 
 
 		 671 aa  293  5e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.66 
 
 		 670 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3497  hypothetical protein  52.66 
 
 		 671 aa  277  4e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.87 
 
 		 671 aa  246  6.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.32204 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.7 
 
 		 553 aa  154  5e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.14778  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.05 
 
 		 536 aa  137  4e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.24 
 
 		 538 aa  137  4e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.856839  hitchhiker  0.00160873 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 		 453 aa  125  3e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.105704 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 		 497 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 		 459 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0283  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 		 468 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1026  nitrate transport permease  27.12 
 
 		 279 aa  70.1  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.174596 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3654  nitrate transport permease  25.51 
 
 		 273 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1489  nitrate transport permease  26.85 
 
 		 278 aa  62  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.94 
 
 		 532 aa  61.6  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  29.56 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.44 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.64 
 
 		 536 aa  60.8  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4677  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  26.29 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  23.16 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  22.63 
 
 		 277 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4924  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  25.38 
 
 		 280 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.815767 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  22.63 
 
 		 277 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3520  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  24.87 
 
 		 280 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6460  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.41 
 
 		 297 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.150998 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  25.7 
 
 		 244 aa  59.7  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2597  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  24.87 
 
 		 280 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>