More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1173 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1173  response regulator receiver protein  100 
 
 		 128 aa  254  4e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  45.3 
 
 		 438 aa  100  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2758  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 		 857 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.5 
 
 		 927 aa  77  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  34.96 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1352 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1666  two component transcriptional regulator  34.88 
 
 		 230 aa  70.9  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1250  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 936 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4000  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.508878 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  35.58 
 
 		 932 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.61 
 
 		 950 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 934 aa  68.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5252  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  37.14 
 
 		 1698 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  37.7 
 
 		 2468 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0267066 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0318  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 1223 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.455432  normal  0.438074 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  33.88 
 
 		 758 aa  68.2  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 764 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.736998  normal  0.0891785 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1875  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 705 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3077  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.74045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4576  histidine kinase  38.26 
 
 		 678 aa  67.8  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.354871 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  36.64 
 
 		 1014 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1274 aa  67.4  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 1078 aa  67  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 242 aa  67  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4325  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  67  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.974523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 229 aa  67  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  33.33 
 
 		 785 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  33.33 
 
 		 785 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 1559 aa  66.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  29.75 
 
 		 796 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  35.83 
 
 		 1128 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0930  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.177566 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  35 
 
 		 1111 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  33.33 
 
 		 785 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 955 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0677  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.03 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.756866  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0397  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 		 755 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  37.7 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0966  response regulator receiver  34.48 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.734958  normal  0.0218415 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 720 aa  65.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0059  response regulator receiver domain-containing protein  30.77 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.157498  normal  0.212271 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0738  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.62 
 
 		 932 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.43 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 		 1514 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 1406 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.34 
 
 		 1514 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0906  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0687715  normal  0.223091 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0080  response regulator receiver domain-containing protein  31.71 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3452  two component transcriptional regulator  35.25 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00686704  hitchhiker  0.000158375 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  32.79 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  35.09 
 
 		 1347 aa  65.9  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3271  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.21 
 
 		 773 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4006  histidine kinase  33.08 
 
 		 736 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.155316  hitchhiker  0.00128379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 1426 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  33.9 
 
 		 785 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  31.97 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3767  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 587 aa  65.5  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.634012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03440  putative DNA-binding response regulator PhoB  33.61 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 869 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 223 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1770  histidine kinase  32.76 
 
 		 742 aa  65.1  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  31.75 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  38.02 
 
 		 233 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 833 aa  64.7  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 270 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.93 
 
 		 933 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 231 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  32.79 
 
 		 229 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  36.97 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1622  PAS  30.71 
 
 		 802 aa  64.3  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.2135  normal  0.458803 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  33.61 
 
 		 241 aa  64.3  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.82 
 
 		 929 aa  64.7  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.05 
 
 		 1427 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01720  response regulator  38.52 
 
 		 238 aa  63.9  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 229 aa  64.3  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  34.4 
 
 		 935 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 231 aa  63.9  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 		 653 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.697975  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>